Босна и Херцеговина је у дијелу Другог свјетског рата од априла 1941. до маја 1945. била дио марионетске Независне Државе Хрватске (НДХ), под контролом Нацистичке Њемачке и Фашистичке Италије. Отпор претежно српског становништва усташком терору који је спровођен од маја до јуна 1941. прерастао је од јула до августа у борбу великих размјера између двије идеолошке супротстављене антиокупаторске снаге — Народноослободилачки покрет (НОП) под Комунистичком партијом Југославије (партизани) и ројалистички Равногорски покрет (четници) — против усташког режима НДХ, њемачких и италијанских окупатора.

Споразум о сарадњи партизана и четника у Босни и Херцеговини склопљен је 1. октобра 1941, међутим није дуго потрајао. Командант четника пуковник Драгољуб Михаиловић је 30. децембра саопштио да се са партизанима не може сарађивати, јер је њихов циљ . У јануару 1942, партизанско руководство је у апелу народима Босне и Херцеговине оптужило четничке вође за саботирање Народноослободилачке борбе (НОБ), вођење братоубилачког рата против партизана и позвало Србе, Хрвате и Муслимане да се прикључе заједничкој борби против окупатора, усташа и четника. Борба покрета на челу са КПЈ за револуционарни друштвени преображај друштва, чији је циљ био рушење старог капиталистичког друштвеног поретка и успостављање комунистичке власти у Југославији, настављена је на територији Босне и Херцеговине до маја 1945. године.

Већи дио времена од 1941. до 1945. Босна и Херцеговина била је епицентар борбе против окупатора, социјалистичке револуције, грађанског рата и најжешћих војних дејстава у Југославији. Овдје су се одиграли легендарни догађаји Народноослободилачког рата (НОР), који леже у основни партизанске митологије у послијератној Југославији: стварање 1. и 2. пролетерске бригаде, Игмански марш, битка на Козари, поход пролетерских бригада у Босанску Крајину, битке на Неретви и Сутјесци, као и њемачки десант на Титов штаб у Дрвару.

Током цијелог рата, значајан дио територије, с изузетком великих градова, контролисали су партизани и четници. Истовремено, насеља и читаве области су више пута прелазили из руке у руку непријатељима: нпр. власт у Фочи се мијењала 27 пута током рата. Само неколико линија комуникације, као што су Мостар—Сарајево—Добој, држале су италијанско-њемачке трупе, а од октобра 1943. само њемачке. Ратна дејства у Босни и Херцеговини трајала су до краја маја 1945. године. Послије крвавих борби, јединице Вермахта су протјеране из Мостара 14. фебруара, а из Сарајева 6. априла 1945. године. Од 12. до 15. маја на Зеленгори је ликвидирана главнина четничких снага, док су борбе против усташа у Оџаку настављене до 25. маја 1945. године.

Врховни штаб НОВ и ПОЈ налазио се у Босни и Херцеговини од краја децембра 1941. до јуна 1944. (с изузетком кратког боравка у Црној Гори на прољеће 1943). У БиХ је одржано прво и друго засједање Антифашистичког вијећа народног ослобођења Југославије (АВНОЈ), којим су постављени темељи послијератне Југославије. Друго засједање Земаљског антифашистичког вијећа народног ослобођења Босне и Херцеговине (ЗАВНОБиХ), одржано од 30. јуна до 1. јула 1944. у Санском Мосту, поставило је темеље државности Босне и Херцеговине. Након ослобођења 1945, Босна и Херцеговине је ушла у састав Федеративне Народне Републике Југославије као република, углавном у границама од 1878. до 1918. године.

Допринос Босне и Херцеговине ослобођењу Југославије био је већи од доприноса било које друге југословенске републике. Штавише, током рата страдало је око 407.000 становника. Према другим изворима, губици су износили око 316.000—328.000 становника.

Предратно доба Територија Босне и Херцеговине пред Други свјетски рат била је дио Краљевине Југославија, која је до 1929. носила назив Краљевина Срба, Хрвата и Словенаца.

200px|мини|десно|Карта стварања Краљевства Срба, Хрвата и Словенаца. Стварање Краљевства Срба, Хрвата и Словенаца 1918. одвијало се под знаком унитарног концепта, заснованог, према етнологу , на затегнутој фикцији „’југословенске нацијe’ као ’троименог народа’, који је обухватао Србе, Хрвате и Словенце, али само као племена”. Истовремено, у Краљевству Срба, Хрвата и Словенаца, Босна и Херцеговина је у почетку имала статус покрајине у границама одређеним Свиштовским миром, а према Сенжерменском споразуму између сила Антанте и Аустрије, као и Видовданског устава из 1921, задржала је своју цјеловитост. Међутим, српски политичари су у име српских иредентистичких тежњи постепено централизовали власт, па је покрајинска власт у Босни и Херцеговини укинута 1924. године. Крајем двадесетих година 20. вијека у Југославији је наступила уставна и парламентарна криза. Посљедица кризе била је краљевска диктатура уведена 6. јануара 1929. године. Краљ Александар I Карађорђевић укинуо је устав, распустио Народну скупштину и лично преузео законодавну и извршну власт. Држава је 3. октобра 1929. преименована у Краљеву Југославију, а као административне јединице уведене су бановине. Истовремено, подручје Босне и Херцеговине подијељено је на четири бановине — Врбаску, Дринску, Зетску и Приморску — тако да су, гдје је било могуће, Срби чинили већину становништва. Административна сједишта двије бановине налазили су се у БиХ (Бања Лука и Сарајево), а друга два су била изван ње (Сплит и Цетиње). У Дринској, Врбаској и Зетској бановини већину су чинили Срби, у Приморској Хрвати, док су Муслимани били мањина у наведеним бановинама.

Програм отворене унитаризације Југославије, који се спроводио од 1929, преобразио је Босну и Херцеговину у простор на коме су Срби, Хрвати и Муслимани требали да постану један народ. Међутим, хрватски и српски народ су тада већ били чврсто успостављени, а Муслимани су имали одређена осјећања националне свијести и самобитности и игнорисали су идеју „троименог народа”. Стога је насилни покушај промјене неповратних друштвених токова само погоршао напетост политичке ситуације у земљи. Централизовани систем власти у вишенационалној Југославији није функционисао. Ништа се није промијенило послије доношења новог устава 3. септембра 1931. године. Посљедничо, да би се супротставила хрватском сепаратизму, југословенска влада је у августу 1939. створила аутономну хрватску административну јединицу — Бановину Хрватску, која обухватила тринаест округа са простора БиХ: Коњиц, Мостар, Столац, Љубушки, Томиславград, Ливно, Прозор, Бугојно, Травник, Фојница, Дервента, Градачац и Брчко. Остатак Босне и Херцеговине остао је у границама Врбаске, Дринске и Зетске бановине, подријеђен Министарском савјету. Муслимани нису учествовали у подјели и нису консултовани о њој.

Истовремено, Југословенска муслиманска организација (ЈМО), која је била муслиманска политичка странка, тражила је још 1933. у тзв. Сарајевским пунктацијама, да под „потпуно демократским, уставним и парламентарним системом”, Босна и Херцеговина „буде једна од равноправних јединица”. Предсједник странке Џафер Куленовић је у новембру 1939. предложио успостављање Босанске бановине, која би се простирала унутар историјских граница БиХ. Приједлог су подржали Муслимани — јавне личности, сва муслиманска друштва и институције, представници Исламске заједнице, као и представници пословних кругова у Сарајеву. На крају 1939. настао је покрет за аутономију Босне и Херцеговине, али није дошло до успостављања посебне политичко-територијалне јединице због противљења српских и хрватских политичара.

Аутономистичке тежње Муслимана и Хрвата у БиХ имале су снажан утицај на зближавање српских друштвених и политичких кругова. Посљедица је био покрет за стварање „јединственог српског политичког фронта” с циљем успостављања Српске бановине у Краљевини Југославији. Српски културни клуб (СКК) у Београду, који је објединио српску интелигенцију, бранио је гледиште да у Југославији, поред хрватског, постоји и српско питање и да се оно може ријешити само стварањем Српске бановине, кроз коју би оживјела идеја српске државе у оквиру југословенске државе. Идеја о аутономији Босне и Хереговине је одбачена, јер је она према СКК имала српски карактер, а њена аутономија није имала основа. СКК, као и сва српска друштва, удружења и установе у БиХ, радили су на уједињењу свих српских снага у „јединствени фронт српског народа” под слоганом „Срби на окуп!” и „Јако српство — јака Југославија!”. Покрет „Срби на окуп!” који је покренуо СКК постао је претеча четничког Равногорског покрета. Муслиманско друштво се плашило реакције Срба на покрете који су се залагали за хрватску, а прије свега босанску, аутономију. Овај страх је помогао да се Муслимани уједине уочи Другог свјетског рата.

Упркос захтјевима Муслимана и Срба, у Југославији није дошло до даље свеобухватне државе реформе, а национални антагонизми у „политички запуштеној и деградираној” Босни и Херцеговини „кували” су све до априла 1941. године. Истовремено, на подручју Врбаске и Дринске бановине до априла 1941. дјеловала су различита четничка удружења, знатно активније него у Бановини Хрватској. Према хрватском историчару Иви Голдштајну, то је био један од разлога што је на територији БиХ усташки терор над Србима био много жешћи него у другим дијеловима Независне Државе Хрватске. Као одговор, жеља за осветом захватила је редове четничког Равногорског покрета. Тако је током Другог свјетског рата Босна и Херцеговина постала поприште још озбиљнијег међунационалног сукоба него у Хрватској, а територија НДХ постала је поприште неупоредиво јачег сукоба него остали дијелови Југославије и од већег дијела Европе под нацистичком окупацијом.

Становништво БиХ уочи Другог свјетског рата Босна и Херцеговина је била претежно пољопривредна земља. Од пољопривреде и сточарства живјело је 75—80% становника (више од 2.500.000 од око 3.000.000 становника 1941), под великим утицајем остатака феудалног система (према Хрватској енциклопедији „који је у неким подручјима чак преовладавао”). Пољопривредни сектор се заснивао на малим фармама са нерентабилном производњом. Истовремено, око 69% газдинстава није могло да подмири потребе становништва запосленог у њима. Нерентабилности и неефикасна економија Босне и Херцеговине, уз високе стопе раста становништва (више до 20%), довела је до великог сиромаштва у земљи.

Према посљедњем предратном попису становништва 1931, у Босни и Херцеговини живјело је око 2.300.000 становника. Национални састав био је хетероген и подијељен по конфесионалној припадности у три главне групе: православни Срби — нешто више од 1.000.000 (44,25%), Муслимани — око 718.000 људи (30,90%) и католички Хрвати — око 547.000 људи (23,58%)., која није довршена, оставила је многе незадовољне, а рјешење сељачког питања су владајући српски кругови и странке у Босни и Херцеговини користили за политичке спекулације и уцјене. Због тога је национално питање формално поистовјећено са проблемима сељаштва.

Сиромаштво и претежно рурални састав становништва употпуњени су неписменошћу. Према подацима из 1941, више од 70% становника остало је неписмено. Образовање је било привилегија само уског круга људи, углавном из имућних породица, а образовање је било на ниском нивоу.

Југославија на почетку Другог свјетског рата: септембар 1939 — март 1941.