Samernas historia sträcker sig åtminstone tillbaka till vår tideräknings början. Många äldre forskare har dragit slutsatser om samernas historia i mycket äldre tid än så, ibland ända sedan istiden. Idag är arkeologer inte så benägna att använda nutida etniska beteckningar om forntidens kulturer.Baudou (1995), s. 111. När det gäller stenålderns fångstkulturer i Norden menar tongivande forskare att deras primära kollektiva identitet troligen var kopplad till den lokala gruppen eller släkten, och inte till någon större övergripande enhet motsvarande det samiska folket.Hansen & Olsen (2004), s. 38. Någon gång omkring Kristi födelse är det dock enligt de flesta nutida forskare relevant att tala om en samisk etnicitet. Under århundradena därefter börjar samerna också omnämnas i skriftliga källor.
Eftersom utvecklingen inom det område som under historisk tid bebotts av samer skiljer sig en hel del från sydligare trakter är det lämpligt att här tillämpa den periodindelning som utvecklades av Hans Christiansson och som har använts av bland andra Evert Baudou.Baudou (1995), s. 51–52.
Stenålder (ca 8700–800 f.Kr.) Samernas genetiska ursprung Huvudartikel: Samernas ursprung Genetiska studier av framför allt mitokondriellt DNA och Y-kromosom-DNA visar att samerna huvudsakligen har ett västeuropeiskt ursprung och inte är släkt med sibiriska folk. Dock finns genetiska spår både från väster och öster. I en studie från 2007 kom forskarna fram till att merparten av den samiska folkgruppen verkar ha kommit till Norden mycket snart efter istidens slut, antingen från den europeiska kontinenten eller från öster eller från båda hållen. Ytterligare ett tillskott ska sedan ha kommit från öster så sent som för 2 000–3 000 år sedan. Tidigare har den Gropkeramiska kulturen föreslagits som förfäder till samerna men detta har blivit motbevisat av omfattande DNA-studier.Malmström, Helena; et al. (4 June 2020). "The Neolithic Pitted Ware culture foragers were culturally but not genetically influenced by the Battle Axe culture herders". American Journal of Physical Anthropology. American Association of Physical Anthropologists. doi:10.1002/ajpa.24079. Hämtad 7 Juli 2020.
Neolitiska renjägare Arkeologiska rön kring 2005 anses visa att den norska kusten snabbt koloniserades från sydväst under istidens slutskede. De människor som slog sig ned vid kusten gav upphov till lämningar som blivit kända som Komsakulturen. Dessa lämningar har av äldre forskare, framför allt K.B. Wiklund, ansetts vara spår av samernas förfäder. Han utgick dock från att Komsakulturens människor skulle ha tillbringat hela istiden isolerade vid kusten, vilket alltså inte är forskningens nuvarande ståndpunkt. En invandring längs norska kusten omedelbart efter istiden är däremot helt förenlig med forskningen om samernas genetiska ursprung, vilket innebär att de tidigaste stenålderslämningarna vid Ishavskusten mycket väl kan härröra från en grupp som kom att utgöra en betydande del av samernas förfäder.
I Norrbottens län har under 2000-talet flera boplatser påträffats som måste ha tillkommit mycket snart efter att inlandsisen drog sig tillbaka. De verkar ha använts av renjägare, eftersom det finns renben i fyndmaterialet. När dessa boplatser var i bruk var de sydligare delarna av Norrland fortfarande täckta av is, vilket gör en invandring från söder osannolik. Det är däremot inte långt till det redan befintliga bosättningsområdet vid Ishavskusten i norr. Ungefär samtidigt verkar det också ha skett en invandring från öster, med koppling till Butovokulturen i västra Ryssland.
Skifferkultur
De tidigaste stenåldersfynden i norra Sverige skiljer sig inte särskilt mycket från dem som hittats i södra Sverige. Någon gång omkring skedde emellertid en differentiering mellan norr och söder. Tidigare hade redskapen i norr tillverkats av kvarts med en teknik som även användes söderut, men nu kom i allt större utsträckning skiffer till användning i norr, och redskapen slogs fram ur stenen med en ny teknik. En övergripande benämning på den kultur som lämnat efter sig dessa redskap är skifferkulturen, och den tycks ha varit dominerande i hela Norrland, särskilt Mellannorrland, samt i mellersta och norra Norge. Även i norra Finland har skifferföremål hittats, men de är inte lika vanliga. Skifferkulturens tid varade fram till omkring Baudou (1995), s. 61–65.
Eftersom skifferkulturens utbredningsområde i stora drag överensstämmer med samernas bosättningsområde under historisk tid drog två arkeologer, svensken Hans Hildebrand och norrmannen Oluf Rygh, på 1860-talet slutsatsen att skifferkulturens lämningar var spår efter tidiga samer.Hansen & Olsen (2004), s. 23. Idag tror dock arkeologerna att stenåldersmänniskornas identitet snarare var knuten till den lokala gruppen och inte till någon stor, övergripande enhet motsvarande det samiska folket. Långt senare kom etnologen Phebe Fjellström till en likartad ståndpunkt, även om hon menade att det fångstfolk som levde i norra Sverige vid denna tid bara var en av de två grupper som senare, omkring , smälte samman och bildade den samiska folkgruppen. Enligt Fjellströms uppfattning hade detta fångstfolk ursprungligen bott vid norska kusten i höjd med södra Lappland och norra Ångermanland. Därifrån hade de under tusentals år företagit jaktfärder över Kölen under vintrarna för att jaga älg och med tiden blivit mer eller mindre stationära.Fjellström (1985), s. 136–140.
Migrationsvågor
Under 2010-talet och framåt har man allt mer fokuserat på DNA-analyser för att avgöra samernas genetiska ursprung. Studier visar att en förhistorisk migrationsvåg från Sibirien som nådde Europa för cirka 4000 år sedan gav ett betydande tillskott till samernas arvsmassa. YDNA-haplogruppen (som ärvs från far till son) N1c är särskilt vanlig i Finland och bland samer, och tros ha kommit in i Fennoskandinavien österifrån för minst 1500 år sedan.”Karin Bojs: Fjärde vågen bidrog till finnar och samer”. DN.SE. 25 mars 2018. Läst 26 juli 2019.Karin Bojs; Peter Sjölund. Svenskarna och deras fäder - de senaste 11 000 åren (Andra tryckningen). . OCLC 973876808, inskannad Den samiska befolkningens bosättning fördaterar inte den skandinaviska befolkningens bosättningar. Initialt bosatte sig de olika gruppernas förfäder i olika delar av den Skandinaviska halvön och hade en liten interaktion till en början, för att sedan bli intensivare allt eftersom grupperna expanderade.Price, Theron Douglas (2015). Ancient Scandinavia: An Archaeological History from the First Humans to the Vikings. Oxford University Press. .
Äldre metallålder (–)
Ananinokultur och asbestkeramik Det arkeologiska fyndmaterialet tyder på att det under det sista årtusendet f.Kr. skedde en markant ökning i handelsutbytet mellan fångstbefolkningen i norra Fennoskandien och avlägsna samhällen med ett annat levnadssätt. Det visar sig i fynd av föremål som importerats österifrån, främst från den så kallade Ananinokulturen i mellersta Ryssland, som tidigt ägnade sig åt järnframställning. Bland fynden finns järnföremål, imponerande bronsyxor och gjutformar.Baudou (1995), s. 104–106.
Bland de inhemska fynden från samma tid märks den så kallade asbestkeramiken, som kan ha använts i samband med metallframställning. Kärlen är utsmyckade med mönster som har stora likheter med den som förekommer på Ananinoyxorna av brons.Baudou (1995), s. 109–110.Hansen & Olsen (2004), s. 38–39.
Asbestkeramiken har kopplats samman med tidiga samer av bland andra arkeologen Evert Baudou. Han har påpekat att asbestkeramik inte förekommer söder om en gräns som skiljer Övre Norrland från Mellannorrland och Jämtlands län. Norr om denna gräns är älvnamn och de äldsta ortnamnen ofta samiska eller finska, medan motsvarande namn söder om gränsen vanligen är av nordiskt ursprung.Baudou (1995), s. 110–112. För etnologen Phebe Fjellström, som menade att den samiska folkgruppen bestod av en västlig och en östlig grupp som smält samman, var asbestkeramikens folk den österifrån kommande gruppen. Förutom asbestkeramik förde den med sig ett finsk-ugriskt språk till det fångstfolk som redan fanns närvarande i Norrlands inland och som nämnts ovan ifråga om skifferkulturen.
Den samiska etnicitetens uppkomst thumb|På ett träsnitt från Olaus Magnus Historia om de nordiska folken avbildas Nordens olika folkslag i form av en moskovit, en finne, en same och en göte. En exakt datering av när samerna kom till som folk eller etnisk grupp är förmodligen omöjlig. Den norske socialantropologen och arkeologen Knut Odner utvecklade dock i början av 1980-talet en modell för den samiska etnicitetens uppkomst, inspirerad av antropologen Fredrik Barths teorier.Odner (1983), s. 20. Delar av modellen har ifrågasatts, men i stora drag står den sig fortfarande.Hansen & Olsen (2004), s. 36.
Knut Odner kopplade samman uppkomsten av en samisk etnicitet med uppkomsten av det samiska språket. Språkforskare menar att samiskan utvecklades under årtusendet före Kristi födelse, troligen i södra Finland. Odner menade att befolkningen i södra Finland dessförinnan var både språkligt och etniskt heterogen, utan övergripande etnicitet. Denna ståndpunkt grundade sig på att de arkeologiska fynden är ganska anonyma vid denna tid. Det fångstfolk som levde där tycks inte ha haft något större behov av att uttrycka sin egenart och etnicitet, i varje fall inte på ett sätt som är igenkännbart för en arkeolog. När finnarnas förfäder kom till södra Finland från Baltikum och slog sig ned som jordbrukare kunde de erbjuda produkter som den redan närvarande fångstbefolkningen tidigare inte haft tillgång till. Odner menade att det framför allt handlade om järn men kanske även om korn och ull. Dessa varor ska fångstbefolkningen ha kunnat skaffa sig i utbyte mot pälsverk. I samband med att allt starkare handelsförbindelser etablerades tog fångstbefolkningen till sig det protofinska språket, som hos dem utvecklades till samiska, menade Odner. Samtidigt utvecklades egna etniska koder hos den samisktalande befolkningen i kontrast till den finsktalande.Odner (1983), s. 100–106.
I och med att de grupper som antagit en samisk etnicitet utövade en framgångsrik handel med de finska handelsmännen bör deras strategi ha framstått som attraktiv för andra som levde på ett likartat sätt. Enligt Odners modell kom alltfler grupper att definiera sig som samer, vilket ledde till att den samiska etniciteten och det samiska språket spred sig över ett allt större område.Odner (1983), s. 4, 109–110.
Tidpunkten för när samerna först uppstod som etnisk kategori ville Knut Odner placera någon gång kring Kristi födelse, samtidigt som han menade att processen troligen avslutades först i slutet av vikingatiden.Odner (1983), s. 4. Den svenske arkeologen Evert Baudou accepterade i stort sett Odners sätt att resonera, men han ville tidigarelägga startpunkten och koppla samman utvecklingen av den samiska etniciteten med det östliga handelsutbyte som märks i import av föremål från Ananinokulturen och tillverkning av asbestkeramik. Liksom Odner menade Baudou att den samiska etniciteten uppstått i mötet med andra folk, men Baudou ville förlägga detta till mellersta Norrland och mötet med jordbrukande germaner.
Två norska forskare, historikern Lars Ivar Hansen och arkeologen Bjørnar Olsen, är inne på samma linje som Baudou vad gäller den samiska kopplingen till Ananinokultur och asbestkeramik. Därmed menar de att det är meningsfullt att tala om samisk etnicitet, åtminstone som en "retrospektiv kategori", från och med slutet av sista årtusendet f.Kr. Hansen och Olsen har dock inte anammat Baudous syn på var den samiska etniciteten skulle ha utvecklats, utan menar liksom Odner att detta skedde i södra Finland i samspel med invandrade finska jordbrukare.Hansen & Olsen (2004), s. 41.
Yngre metallålder ()