San Francisco har inget tunnelbanesystem i strikt bemärkelse (spår helt separerade från all annan trafik, högst 10-15 minuters turtäthet dagtid, betjänar i huvudsak ett stadsområde), men det finns två spårtrafiksystem som har vissa av dessa egenskaper:
Bay Area Rapid Transit (helt separata spår, 15 minuters turtäthet på de yttre grenarna, förbinder flera städer i Bay Area) Muni Metro (snabbspårväg/premetro med tunnel i centrala San Francisco och gatuspår i ytterområdena)
Se även San Franciscos kabelspårvägar