Куп УЕФА 1998/99. је била 28. сезона такмичења под окриљем УЕФЕ у ком су наступали клубови из најјаче лиге сваке европске земље који се нису пласирали у Куп европских шампиона и Куп победника купова.
Такмичење је почело 21. јула 1998. и завршило се финалним мечом одиграним 12. маја 1999.
Ово је била последња сезона са старим форматом Купа УЕФА, пошто су укидањем Купа победника купова од наредне сезоне у Купу УЕФА играли и освајачи националних купова, а по први пут и трећепласиране екипе из такмичења по групама Лиге шампиона.
Учествовало је 104 клуба из 49 националних савеза.
Прво коло квалификација Прве утакмице су игране 21/22. јула, а реванш утакмице 28/29. јула 1998.
Друго коло квалификација Прве утакмице су игране 11/13. августа, а реванш утакмице 25/27. августа 1998.
Прво коло Прве утакмице су игране 15/16. септембра, а реванш утакмице 29. септембра/1. октобра 1998.
Друго коло Прве утакмице су игране 20/22. октобар, а реванш утакмице 3/5. новембра 1998.
Треће коло Прве утакмице су игране 24. новембра, а реванш утакмице 8. децембра 1998.
Четвртфинале Прве утакмице су игране 2. марта, а реванш утакмице 16. марта 1999.
Полуфинале Прве утакмице су игране 6. априла, а реванш утакмице 20. априла 1999.
Финале
Освајач Купа УЕФА 1998/99.100пФК Парма 2. трофеј
Види још Лига шампиона 1998/99. Куп победника купова 1998/99. Интертото куп 1998.
Референце
Спољашње везе Сезона 1998/99. на сајту УЕФА
Категорија:Сезоне Купа УЕФА Категорија:Сезона 1998/99. у УЕФА такмичењима