miniatyr|stående=1.5|Carl Johan Billmarks litografi från 1868 över Stockholm med en vy från en position högt över Södra Djurgården mot väster, förmodligen skapad utifrån tidiga fotografier från ballongfärder över området. Till vänster syns Stockholms första järnvägsstation. Uppkomsten av Stockholm som boplats och senare som stad hänger intimt samman med isoleringen av Mälaren från Östersjön, som har pågått sedan senaste istiden. Fornlämningar visar att Stockholmstrakten varit bebodd sedan stenåldern. De äldsta stenåldersfynden i området är från 6000 år f.Kr. och många spår efter mänsklig aktivitet finns även från brons- och järnåldern.
Bebyggelse började på den så kallade Holmen, nu Stadsholmen, jämte några mindre öar belägna i gattet mellan Mälaren och Saltsjön. Genom landhöjningen hade dessa på 900-talet blivit tillräckligt stora för att kunna tas i anspråk för ett fiskeläge med permanent bosättning. Enligt Snorre Sturlasson kallades fiskeläget för Agnefit.
Det äldsta angivna årtalet för stadens grundande i medeltida källor är 1187 och det återfinns i Visbykrönikan. Enligt denna notering grundades Stockholm till följd av Härjningen av Sigtuna 1187 som ersättning för den nedbrunna handelsplatsen. Det äldsta bevarade samtida skriftliga dokumentet som nämner namnet Stockholm är Birger jarls skyddsbrev för Fogdö kloster 1252 och traditionellt anses därför Birger jarl vara stadens grundare. Man lät uppföra en borg runt holmen för att skydda Stockholm och andra betydande städer längre in i Mälaren som Sigtuna mot angrepp från fientliga krigsflottor. Staden blev ett svårforcerat hinder sjövägen för fiender in till Mälaren och Sveriges centrala delar.Svensk historia, av Alf Henrikson 1963. Bonniers.
Genom Riksrådets privilegiebrev 1436 fick Stockholm stadsprivilegier, vilket brukar användas som referens för starten av Stockholms roll som huvudstad. 1471 utkämpades slaget vid Brunkeberg mellan svenska nationalister under riksföreståndaren Sten Sture den äldre och Kalmarunionens kung Kristian I. 1520 intogs Stockholm av den danske unionskungen Kristian II. Större delen av adeln och riksråden hade den 6 mars samma år hyllat Kristian II som svensk kung vid Uppsala dagtingan. Stockholms blodbad i november 1520 ledde till Gustav Vasas befrielsekrig där en belägring av Stockholm 1521–1523 kulminerade med Gustav Vasas intåg, varmed en stark svensk stat successivt etablerades med centrum i Stockholm.
Under stormaktstiden inleddes den första organiserade stadsplaneringen under överståthållaren Clas Larsson Flemings befäl varmed staden expanderade ut på nuvarande Norrmalm och Södermalm. Det gamla Slottet Tre Kronor totalförstördes i slottsbranden 1697, därefter uppfördes Stockholms slott på samma plats. I augusti 1719 hotades Stockholm av en rysk galärflotta som dock besegrades av numerärt underlägsna svenska styrkor i slaget vid stäket. I mitten av 1700-talet och den så kallade frihetstiden hade befolkningen ökat till drygt 60 000 invånareNilsson, Lars (2008). Alla svenska städer: befolkning . Cybercity. och Stockholm hade utvecklats till landets ledande industristad. Under Gustav III:s regeringstid 1771–1792 upplevde staden ett kulturellt uppsving, bland annat grundades Konstakademien och Kungliga Operan.
Första hälften av 1800-talet medförde en period av stagnation då trångboddhet, fattigdom, svält, bristande hygieniska förhållanden och grasserande sjukdomar var stora problem. År 1850 hade Stockholm 93 000 invånare. Industrialiseringen från 1860- och 1870-talen kom att bli en av stadens mest expansiva perioder. På 35 år kom befolkningen att öka till 216 000 invånare. En ny stadsplan togs fram under ledning av stadsplaneraren och politikern Albert Lindhagen och mot slutet av 1800-talet byggdes staden snabbt ut på malmarna med en regelbunden stenstad. De första järnvägarna, gasverken, vattenverken och elektricitetsverken införlivades i stadsmiljön.
Åren kring sekelskiftet 1900 hyste bland annat den stora Stockholmsutställningen 1897 och de Olympiska spelen 1912. Sverige och Stockholm blev lyckligtvis förskonade från de två världskrigen under 1900-talet, även om ryskt flyg 1944 bombade staden. När freden kom i maj 1945, påbörjades ett av stadens och landets största stadsomdaningsprojekt; Norrmalmsregleringen, som skulle omvandla nedre Norrmalm till en ny stadsdel och där skapa det nuvarande Stockholms city. Längs de nya tunnelbanelinjerna växte nya förorter upp långt utanför tullarna.
Landhöjning och forntida bosättningar miniatyr|vänster|stående|Stockholmsområdet 3 000 f.Kr. miniatyr|Rekonstruktion av stockholmsområdets strandlinjer för 4 000 år och för 2 000 år sedan. Enligt Gerard De Geer. miniatyr|En av 13 skålgropar i Högalidsparken från (1500–500 f.Kr.), dessa är 3–7 centimeter i diameter och 0,5–1,5 centimeter djupa.
Inlandsisen började smälta för 18 000 år sedan och hade dragit sig tillbaka till Stockholmstrakten cirka 11 500 år innan vår tid.Sveriges Nationalatlas: Kartor Det geografiska område som idag utgör Stockholm var havsbotten i mer än tusen år efter att inlandsisen hade smält undan. Stockholmsområdet låg cirka 160 meter under nuvarande havsnivå vid tiden för den Baltiska issjön, en sjö som tömdes för drygt 11 500 år sedan. Under denna tid hade den postglaciala landhöjningen påbörjats, en genomsnittlig höjning med 11 millimeter per år och som fortgår än idag med cirka 3,8 mm per år i Stockholmsområdet. Stockholmsområdet var därför länge ett örike. Den del av Stockholmsåsen som skulle komma att bebyggas med Stockholms medeltida stad (Stadsholmen) reste sig ur Östersjön vid mitten av 900-talet f.Kr.
I Stockholmsförorten Huddinge söder om Stockholms kommun har man funnit de äldsta lämningarna av stenåldersjägares- och fiskares boplatser från cirka 6000 f.Kr. Fynden återfanns vid sjön Gömmaren i Gömmarens naturreservat och idag ligger dessa fynd 55–60 meter över havsytan. Den äldsta boplatsen inom det som idag utgör Stockholms kommun, finns i Skrubba i stadsdelen Skarpnäck. Boplatsen har en utbredning på cirka 20x60 meter och har daterats till omkring 4000 år f.Kr., samtidigt med etableringen av bondenäringen i södra Sverige. Här påträffades under utgrävningarna bland annat härdgropar, två skrapor och stora mängder kvartsavslag (spån) från redskapstillverkning. Ett av de märkligaste stenåldersfynden är en stridsyxa, förr kallade båtyxor, den så kallade miniatyrbåtyxan från Rågsved som man funnit vid utgrävningar i Brännkyrka.Friman & Söderström (2008), s. 10
Under senneolitikum eller den yngste delen av bondestenåldern (cirka 2400–1800 f.Kr.) var det inom dagens innerstad bara de högsta bergen som stack upp ur havet som exempelvis Skinnarviksberget och Katarinaberget (på Södermalm), Stadshagen och Kronoberget (på Kungsholmen), de höga delarna av Stora Essingen och Skansenberget på Södra Djurgården.
Tvärs över Åsön (Södermalm) gick i väst-östlig riktning en vattenförbindelse från dagens Tantolunden till Tegelviken som så småningom blev till en vik från Tantolunden till Åsöns mitt. Under brons- och tidiga järnåldern (cirka 1800 f.Kr.–900 e.Kr.) låg Stadsholmen fortfarande under vatten, eftersom landytan låg ungefär 10 meter lägre än idag. Många fynd och boplatser från sten-, brons- och järnålder har samtidigt hittats i omgivande områden.SätraSpånga sockens historia Åsön reste sig dock alltmera ur havet och på öns mitt blev Fatburen kvar av havsviken. När Fatburen utdikades på 1860-talet fann man de äldsta spåren av mänskliga bosättningar inom det som skulle bli Stockholms stad.Friman & Söderström (2008), s. 12 Fynd av skålgropar i Högalidsparkens västra del bekräftar att det funnits boplatser från bronsåldern på flera håll på Åsön. Den moderna bebyggelsen har dock utplånat nästan samtliga spår av forntida bosättningar i innerstaden. Under bronsåldern var även Årstafältet en havsvik med bosättningar längs dess stränder. 1958–59 utfördes stora utgrävningar på Årstafältet innan Årsta partihallar skulle byggas. Bland annat upptäcktes Erstagravfältet med 200 gravar från bronsåldern som daterades till mellan år 0 och 200 e.Kr.
Järnålder och vikingatid miniatyr|Vikingasvärd hittat vid utgrävningar på Årstafältet i slutet på 1950-talet. Vid järnålderns mitt och vikingatiden (cirka 500–1100 e.Kr.) stod vattnet cirka fem meter högre än idag. Birka och sedermera Sigtuna var fortfarande av betydelse, och i Stockholms omgivningar fanns talrika boplatser och gårdar vid samma tid. Bland dessa kan nämnas Kaknäs, Walmundsö, Ålsten, Riksby, Årsta, Valla och Örby.
I samband med bygget av Kungsgatan genom Brunkebergsåsen fann man ett järnsvärd från början av vår tideräkning och på Brunkebergsåsen inne i Stockholm hittades ett par ringspännen av brons och en järnyxa från 1000-talet. Strandförskjutningar på grund av landhöjningen och vattennivåernas variationer sker oftast i trappsteg och på 1200-talet tog landhöjningen och vattensänkning åter fart och Mälaren skars av från Östersjön.
Flera källor nämner ett fiskeläge, Agnefit, som kan ha utgjort en by som utvecklades till staden Stockholm.Enligt vissa versioner av Historia Norvegiæ, en text som författades 1160–1170, var det Agnefit som senare kom att utgöra Stockholm. Identifieringen av Agnefit med Stockholm i Historica Norwegia lades dock sannolikt till av den norske historikern Gustav Storm i hans utgåva av verket 1880. Se Faulkes & Perkins (2001). A History of Norway and the passion and miracles of the blessed Olafr. Text Series Volume XIII. Viking Society for Northern Research. Byn Agnefit var sannolikt belägen på det som idag kallas Riddarholmens västra del under det vikingatida 800-talet. En alternativ placering sätter Agnefit på Stadsholmens sydspets, norr om dagens Slussen. Byn Agnefit har dock inte bekräftats genom arkeologiska fynd. Mellan 970 och 1020 anlades en pålspärr av ekstockar och eventuellt kedjor i Norrström, som på den tiden var segelbar. Pålspärren dokumenterades under ombyggnadsarbetena av Riksdagshuset 1978–80, då man också upptäckte fler befästningsarbeten på dagens Helgeandsholmen. Senare anlades ett kastell på Stadsholmen i form av ett stentorn. Tornet kom att utgöra den första delen av slottet Tre Kronor där Kungliga Slottet ligger idag. Läget var strategiskt utvalt då man därifrån kunde kontrollera sjöfarten i Norrström mellan Mälaren och Saltsjön.
Den medeltida historikern Snorre Sturlasson, som besökte Sverige 1219, nämner sundet Stocksund i förbindelse med Olav den heliges vikingatåg i Mälaren år 1007. Snorres Stocksund var sannolikt ett namn för dagens Norrström, men en alternativ tolkning är att ordet avser Almarestäket. Snorres beskrivning av Stocksund stämmer dock med de faktiska förhållandena för Norrström under 1200-talets första hälft. Snorre beskriver att det fanns en kastal, ett försvarstorn, vid platsen.Annerbäck, Lin. Den siste jarlen: Birger jarl och hans tid i Blick: Stockholm då och nu Betydelsen av ordet Stockholm, kommer troligen från den av stockar konstruerade pålspärren över Norrström. En alternativ tolkning bygger på att ordet "stock" på fornsvenska också betyder "en samling av...". Det skulle kunna tolkas som att ordet Stockholm står för "En samling av holmar".
Vid en arkeologisk undersökning år 1998 av kvarteret Typhon 9 i dagens Gamla stan hittades en mur, som troligen tillhört en byggnad i sydvästra delen av nuvarande fastighet. Ett kulturlager med trärester påträffades och kol 14-daterades till 980–1160 e.Kr. Som årtal för stadens grundande anges som äldst 1187 i Visbykrönikan.
Medeltiden, 1200- till 1400-talen
Stockholms grundande och Birger jarl miniatyr|Birger jarls kenotaf vid Stadshuset. alt=Skyddsbrev utfärdat i Stockholm till nunnorna i Vårfruberga av Kung Valdemar och Birger Jarl.|vänster|miniatyr|stående|Skyddsbrevet för Fogdö kloster 1252.