Историја Јевреја у Литванији обухвата период од 14. века до данас. Још увек постоји мала заједница у земљи, као и велика литванска јеврејска дијаспора у Израелу, Сједињеним Државама и другим земљама.
Рана историја Порекло Јевреја из Литваније било је предмет многих спекулација. Први поуздани документ који потврђује присуство Јевреја у Великој кнежевини Литванији је повеља из 1388. године о давању привилегија Јеврејима у Тракају. Окупљање раштрканих јеврејских досељеника у довољном броју и са довољно моћи да формирају заједнице и добију привилегије од својих литванских владара подразумева пролазак знатног времена од првих миграција. Стога су разни историчари покушавали да тврде да су Јевреји раније мигрирали у Литванију. На пример, Абрахам Харкави (1835—1919) је тврдио да су се први Јевреји доселили у 10. веку из Хазарског каганата. Други историчари тврде да су Јевреји мигрирали из Немачке у 12. веку. Немачки Јевреји су били прогањани током ере крсташких ратова. Традиционални језик велике већине Јевреја у Литванији, јидиш, у великој је мери заснован на средњовековном немачком који говоре западногермански јеврејски имигранти. Друга теорија је да су Јевреји мигрирали за време владавине великог кнеза Гедимина (владао 1316—1341) привучени његовим позивом трговаца и занатлија 1323—1324 и економским приликама — у то време Литванија није имала градове у западном смислу те речи, без Магдебуршког права или затворених цехова. У 14. веку, Велика кнежевина Литванија се проширила на Галицију-Волинску државу и Кијевску кнежевину, територије које су већ насељавали Јевреји. После смрти Казимира III (1370), стање Јевреја се променило нагоре. Утицај римокатоличког свештенства на пољском двору је растао; Лајош I Анжујски је био равнодушан према добробити својих поданика, а његова жеља да преобрати Јевреје у хришћанство, заједно са повећаном имиграцијом Јевреја из Немачке, изазвала је забринутост пољских Јевреја за своју будућност.
Војвода Витолд је 24. јуна 1388. доделио привилегије Јеврејима Тракаја. Касније су сличне привилегије добили Јевреји из Бреста (1. јула 1388), Гродна (1389), Луцка, Владимира и других великих градова. Повеља је настала по узору на сличне документе које је Казимир, а раније и Болеслав од Калиса, доделио Јеврејима у Пољској 1264. Стога се чини више него вероватним да су утицајни пољски Јевреји сарађивали са водећим литванским заједницама у обезбеђивању повеља од Витолда.
Према повељи, литвански Јевреји су формирали класу слободних људи који су у свим кривичним предметима били директно под јурисдикцијом великог војводе и његових званичних представника, а у ситним парницама под јурисдикцијом локалних чиновника на равноправној основи са нижим племићима, бојари и други слободни грађани. Званични представници пољског краља и великог кнеза били су војвода (палатин) у Пољској и старешина (староста) у Литванији, који су били познати као „јеврејске судије”, и њихови заменици. Јеврејски судија је одлучивао о свим предметима између хришћана и Јевреја и свим кривичним парницама у којима су Јевреји били у питању; у грађанским парницама, међутим, поступао је само по пријави заинтересованих страна. Свака страна која није послушала позив судије морала је да му плати новчану казну. Њему су припадале и све новчане казне наплаћене од Јевреја за мање прекршаје. Његове дужности су укључивале старатељство над личностима, имовином и слободом веровања Јевреја. Није имао право никога да позове у свој суд осим на тужбу заинтересоване стране. У питањима вере Јевреји су добили широку аутономију.
Према овим праведним законима, Јевреји Литваније су достигли степен просперитета који није био познат њиховим пољским и немачким истоверницима у то време. Заједнице Бреста, Гродна, Тракаја, Луцка и Минска брзо су расле у богатству и утицају. Свака заједница је на челу имала јеврејског старешину. Ове старешине су представљале заједнице у свим спољним односима, у обезбеђивању нових привилегија и у регулисању пореза. Такви чиновници се, међутим, не називају титулом „старешина” пре краја 16. века. До тада је у документима само стајало, на пример, да се „брестски Јевреји понизно примењују” итд. При ступању на дужност старешине су под заклетвом изјавиле да ће верно обављати дужност и да ће се одрећи дужности у истека назначеног рока. Старешина је деловао заједно са рабином, чија је надлежност обухватала све јеврејске послове изузев судских предмета додељених суду намесника, а овај краљу. У религиозним питањима, међутим, жалба на одлуку рабина и старешине била је дозвољена само савету који су чинили главни рабини краљевих градова.
Витодова добра воља и толеранција приволели су га својим јеврејским поданицима, а међу њима је дуго времена била присутна традиција о његовој великодушности и племенитости карактера. Његов рођак, краљ Пољске Јагело, није се мешао у управу за време Витодовог живота.
Јагелова владавина Године 1569. Пољска и Литванија су уједињене у Лублинску унију. То је генерално било време просперитета и релативне сигурности за Јевреје обе земље (са изузетком устанка у 17. веку). Међутим, неколико догађаја, као што је протеривање Јевреја из Великог војводства Литваније између 1495. и 1503. године, догодило се управо у Литванији.
Казимира је на месту краља Пољске наследио његов син Јован Алберт, а на литванском престолу млађи син Александар Јагелон. Потоњи је потврдио повељу о привилегијама које су Јеврејима дали његови претходници и чак им дао додатна права. Јеврејски повериоци његовог оца добили су део износа који им је припадао, а остатак је задржан под разним изговорима. Повољан однос према Јеврејима који је генерацијама карактерисао литванске владаре неочекивано је и радикално промењен декретом који је објавио Александар априла 1495. Овим декретом је свим Јеврејима који су живели у ужој Литванији и на суседним територијама по кратком поступку наређено да напусте земљу.
Протеривање очигледно није било праћено уобичајеним окрутностима; јер није било народног анимозитета према литванским Јеврејима, а декрет се сматрао чином самовољности апсолутног владара. Део племства је, међутим, одобрио Александров указ, очекујући да ће профитирати одласком својих јеврејских поверилаца, на шта указују бројне тужбе о повратку прогнаника у Литванију 1503. Из јеврејских извора се зна да су неки од изгнаници су мигрирали на Крим, а да се далеко већи број настанио у Пољској, где су се, по дозволи краља Јована Алберта, настанили у градовима који су се налазили у близини литванске границе. Ова дозвола, дата у почетку на период од две године, продужена је „због крајњег сиромаштва Јевреја због великих губитака које су они претрпели”. Проширење, које се односило на све градове краљевине, омогућило је уживање свих слобода које су биле дате њиховој пољској браћи. Протерани Караити (јеврејски верски покрет који карактерише признавање само писане Торе као њеног врховног ауторитета у јеврејском верском праву) су се населили у пољском граду Ратно, сада познатом као Ратне, у Украјини.
Узроци неочекиваног протеривања су вероватно били многи, укључујући верске разлоге, потребу да се попуни исцрпљена ризница одузимањем новца Јевреја, лични анимозитет и други разлози.
Убрзо након што је Александар ступио на престо Пољске, дозволио је јеврејским прогнанима да се врате у Литванију. Почев од марта 1503. године, као што показују документи који још увек постоје, враћене су им куће, земље, синагоге и гробља и дата им је дозвола да наплате своје старе дугове. Нова повеља о привилегијама омогућила им је да живе широм Литваније као и раније. Повратак Јевреја и њихов покушај да поврате своје старе поседе довели су до многих потешкоћа и тужби. Александар је нашао за сходно да изда додатни декрет (априла 1503), којим је упућивао свог намесника да спроводи закон. Упркос томе, Јевреји годинама нису повратили део имовине.
Истовремено, средина 16. века била је сведок све већег антагонизма између мањег племства и Јевреја. Њихови односи су се затегли, а непријатељство хришћана почело је да ремети живот литванских Јевреја. Антијеврејско осећање, у почетку због економских узрока изазваних конкуренцијом, подстицало је свештенство, које је потом било укључено у крсташки рат против јеретика, посебно лутерана, калвиниста и Јевреја. Реформација, која се проширила из Немачке, имала је тенденцију да ослаби оданост Римокатоличкој цркви. Чести су случајеви удаје католичких жена за Јевреје, Турке или Татаре. Виленски бискуп се жалио Жигмунду Августу на учесталост таквих мешовитих бракова и на образовање потомства у вери њихових отаца. Шљахта је у Јеврејима видела опасне конкуренте у трговачким и финансијским подухватима. У свом опхођењу са пољопривредним класама, господари су преферирали Јевреје као посреднике, стварајући тако осећај повреде код шљахте. Ослобађање Јевреја од војне службе и моћ и богатство јеврејских порезника појачали су негодовање шљахте. Припадници племства, попут Борзобогатија, Загоровског и других, покушавали су да се такмиче са Јеврејима као закупцима царинских прихода, али никада нису успели. Пошто су Јевреји живели у градовима и на краљевим земљама, племство није могло да има никакву власт над њима нити да од њих извлачи профит. Нису имали чак ни право да насељавају Јевреје на своја имања без дозволе краља; али, с друге стране, често их је нервирало подизање на њиховим имањима наплатних кућа јеврејских порезника.
Литванско племство је настојало да обезбеди већу власт над Јеврејима. На сабору у Вилни 1551. године племство је тражило увођење посебног метарског пореза од једног дуката по глави становника, а племићи су тражили да се јеврејским порезницима забрани да подижу митнице или постављају страже у кафанама на њиховим имањима.
Противљење Јеврејима се коначно искристалисало и нашло дефинитиван израз у репресивном литванском статуту из 1566. године, када је литванским племићима први пут дозвољено да учествују у националном законодавству. Став дванаести овог статута садржи следеће чланове:
Јевреји неће носити скупу одећу, нити златне ланце, нити ће њихове жене носити златне или сребрне украсе. Јевреји неће имати сребрне носаче на сабљама и бодежима; они ће се разликовати по карактеристичној одећи; носиће жуте капе, а њихове жене мараме од жутог платна, да би сви могли разликовати Јевреје од хришћана.
Остала ограничења сличне природе садржана су у истом ставу. Краљ је проверио жељу племства да суштински измени старе повеље Јевреја.
У пољско-литванској заједници После смрти Сигисмунда Аугуста, пољски и литвански племићи окупили су се 1573. у Варшави и потписали документ у којем су свим представницима свих главних религија обећали међусобну подршку и толеранцију. Следећих осам или девет деценија материјалног просперитета и релативне безбедности које су искусили пољски Јевреји — написао је професор Гершон Хундерт — сведочи о појави „виртуелне галаксије искричавих интелектуалних личности”. Јеврејске академије су основане у Лублину, Кракову, Бриску, Лвову, Острогу и другим градовима. Пољска и Литванија су биле једине земље у Европи у којима су Јевреји култивисали своја интересовања. мини|Број Јевреја у пољско-литванској заједници по војводству 1764. године