Det finns ett flertal kyrkor med namnet S:t Johanneskyrkan, Johanneskyrkan eller Sankt Johannes kyrka:
Sverige S:t Johanneskyrkan, Göteborg S:t Johanneskyrkan, Jönköping S:t Johannes kyrka, Malmö S:t Johannes kyrka, Norrköping S:t Johannes kyrka, Skövde S:t Johanneskyrkan, Stockholm Johanneskyrkan, Södertälje Johanneskyrkan, Vännäs Sankt Johannes kyrka, Habo Sankt Johannes kyrka, Järrestad Sankt Johannes kyrka, Kalmar Sankt Johannes kyrka, Landskrona Sankt Johannes kyrka, Malmö Sankt Johannes kyrka, Norrköping Sankt Johannes kyrka, Stockholm Sankt Johannes kyrka, Skövde Sankt Johannes kyrka, Värnamo Sancti Johannis Baptistae kyrka, Landskrona Sankt Johannes kapell, Vimmerby
Finland Johanneskyrkan, Fredrikshamn S:t Johannes kyrka, Hauho Johanneskyrkan, Helsingfors Sankt Johannes kyrka, Lemland Sunds kyrka, Åland Johanneskyrkan, Tammerfors, från 1923 Tammerfors domkyrka
Norge Johanneskyrkan, Bergen Johannes kyrka, Oslo, en tidigare kyrka
Danmark Sankt Johannes Kirke i Köpenhamn
Nordmakedonien Sankt Johannes kyrka i Kaneo
Se även Helige Johannes Döparens kyrka