Flysjön (Flysjö) kan syfta på ett antal insjöar i Sverige:
Flysjön, Småland, sjö i Tingsryds kommun, Flysjö, sjö i Borås kommun, (4,37 ha) Flysjön, Västergötland, sjö i Borås kommun, (2,2 ha) Flysjön (Ludvika socken, Dalarna), sjö i Ludvika kommun, Flysjön (Särna socken, Dalarna), sjö i Älvdalens kommun, (22,3 ha) Stora Flysjön, sjö i Älvdalens kommun, Flysjön, Gästrikland, sjö i Sandvikens kommun, (1,6 ha)
Kategori:Listor över Sveriges insjöar baserat på namn