Lillflyn kan syfta på ett antal insjöar i Sverige:
Lillflyn (Hotagens socken, Jämtland, 709640-143659), sjö i Krokoms kommun, (20 ha) Lillflyn (Hotagens socken, Jämtland, 710679-143341), sjö i Krokoms kommun,
Se även Lillflyet, sjö i Hofors kommun,
Kategori:Listor över Sveriges insjöar baserat på namn