Flatholmen kan syfta på följande platser:
Finland
Kuggholma och Flatholmen, Lemland, Åland, Flatholmen, Raseborg, Nyland,
Norge
Flatholmen (Risør), holme, Aust-Agder fylke,
Sverige
Flatholmen, Lysekils kommun, ö och fyrplats, Västra Götalands län, Flatholmen, Tjörns kommun, ö, Tjörns kommun, Västra Götalands län, Flatholmen, Småland, ö, Västerviks kommun, Kalmar län,
Se även Flatholm Flakholmen