У историји Азербејџана, рани средњи век трајао је од 3. до 11. века. Овај период на територијама данашње Азербејџанске Републике започео је укључивањем ових територија у састав Сасанидског Персијског царства у 3. веку нове ере. Феудализам се у Азербејџану формирао у раном средњем веку. Територије Кавкаске Албаније постале су поприште ратова између Византијског царства и Сасанидског царства. Након што је Сасанидско царство срушио Арапски калифат, Албанија је такође ослабила и 705. године ју је збацио Абасидски калифат под именом Аран. Како је контрола Арапског калифата над кавкаским регионом слабила, на територији Азербејџана су почеле да настају независне државе.
Сасанидско освајање
Историја мини|306x306пиксел| Сасанидско царство 226-651 н.е. 252-253. н.е, Кавкаску Албанију је покорило и припојило Сасанидско царство. Постала је вазална држава, али је задржала своју монархију; међутим, албански краљ није имао стварну моћ и већина грађанских, верских и војних овлашћења је била у рукама сасанидског марзбана (војног гувернера). После победе Сасанида над Римљанима 260. године нове ере, ова победа и анексија Албаније су описани у тројезичном натпису Шапур I на Зороастеровој коцки у Накш-е Ростаму.
Рођак сасанидског краља Шапура II (309-379), Урнаир је дошао на власт у Албанији (343-371), и водио је делимично самосталну спољну политику. Урнаир се удружио са Шапуром II, и према Амијану Маркелину, обезбедио је војне снаге (посебно коњицу) армијама Шапура II у њиховим нападима на Римљане, посебно у опсади Амиде (359). Ово се завршило победом Сасанидске војске и као резултат тога, враћени су Арцах, Марлар (сада Нахчиван), Каспијана и други региони Албаније. Такође је приметио да је албанска коњица играла одлучујућу улогу у опсади Амиде, попут Хионита (Ксионита). После ове победе Шапур II је почео да тлачи хришћане у Албанији.
„Близу њега (Шапура II) с леве стране ишао је Грумбатес, краљ Хионита, човек умерене снаге, истина, смежураних удова, али несумњиве величине ума и одликован славом многих победа. Десно је био краљ Албанаца, једнаког ранга, високе части”.
Године 371. битка код Дзирава (позната и као битка код Багавана) одиграла се између војске Римљана и Сасанида. И у овој бици Албанија је била савезник Сасанида. Битка је резултирала победом римске војске. Урнаир је рањен, а Албанија је лишена провинција као што су Ути, Шакашена, Колт (западна гранична провинција Албаније) и Гирдиман долина у овој бици. Албанија је повратила своје изгубљене провинције уговором потписаним између Рима и Сасанида 387. лево|мини|280x280пиксел| Кавкаска Албанија (историјска мапа) Године 450. сасанидска војска је поражена од хришћанских устаника против персијског зороастризма краља Издигерда II у бици код града Халхала (садашња област Газак) и Албанија је ослобођена персијских гарнизона. Након смрти Издигерда II, почела је интензивна борба за престо у Ирану између Издигердових синова Хормизда и Пероза. Преобраћање Вачеа II на хришћанство резултирао је ратом између Персије и кавкаске Албаније а Ваче II је изјавио своју непослушност новом сасанидском шахен-шаху Перозу I. После овог неповерења, Пероз је подигао Оногурске Хуне у борби против албанског монарха. Заузели су Албанију 462. године. Ова борба је завршена абдикацијом Вачеа II 463. године. Албански историчар Мојсеј Каланкатли, написао је да је Албанија тада остала без владара 30 година. Северни део Азербејџана постао је покрајина под управом марзбана Сасанидског царства.
Према Каланкатлију, скоро 30 година касније, монархију локалних владара у Албанији је поново успоставио Вачеов нећак -- Вачаган III (487-510). Вачагана Барепаша (побожног) устоличио је сасанидски шах Балаш (Валарш) (484-488). Вачаган III је вратио уступке албанских царева, смањио порезе и дао слободе хришћанима.
Сасаниди су 510. године елиминисали независне државне институције на Јужном Кавказу. Сасанидски гувернери започели су дуг период (510-629) доминације у Албанији. У касном 6. и раном 7. веку, територија Албаније је постала поприште ратова између Сасанидске Персије, Византије и Хазарског каната, при чему су последња два врло често деловала као савезници против Сасанидске Персије. Године 628, током Трећег персо-турског рата, Хазари су извршили инвазију на Албанију, а њихов вођа Зибел прогласио се за господара Албаније, уводећи порез за трговце и рибаре на рекама Кура и Аракс „у складу са премеравањем земљишта персијског краљевства“.
Владавина династије Михраниди (630-705) почела је у Албанији почетком 7. века. Ова династија потиче из провинције Гирдиман (данас Шамкирски и Казашки регион Азербејџана) у Албанији. Партав (сада Барда) је био центар ове династије. По Каланкатлију, покретач династије Михранида био је Михран (570-590), а представник је био Вараж Григор (628-642), који је понео титулу „Принц Албаније”.
Партав (Барда) је био главни град Албаније за време владавине Вараж Григоровог сина Џаваншира (642-681). Џаваншир је показао своју верност сасанидском шаху Издигерду III (632-651) у првом периоду своје владавине. Био је на челу албанске војске као спарапет и савезник Издигерда III, од 636–642. Упркос арапској победи у бици код Кадисије 637. године, Џаваншир се борио као савезник Сасанида. Након пада Сасанидског царства од стране Арапског калифата 651. године, Џаваншир је променио своју политику и прешао на страну византијског цара 654. године. Констанс II је узео Џаваншира под своју заштиту. Џаваншир је постао владар Албаније захваљујући заштити Византије. Године 662. Џаваншир је победио Хазаре код реке Куре. Три године касније, 665. године, Хазари су поново напали Албанију, са већом снагом, и победили. Према уговору потписаном између Џаваншира и поглавара Хазара, Албанци су пристали да плаћају данак сваке године. Заузврат, Хазари су вратили све заробљенике и опљачкану стоку. Албански владар успоставио је дипломатске односе са калифатом како би заштитио своју земљу од инвазије преко Каспијског мора. У ту сврху отишао је у Дамаск и састао се са калифом Муавијом (667, 670). Као резултат тога, калифат није дирао аутономију Албаније, а на захтев Џаваншира, порези Албаније су смањени за трећину. Џаваншира су 681. године убили византијски феудалци. После његове смрти, Хазари су поново напали и опљачкали Албанију. Арапске трупе су ушле у Албанију 705. године и одвеле последњег Џаваншировог наследника у Дамаск и погубиле га. Тако је у Албанији престала владавина династије Михранида. Укинута је унутрашња независност Албаније. Албанијом је почео да влада калифов наследник.
Религија Према локалном предању, хришћанство је у Кавкаску Албанију ушло у 1. веку преко светог Јелисеја Албанског, ученика светог Тадеја Едеског. Прву хришћанску цркву на Јужном Кавказу основао је Свети Јелисеј у кавкаској Албанији у селу Киш у области Ути, садашњег Шекинског рејона, у северозападном Азербејџану. Кавкаски Албанци су ову цркву сматрали "мајком црквом", основом институционализованог хришћанства у краљевству. Почетком четвртог века монофизитска албанска црква постаје државна институција као апостолска црква. У време владавине краља Урнаира, кога је крстио Папа Гргур I (Свети Григорије), Кавкаска Албанија је званично примила хришћанство и оно се постепено ширило. Мојсеј Каланкатли је написао "да нас је строга наредба шахен-шаха обавезала да престанемо да обожавамо своју религију и прихватимо паганску религију мага”.
Средином 5. века, под Вачеом II, (440-463), нећаком Издигерда II, Кавкаска Албанија се одрекла хришћанства и усвојила зороастризам под персијским утицајем. Хришћанске цркве су претворене у храмове, а хришћанство је било жестоко прогањано. Након што је Издигерд II умро 457. године, Ваче II је одбацио зороастризам и вратио се хришћанству. Ширењем хришћанства на Албанију, његов циљ је био да се ослободи владавине Сасанида. Године 498. под монархијом Вачагана III, у насељу по имену Алуен (Агуен) (данас Агдамски регион у Азербејџану), састао се албански црквени савет да усвоји законе којима се додатно јача положај хришћанства у Албанији. Сабор је донео кодекс од двадесет и једног параграфа који формализује и регулише структуру Цркве, функције, однос са државом и правни статус. Вачаган III је активно учествовао у христијанизацији кавкаских Албанаца и постављању свештенства у манастире широм свог краљевства.
Друштвено-економски и културни живот Током Сасанидског периода, у Кавкаској Албанији су била уобичајена два типа земљишне својине: наследно власништво над земљом, дастгерд, и условно власништво над земљом, хостак. Дастгерд је настао распадом комуналног власништва над земљом, а држава га је поделила међу владајућу класу. Хостак је дат феудалним вазалима. У Албанији, заједничко власништво над земљом је такође било често. Ту су одавно постојали слободни сељаци са заједничком земљом. Заједничари су плаћали порез у владареву благајну и обављали одређене дужности.
У петом и шестом веку у Албанији се формирала феудална класа: ову класу описивали су много различитих термина, углавном азат и нахарар (плетсво), и шинакан (сељаци). Нахарари нису били опорезовани. Њихов главни задатак била је војна служба код владара, а у почетку су управљали читавим провинцијама или окрузима. Током владавине Хозроја I (512-514) у Азербејџану, сви мушкарци старости од 20 до 50 година били су опорезивани, осим свештеника, писара, аристократије и официра.
У раном средњем веку у Азербејџану је било много одбрамбених тврђава и препрека. Ширвански зид је изграђен дуж реке Гилгил, 23 километра северно од Бешбармаг зида. Бешбармаг зид је почињао на обали Каспијског мора и пружао се до Бабадага и Гилгилхаја . Тврђава Чиракала се налазила на врху планине у шуми Губа. Још једна препрека је изграђена на северној страни реке Саумур. Тврђаве као што су Торпакала на обали реке Алазан, Говуркала (регија Агдам), Јаваншир кала (регија Исмаили) и Чарабкерт кала (регија Агдара) изграђене су током владавине Сасанида.
Арапско освајање
Историја Ал-Валид је послао групу својих људи на север преко реке Аракс под вођством Салмана ибн Рабије и у Накјаван (Нахчиван) под генералом Хабибом ибн Масламом. Хабиб је завршио са споразумом који је тражио признање и порезе џизију и хараџ од становништва Накјавана, док је Салманова војска кренула на Аран и заузела Бејлаган. Тада су Арапи напали Барду и наишли на отпор локалног становништва. После неког времена, становништво Барде је морало да закључи уговор са Арапима. Салман је наставио свој поход на леву обалу реке Куре и закључио уговоре са гувернерима Габале, Шакија, Шакашена и Ширвана. Године 652, Баб ал-Абваб (данас Дербент) су освојили Арапи. После Дербента, Салман је наставио свој поход кроз Хазарски каганат, али је изгубио битку и погинуо. Калифат је поново послао војску на Кавказ под вођством Хабиба ибн Маслама 655.
У периоду арапских инвазија на Кавказ, кавкаска Албанија покорена је Арапима само као вазална држава. мини|297x297п
Хазарско-арапски ратови Због избијања Првог муслиманског грађанског рата и приоритета на другим фронтовима, Арапи су се уздржали од још једног напада на Хазаре до почетка 8. века. Са своје стране, Хазари су извршили само неколико напада на закавкаске кнежевине које су се слабо држале под муслиманском влашћу: у нападу на Албанију 661/662. године, поражени су од локалног кнеза, али 683. или 685. (такође у време грађанског рата у муслиманском свету), рација великих размера широм Закавказја била је успешнија, уз заробљавање много плена и затвореника.
У периоду 722–723, Хазари су напали територије Јужног Кавказа под арапском влашћу али арапска војска коју је предводио ал-Џарах ал-Хаками брзо је успела да отера Хазаре назад преко Кавказа, и пробијала се на север дуж западне обале Каспијског мора, повратила Дербент и напредовала до хазарске престонице Баланџар, заузела престоницу Хазарског каната и заробила заробљенике око Габале. Тада се ал-Џарах вратио у Шаки са пленом и многим заробљеницима и тамо поставио своју војску.