Куп УЕФА 1999/00. је била 29. сезона одржавања овог УЕФА такмичења, које је након укидања Купа победника купова од ове сезоне постало друго по значају европско фудбалско клупско такмичење.
Ово је била прва сезона са новим форматом Купа УЕФА, пошто су укидањем Купа победника купова од ове сезоне у Купу УЕФА играли и освајачи националних купова, а по први пут су и трећепласиране екипе из такмичења по групама Лиге шампиона настављале са такмичењем у Купу УЕФА.
Такмичење је почело 10. августа 1999. и завршило се финалним мечом одиграним 17. маја 2000.
Учествовало је 142 клуба из 49 националних савеза. Титулу је освојио Галатасарај, што је био први УЕФА трофеј за клуб из једне трансконтиненталне земље.
Квалификације Прве утакмице су игране од 10. до 12. августа, а реванш утакмице од 24. до 26. августа 1999.
Прво коло Прве утакмице су игране од 14. до 16. септембра, а реванш утакмице 28/30. септембра 1999.
Друго коло Прве утакмице су игране од 19. до 28. октобра, а реванш утакмице 2/4. новембра 1999.
Треће коло Прве утакмице су игране од 23. новембра до 2. децембра, а реванш утакмице 7/9. децембра 1999.
Четврто коло Прве утакмице су игране 29. фебруара/2. марта, а реванш утакмице 7/9. марта 2000.
Четвртфинале Прве утакмице су игране 16. марта, а реванш утакмице 23. марта 2000.
Полуфинале Прве утакмице су игране 6. априла, а реванш утакмице 20. априла 2000.
Финале
Освајач Купа УЕФА 1999/00.100пФК Галатасарај 1. трофеј
Види још Лига шампиона 1999/00. Интертото куп 1999.
Референце
Спољашње везе Сезона 1999/00. на сајту УЕФА
Категорија:Сезоне Купа УЕФА Категорија:Сезона 1999/00. у УЕФА такмичењима