Током Холокауста, већина јеврејског становништва Словачке депортована је у два таласа: 1942. и 1944–1945. године. Током 1942. године, постојала су два одредишта: 18.746 Јевреја депортовано је у осамнаест транспорта у концентрациони логор Аушвиц, док је још 39.000–40.000 депортовано у тридесет осам транспорта у логоре смрти Мајданек и Собибор, као и у разна гета у Лублинском округу Генералне губерније. Укупно је депортовано 57.628 особа, од којих се само неколико стотина вратило.
Током 1944. и 1945. године, 13.500 Јевреја депортовано је у Аушвиц (8.000 депортованих), а мањи бројеви упућени су у концентрационе логоре Заксенхаузен, Равензбрик, Берген-Белзен и Терезијенштат. Укупно, ове депортације довеле су до смрти око 67.000 од укупно 89.000 Јевреја који су живели у Словачкој.
Позадина
У политичкој кризи која је уследила након Минхенског споразума из септембра 1938. године, конзервативна и етнонационалистичка Словачка народна странка једнострано је прогласила аутономију Словачке у оквиру Чехословачке. Словачки Јевреји, чији је број 1940. године износио 89.000, постали су мета прогона. У новембру 1938. године, 7.500 Јевреја (сиромашних или без словачког држављанства) депортовано је на мађарску границу. Иако им је у наредним месецима било дозвољено да се врате, ове депортације су представљале увертиру за оне које су уследиле 1942. године.
Дана 14. марта 1939. године, Словачка држава је прогласила независност уз подршку Немачке. Многи Јевреји изгубили су радна места и имовину услед аријанизације, што је резултирало тиме да велики број њих западне у сиромаштво. Овај проблем постао је хитно социјално питање за словачку владу, која га је „решавала“ депортовањем незапослених Јевреја. Словачка је првобитно постигла договор с немачком владом да депортује 20.000 радно способних Јевреја у Немачком окупирану Пољску, плаћајући нацистичкој Немачкој 500 рајхсмарака по особи, наводно за покриће трошкова пресељења. Међутим, ово је био само први корак у депортацији свих Јевреја, јер би депортовање радника, а остављање њихових породица, додатно погоршало економску ситуацију преосталих Јевреја.
У међувремену, нацистичка Немачка радила је на спровођењу „Коначног решења“, убијању свих Јевреја који су јој били доступни. Године 1939. Лублински округ у Немачком окупираној Пољској био је одређен као „јеврејски резерват“. До 1942. године постао је прихватни центар за Јевреје из нацистичке Немачке и Словачке. Почевши крајем 1941. године, Шуцштафел (СС) почео је планирање депортације Јевреја из Лублина у логоре смрти у оквиру Операције Рајнхард: Белжец, Собибор и Треблинку, како би се ослободио простор за словачке и немачке Јевреје.
Година 1942.
Између 25. марта и 20. октобра 1942. године депортовано је око 57.700 Јевреја (две трећине популације). Шездесет и три воза за депортацију из Словачке организовао је Франц Новак. Депортације су несразмерно погодиле сиромашне, руралне и ортодоксне Јевреје; док је регион Шариш-Земплин на истоку Словачке изгубио 85 до 90 процената своје јеврејске популације, у Жилини је скоро половина Јевреја остала после депортација. Депортовани су накратко задржавани у логорима у Словачкој пре него што су транспортовани, и то 26.384 из Жилине, 7.500 из Патронке, 7.000 из Попрада, 4.160 (или 4.463) из Середа и 4.000 до 5.000 из Новака. Осамнаест возова са 18.746 жртава послато је у Аушвиц, а још тридесет осам транспорти (са 39.000 до 40.000 депортованих) упућено је у гета и концентрационе и логоре смрти у Лублинском региону.
Само неколико стотина (процењује се на 250 до 800) преживело је рат. Чешки историчар Данијел Путик процењује да је само 1,5 процената (око 280 људи) оних који су депортовани у Аушвиц 1942. године преживело, док је стопа смртности оних депортованих у регион Лублина била близу 100 процената.
Покушаји Немачке и радикала из Словачке народне странке да обнове депортације 1943. године били су неуспешни због противљења словачких умерених политичара, након чега је уследио двогодишњи застој у депортацијама.
Почетна фаза thumb|upright=1.|Линда Рајх (у средини), депортована првим транспортом из Словачке, и други затвореници сортирају ствари одузете Јеврејима депортованим из Карпатске Рутеније, 1944. године. Првобитни план депортације, одобрен у фебруару 1942. године од стране немачке и словачке владе, подразумевао је депортацију 7.000 неудатих жена узраста од 16 до 35 година у Аушвиц и 13.000 неожењених мушкараца узраста од 16 до 45 година у Мајданек као присилна радна снага. Операција је носила кодно име Акција Давид. СС официр и саветник за јеврејска питања Дитер Вислицени, заједно са словачким званичницима, обећао је да депортовани неће бити малтретирани и да ће им бити дозвољено да се врате кући након одређеног периода. У почетку су многи Јевреји веровали да је боље пријавити се за депортацију него ризиковати одмазду према својим породицама због непоштовања наредбе. Ипак, 3.000 од 7.000 жена које је требало да буду депортоване одбило је да се пријави. Начини избегавања депортације укључивали су лажне бракове, пребацивање код рођака или привремено скривање код нејевреја. Хлинкова Гарда имала је тешкоћа у испуњавању квота, и због тога је током почетне фазе депортација депортовано само 3.800 жена и 4.500 мушкараца. Ове депортације представљале су „ново поглавље у историји Холокауста“ јер су Словакиње биле прве јеврејске затворенице у Аушвицу. Њихов долазак допринео је претварању овог кампа у логор за истребљење.
Депортовање је организовао Одељење 14, подружница Централног економског уреда Словачке, док је Министарство саобраћаја Словачке обезбеђивало транспортне вагоне. Чланови Хлинкове Гарде, Добровољачке заштитне страже (ФС) и жандармерије били су задужени за хапшење Јевреја, чување транзитних центара и на крају утовар депортованих у пренатрпане вагоне ради депортације. Транспорти су били временски подешени да стигну до словачке границе код Чадце у 4.28. У Звардону у 8.30, Хлинкова гарда је предавала транспорте немачкој Шутцполицај. Транспорти су стизали у Аушвиц истог поподнева, а у Мајданек следећег јутра.
Први транспорт је кренуо 25. марта 1942. године у 20.00 часова из Попрада. Пре поласка, Вислицени је на платформи обратио се депортованима, рекавши да ће им бити дозвољено да се врате кући након што заврше рад који им је Немачка наменила. Први депортовани нису знали шта их чека и покушавали су да буду оптимистични. Према речима преживелих, песме на хебрејском и словачком певале су се док су прва два транспорта жена за Аушвиц напуштала платформе. Већина Словакиња депортованих у Аушвиц 1942. године које су преживеле рат биле су из прва два транспорта у марту, јер су биле млађе и јаче. Жене из источне Словачке су посебно биле младе, јер је већина Јевреја из тог подручја била припадник харедим заједнице, у којој се рано склапају бракови; више од половине њих имало је 21 годину или мање. Жене депортоване из Братиславе биле су у просеку старије, јер су касније ступале у брак или се уопште нису удавале; око 40 процената њих имало је 21 годину или мање. Датум Полазак Одредиште Број депортованих25–26. мартПопрадАушвиц99727. мартЖилинаМајданек100027–28. мартПатронкаАушвиц798, 1000, или 100228–30. мартСередМајданек100030–31. мартНовакиМајданек10031–2. априлПатронкаАушвиц9652–3. априлПопрадАушвиц9975. априлПопрадМајданек1495Већина информација се такође може потврдити код
Депортације у Лублин thumb|alt=Photograph of a list of twenty Jews deported from Žilina to the Sobibór extermination camp dated 14 June 1942| Списак Јевреја депортованих из Жилине у логор смрти Собибор, 14. јуна 1942. године. Лидер СС-а Рајнхард Хајдрих посетио је Братиславу 10. априла 1942. године. Он и Војтех Тука су се договорили да се наредне депортације усмере на целе породице и да се на крају сви Јевреји уклоне из Словачке. На изглед, ова промена је требало да избегне раздвајање породица, али је такође решавала проблем збрињавања деце и старијих чланова породица радно способних депортованих особа. Породичне депортације почеле су 11. априла и њихове жртве су одведене у Лублински округ. Ова промена пореметила је планове СС-а у Лублинском округу. Уместо да радно способни мушкарци буду депортовани у Мајданек, СС је морао да припреми простор за словачке јеврејске породице у пренасељеним гетоима тог региона. Депортације из Словачке су биле највеће и најдужег трајања од свих депортација Јевреја у Лублински округ.
Возови су пролазили кроз две железничке дистрибутивне тачке, у Наленчову и Лублину, где их је дочекивао високи официр СС-а. У Лублину је обично вршена селекција: радно способни мушкарци су бирани за рад у Мајданеку, док су преостали упућивани у гетоа дуж железничких линија. За возове који су пролазили кроз Наљечов, Јевреји су упућивани на локације где је била потребна принудна радна снага, обично без раздвајања породица. Већина возова доводила је своје жртве (укупно 30.000) у гетое чији су становници недавно депортовани у логоре смрти Белзец или Собибор, као део политике „револвинг врата“, у којој су страни Јевреји довођени да замене оне који су убијени. Последње депортације у Лублински округ догодиле су се током прве половине јуна 1942. године. Десет транспорта је накратко застало у Мајданеку, где су радно способни мушкарци (обично узраста од 15 до 50 година) бирани за рад, док су возови настављали до Собибора, где су преостале жртве убијане.
Жртве су обавештене четири сата пре депортације, како би се спречио њихов бег. Пребијања и присилно бријање брада били су уобичајени, као и инвазивне претраге којима су тражене скривене вредности. Иако су неки стражари и локални званичници прихватали мито да би Јевреје скинули са спискова за депортацију, жртве би обично биле депортоване следећим возом. Други су злоупотребљавали своју моћ како би силовали јеврејске жене. Јеврејима је било дозвољено да понесу само 50 килограма личних ствари, али су чак и те ствари често биле крадене. Званична изузећа су требало да спрече депортацију, али су локалне власти понекад депортовале и оне који су имали изузећа.
Већина група је остајала кратко у гетоима у Лублину пре него што би била поново депортована у логоре смрти, док су неки остајали у гетоима месецима или годинама. Неколико хиљада депортованих завршило је у логорима за принудни рад у области Лублина (као што су Понјатова, Коњсковола и Крихув). Неуобичајено је било то што су депортовани у Лублинској области брзо успоставили контакт са Јеврејима који су остали у Словачкој, што је довело до значајних напора за пружање помоћи. Међутим, судбина Јевреја депортованих из Словачке на крају је „запечаћена у оквиру Операције Рајнхард“, заједно са судбином пољских Јевреја. Од процењених 8.500 мушкараца који су директно депортовани у Мајданек, само је 883 преживело до јула 1943. године. Још неколико хиљада словачких Јевреја депортовано је у Мајданек након ликвидације гетоа у Лублинском округу, али је већина одмах убијена. Преостали словачки Јевреји у Мајданеку стрељани су током Операција Ернтефест; једина значајна група словачких Јевреја која је остала у Лублинском округу била је група од око 100 особа у логору Луфтвафеа у Демблин-Ирени.