Sloveniens historia är både lång och kort. Före självständigheten i juli 1991 hade området i århundraden varit en del av Habsburgska riket fram till Österrike-Ungerns sammanbrott 1918.
Under 600- och 700-talet fanns dock det självständiga hertigdömet Karantanien, som senare ingick i Östfrankiska riket. Det frankiska riket följdes av Tysk-romerska riket fram till 1806 bestående av fyra jämbördiga nationer – en bild i boken Evangelarium of the Emperor Otto III visar representanter för Sclauinia, Germania, Gallia och Roma. Barbara av Celje (1390/1395 - 1451), från den slovenska grevefamiljen av Celje (von Cilli), blev också kejsarinna av Tysk-romerska riket.
Sloveniens historiska kronland i det habsburgska riket var Steiermark (slo. Štajerska), Krain (slo. Kranjska), Kärnten (slo. Koroška), Görz/Gorizia (slo. Goriška) och Istrien (slo. Istra), dessutom utanför det habsburgska området i Friuli (slo. Furlanija) samt det pannoniska området, sedermera Prekmurje.
Förhistorisk tid mini|stående|Den cirka 44 000 år gamla björnbenet från Divje Babe, som av vissa forskare tolkats som en flöjt tillverkad av neanderthalare. De äldsta bevisen av mänsklig bosättning i Slovenien härstammar från 250 000 f.Kr.
Kvarlevor av tidig stenålder har hittats från 120 000 f.Kr. Mellan 50 000 och 30 000 f.Kr. levde neandertalmänniskan i området (en bosättning har hittats i närliggande Krapina, Kroatien, där en del av fynden kan beses i ett museum). 1995 gjordes ett fynd av ett björnben i Divje Babe nära Idrija i Slovenien som av vissa forskare tolkats som en cirka 44 000 år gammal flöjt tillverkat av Neanderthalare, och av andra som ett ben som perforerats av rovdjurständer. Föremålet finns på Sloveniens Nationalmuseum i Ljubljana.
I övergången från sten- till bronsålder för cirka 4000 år sedan täckte en sjö området som idag sträcker sig från huvudstaden Ljubljana till Vrhnika i väst, bergen i norr och söder. För att skydda sig mot fiender och vilda djur byggde människor bosättningar på plattformar som stod på pålar ute på sjön. Dessa pålbyggare (mostiščarji) levde som fiskare, jordbrukare och hantverkare och klädde sig i djurskinn. De idkade också en del handel med sina grannar. Bosättningarna levde vidare till början av järnåldern, omkring år 1700 f.Kr., varefter de långsamt försvann. Sjön torkade sedermera ut. Kvar finns endast ett sumpområde (Ljubljansko barje). Träskmarken bjuder hela tiden på nya fynd. Man har hittat ett trähjul med vagnsok, som av experter anses vara cirka 5500 år gammalt. Det är det äldsta hittills funna trähjulet i världen.
thumb|200px|Kopia av situlan från Vače
Brons och järnåldersbefästningar har återfunnits från 800-700 f.Kr. Rikligt med arkeologiska fynd från Hallstattkulturen finns särskilt påtagligt i sydöstra delen av Slovenien, i "situlastaden" Novo mesto med omnejd. Under 400-300-talet f.Kr. invaderade kelterna området. De bosatte sig endast utmed huvudvägar, vid viktiga kommersiella centra och andra strategiska platser. Det finns inga spår efter deras La Tène-kultur i de östra Alperna. Hallstattkulturen fortsatte oavbrutet, vilket tyder på en fredlig samexistens mellan de två grupperna.
Cirka 100 f.Kr. grundades det noriska riket, Regnum Noricum. Efter den noriske kung Vokks död år 16 e.Kr., blev provinsen Noricum alltmer beroende av den romerske kejsaren Claudius (41-54 e.Kr.). Under kejsar Markus Aurelius (161-180 e.Kr.) blev Noricum endast en vanlig romersk provins med mycket lite rättigheter och nationellt självbestämmande. Hela området tillföll senare provinsen Venetien, där alla städer i Noricum utom Celje/Celeia ingick.
På dagens slovenska område utspelade sig ett av de avgörande slagen mellan kristendomen och hedendomen, slaget vid Frigidus, då den romerske hedniske kejsaren Eugenius besegrades av den kristne kejsaren av Östromerska riket (Konstantinopel) Theodosius I år 394 e.Kr.
Medeltiden thumb| Samos rike år 631. År 623 grundades Samos rike, som samlade besläktade slaviska folk från flera områden i ett gemensamt centraleuropeiskt kungadöme. När detta föll samman år 658 e.Kr. behöll det av slovener befolkade området, som sträckte sig över samma område som under romartiden kallades för Inre Noricum och som hade sitt säte i slottet Krn norr om dagens Celovec/Klagenfurt, sin självständighet - i det ovan nämnda hertigdömet Karantanien.
I de slovenska områdena var linden centrum i byns sociala liv - det politiska och kulturella livet, det så kallade sosednja. Under mången lind fanns ett stenbord med tolv säten eller bänkar åt byäldsten, de så kallade dvanajstija (tolvmännen), som stod borgmästaren (slo. župan) bi. Rättvisa skipades under linden så som den urgamla slovenska traditionen, också kallad consuetudo sclavorum (slo. slovenska navada), fastställde. Det slovenska rättssystemet institutio sclavenica präglades av folkligt rätt.
thumb|300px|Regnum Carantanum runt 880 e.Kr. (utan det förmodat tillhörande området mellan Drava och Sava - Slovenijeh). De venetianska slovenerna kunde åtnjuta självstyre under en längre tid än de övriga slovenerna. På 700-talet under frankerna började en period av kristianisering och feodalism och efter en period då området tillhörde Stora Karantanien (952-1077) blev patriarkerna i Oglej/Aquileia länsherrar över hela Friuli (slo. Furlanija) inklusive de venetianska slovenerna. Trots detta upprätthöll slovenerna sitt självstyre med möten under linden och sin lokala rättskipning. Dessa möten var rätt små, man föredrog detta framför stora folksamlingar. År 1420 tog Republiken Venedig över kontrollen av Friuli och det slovenska området från patriarkerna av Aquileia. Efter år 1500 kom grevskapet Gorica under Habsburgsk överhöghet och de venetianska slovenerna, som befann sig på ett strategiskt viktigt område, inte bara befäste utan även utökade sina privilegier inom den venetianska republiken.
Slovenerna i Krain, Karantanien, Pannonien och eventuellt Slovenijeh (Slavonien) styrdes under en period av Arnulf av Kärnten (cirka 845 - 899) i det så kallade Regnum Carantanum. Arnulf var son utom äktenskapet till den bayerska kungen Karloman av Bayern och den karantanska damen Liudvina (Liutswind). Enligt institutio sclavenica krävdes det att Karantaniens regent var av karantanskt blod antingen på fädernet eller på mödernet - han var därför en laglig regent enligt karantansk lag. Arnulf blev sedan västfrankisk kung och kejsare över den europeiska gemenskapen Heliga romerska riket.
Under 800-talet hade slovenerna i Pannonien ett relativt rikt kulturellt och militärt centrum, Kocljevina, kring västra stranden av den idag ungerska Balatonsjön (slo. Blatno jezero = Lersjön). När ungrarna besatte det rika Pannonien under 900-talet, assimilerades slovenerna kring Balatonsjön successivt fram till 1200-talet, dock hade innan dess nära 1000 slovenska ord tagits upp i det ungerska ordförrådet.
thumb|200px|Installation av furste, illustration av Leopold Stainreuter (1340-1400). Stora Karantanien (952 - 1180) var Österrikes och Sloveniens föregångare och sträckte sig under denna tid ända till Verona. Från Karantaniens tid finns Freisingmonumenten (eng. Freising Manuscripts) skrivna på slovenska, som är de äldsta bevarade funktionella skrifterna på ett idag ännu existerande språk i Europa. I Karantanien hade man ett demokratiskt styrelseskick där folket valde en furste som regerade endast med folkets bifall vilka kunde avsätta honom om de ville. Installationen av fursten skedde på det det slovenska språket. Påven Pius II beskrev styrelseskicket i glänsande ordalag och så spreds informationen om det över Europa och genom Jean Bodins Les six livres de la République (Paris, 1576) kom denna även att bli en inspiration då USA:s president Thomas Jefferson författade de förenta staternas konstitution.
Herman av Karantanien (ca 1110-ca 1154) var en karantansk vetenskapsman. Han var matematiker, astronom, astrolog, naturfilosof, författare samt översättare av Koranen och astrologiska skrifter. Han var även den viktigaste översättaren av arabiska astronomiska skrifter under 1100-talet – hans översättningar hade ett särskilt stort inflytande på det medeltida Europas astronomi – och han introducerade också samtidigt den arabiska kulturen i Europa. Hans filosofiska avhandling, De essentiis, som skrevs 1143 gavs åter ut i Tyskland 1982.
När Heliga romerska riket blev utan en riktig ledare, då hela tre ledarfamiljer dog ut, rådde det oordning och fattigdom i dess regioner. Därför valde de tyska hertigarna 1271 Rudolf av Habsburg, en lägre adelsman från Schweiz, som sin ledare. Fem år senare, 1278, erkände även de slovenska regionerna hans överhöghet med en fredsplan, som den 27 december 1282 officiellt bekräftades av de karantanska regionernas (Štajerska/Steiermark, Koroška/Kärnten, Kranjska/Krain och Istra/Istrien) "parlament" under ett möte.
mini|vänster|stående=0.5| Ulrik II av Celjes vapensköld. Grevarna av Celje tillhörde den viktigaste slovenska adelsfamiljen. När Herman II av Celje räddade kejsaren Sigismund av Ungern vid ett för Europa avgörande fältslag mot turkarna i Nikopolis 1396, upphörde vasallförhållandet till habsburgarna. Av tacksamhet gav Sigismund greve Herman titeln som banus Sclavoniae eller Slovenijeh, dvs. över Pannonienslovenerna. 1430 fick denne till och med ta över förvaltningen av Ungern. Sigismund gifte sig med Hermans dotter Barbara av Celje, som på så sätt blev ungersk drottning och 1430 även kejsarinna av Heliga romerska riket. Enligt F. J. Schütz efterforskningar så var Barbara dessutom inte bara en av de tidigaste utan också en av de systematiskt verksamma medeltida alkemisterna, som inte ägnade sig främst åt att försöka framställa guld, utan såg det som en naturvetenskaplig disciplin. Hon lyckades också bromsa upp den tyska feodala spridningen mot öst under ett helt sekel. Den 30 november 1436 upphöjde kejsaren Sigismund Herman II:s söner, grevarna Fredrik II och Urh II av Celje, till statsfurstar av Heliga romerska riket, vilket senare skapade krig med habsburgarna, som ogillade detta, men som paradoxalt nog själva regerade genom arvsrätt tack vare ett falskt dokument, Privilegium maius. När till slut den habsburgske kungen, Fredrik IV, erkände grevarna av Celje som statsfurstar, skrevs ett arvskontrakt med dem, som innebar att den av ätterna som först dog ut skulle ärva den andra. När så den siste greven av Celje, Ulrik II, mördades i Belgrad 1456 ärvde habsburgarna deras omfattande egendomar.
thumb|300px| Kyrkan i Hrastovlje med skyddsmur mot turkarna. Inuti kyrkan finns en berömd freskomålning från 1400-talet med dödsdansmotiv Från 1300-talet präglades livet i de slovenska områdena av turkiska räder under en tid då Osmanska riket utgjorde ett hot mot Central- och Västeuropa. På grund av de täta turkiska räderna började bönderna bygga läger. De var oftast kyrkor på branta kullar runt vilka bönderna byggde murar. Folket organiserade vaktposter på kullarna, som varnade för turkarnas räder. När turkarna närmade sig signalerade man om faran med brinnande bål på kullarna. På så sätt varnades folk så att de kunde dra sig undan till ett tryggt ställe i tid. Medan männen stred vid muren, bad åldringarna, kvinnorna och barnen i kyrkan. De trodde på korset, som skulle rädda dem från den turkiska halvmånen. Enligt uppskattningar hade turkarna fram till år 1508 dödat eller fört bort omkring 200 000 slovener, vilket under den tiden var cirka 20 procent av befolkningen. Turkarna sålde slovenska och andra tillfångatagna på slavmarknader. Räderna avslutades med segern över den turkiska armén i Sisak 1593 under ledning av riddaren Andrej Auersperg Turjaški, med en armé bestående av framförallt slovener, men även tyskar och kroater.