miniatyr|400px|Skeppsbron kring 1690. 400px|miniatyr|Stockholms frihamn 2009. Genom Stockholms läge på gränsen mellan Mälaren och Östersjön var staden i alla tider en sjöfarts-, hamn- och varvsstad. På medeltiden var sjöfarten i samband med Hansan betydelsefull för att Stockholm växte fram som rikets ledande stad. På 1670-talet fanns 28 stora skepp registrerade i staden, jämfört med 22 skepp totalt i övriga svenska städer som hade rätt att bedriva utrikeshandel.
Sverige dominerade under en stor del av 1700-talet världshandeln med järn och tjära och handeln gick huvudsakligen via Stockholm. Stockholms handelsflotta ökade från 100 skepp år 1723 till 685 skepp år 1800, vilket utgjorde över 40 procent av hela rikets handelsflotta.
Under 1800-talets första hälft försköts utrikeshandeln allt mer från Östersjön mot Nordsjön. Göteborgs betydelse som en svensk import- och exporthamn ökade medan Stockholms hamns andel av Sveriges utrikeshandel sjönk. På 1860-talet blev Göteborg landets största exporthamn. År 1909 grundades Stockholms hamnstyrelse med ansvar för hamnens drift och investeringar. Styrelsen beslöt att bygga ut befintliga hamnar och anlägga nya, bland dem Stockholms frihamn som startade sin verksamhet 1919.
I takt med att godstrafiken via Stockholms hamnar minskade efter 1960-talet ökade samtidigt kryssningstrafiken, främst på Finland och efter Sovjetunionens fall även på Baltikum. År 2009 öppnades en ny kryssningsterminal på Frihamspiren i Frihamnen som i framtiden tillsammans med Värtahamnen och Stadsgårdshamnen kommer att svara för Stockholms internationella sjöfart. På sikt kommer godshanteringen att avvecklas i frihamnsområdet och flytta ut till Norvikudden vid Nynäshamn.
Det kommunala bolaget Stockholms Hamnar har uppdraget att främja sjöfarten och säkra Stockholmsregionens varuförsörjning medan Stockholms läns landstinget har huvudansvaret för året-runt-trafiken i Stockholms skärgård (från Arholma till Landsort) genom det helägda bolaget Waxholmsbolaget.
I slutet av 1800-talet hade Stockholm flera stora stadsnära varv, bland dem fanns Stockholms örlogsvarv, Södra varvet, Ekensbergs Varv och Finnboda varv, av dessa finns idag inga kvar, bortsett från ett reparationsvarv på Beckholmen.
Medeltiden mini|Kogghamn och några koggar ca 1560 enligt Frans Hogenberg. Den höga byggnaden med klocktorn (markerad med blått) var Stadens våghus.
Kring år 1250 slöt Birger jarl en handelstraktat med Lübeck, och en med Hamburg 1261. Avtalen innebar att tyska affärsmän kunde verka i Stockholm på gynnsamma villkor (bland annat tullfrihet) mot att de följde svensk lag. Tyskar kom att spela en viktig roll framförallt inom den långväga handeln och som hantverkare. Bland stadens ämbetsmän fanns också hamnfogdar som upprätthöll ordningen i hamnen. På 1400-talet organiserades dragarlag (efter tyska tragen) i Stockholm som såg till att varor bars från och till fartygen.Stockholms hamnar: ”Medeltiden”, läst 2011-02-10
Under medeltiden hade Stadsholmen (Gamla stan) två viktiga hamnar. Båda låg på Stadsholmens södra del. Mot väst fanns Kornhamn för sjötrafik till och från Mälaren. Mot öst fanns Kogghamn, som var den internationella hamnen, där de stora koggarna lade till under Hansetiden. De varor som importerades till Stockholm utgjordes bland annat av salt, kryddor, olja, öl, vin, lergods, dyrbara tyger och kläder.Slussen. Arkeologisk utredning 2007, sida 19 Innan varorna kunde föras in till staden och kunderna måste de förtullas. Exporten bestod huvudsakligen av koppar och järn från Bergslagen samt hudar, pälsverk, torkad/saltad fisk och smör. Nästan inga varor producerades i själva Stockholm.Friman & Söderström (2008), sida 28
Lite längre norrut på Stadsholmens östra sida fanns dessutom "Allmänningsbron" som var en angöringsplats för Fiskartorget. Torget var en livlig handelsplats för produkter från Stockholms skärgård. Efter en brand år 1525 bebyggdes området och torget försvann.
Stormaktstiden miniatyr|Utsikt över Stockholm från öster, gjord till drottning Kristinas kröning 1650. Under 1600-talet och stormaktstiden ökade Stockholms roll som sjöfarts- och hamnstad. Sedan Hansan hade förlorat sin ledande ställning i Nordeuropas politik och ekonomi blev invandrande holländare viktiga för Sveriges utrikeshandel. Amsterdam blev den främsta handelsparten, men handeln med Lübeck och Danzig expanderade också. Genom rikskansler Axel Oxenstiernas agerande gynnades Stockholms handel. Staten sökte även förhindra att exporten från Mälarlandskapen och Bergslagen gick över andra städer än Stockholm. Två tredjedelar av landets export och import gick under 1600-talet över Stockholm och stadens stora handelsplats var Skeppsbron.Stockholms hamnar: “1600-talet“, läst 2011-02-10
Kronans stora varv låg på norra Blasieholmen (jmf. avsnitt "Varvsnäring"). Där byggdes bland annat regalskeppet Vasa åren 1626-1628. Det skulle bli svenska marinens stolthet men fartyget var felkonstruerad. Undervattenskroppen var för liten och barlasten otillräcklig i förhållande till rigg, kanoner och övervattensskrov. På sin jungfruresa kantrade och sjönk det söder om Beckholmen den 10 augusti 1628. Vasa bärgades 1961 och räknas numera som en av Stockholms största turistattraktioner. År 2017 besökte 1 495 760 personer Vasamuseet.
År 1634 bildades det så kallade amiralitetskollegiet då marinstaben flyttade ut från nuvarande Blasieholmen till Skeppsholmen som blev Stockholms örlogsbas. År 1635 infördes liberalare bestämmelser för utlänningars handelsverksamhet i Stockholm vilket förde med sig att fler utländska köpmän kom till staden. Vid den tiden ägde Stockholms borgerskap inget fartyg som dög för utrikes fart. Redan 35 år senare fanns 28 stora skepp registrerade i staden, jämfört med 22 skepp totalt i övriga svenska städer som hade rätt att bedriva utrikeshandel. År 1662 inrättades en styrmansskola i Stockholm som var landets första navigationsskola (jmf. Navigationsskolan, Stockholm). Rodderskor började på 1600-talet svara för kollektivtrafiken till sjöss.
Upplysningstiden miniatyr|Skeppsbron, vy not norr 1790. I mitten av 1700-talet och upplysningstiden inleddes en stagnationsperiod i stadens ekonomi som skulle vara till mitten av 1800-talet. Flera statliga privilegier som hade gynnat Stockholms näringsliv avskaffades 1765, bland annat det bottniska handelstvånget. Förmögna grosshandlare, den så kallade Skeppsbroadeln kunde dock behålla sin dominerande ställning i Stockholms affärsliv in på 1800-talet. Bland dem fanns flera betydande "Skeppsbrodynastier"; Hebbe, ursprungligen från Greifswald och Küsel invandrad från Lübeck, dessutom familjerna Tottie och Arfwedson med det framgångsrika handelshuset Tottie & Arfwedson. Alla hade sina företag i byggnaderna längs Skeppsbron och längre in i gränderna fanns stora magasin uppförda i sten.Stockholms hamnar: ”1700-talet”, läst 2011-02-10
För att få plats för de exportvaror som lastades ombord på fartygen hade Skeppsbrons kajer breddads gång på gång och stensatts. Skeppsbrohamnen var en så kallad djuphamn, där fartygen kunde lägga till direkt. Sverige dominerade under en stor del av 1700-talet världshandeln med stångjärn. Vid Järntorget på södra Stadsholmen skedde vägning och omlastning av stångjärn. En annan stor exportprodukt var trätjära som tillverkades sedan 1680-talet i becksjuderier (där tjära destillerades till beck) på Beckholmen. Stockholm hade i stort sett monopol på beck i Europa.Friman & Söderström (2008), sida 82
Stockholms handelsflotta ökade från 100 skepp år 1723 till 685 skepp år 1800, vilket utgjorde över 40 procent av hela rikets handelsflotta. Sverige dominerade under en stor del av 1700-talet världshandeln med järn och tjära och handeln gick huvudsakligen via Stockholm.
Den industriella revolutionen miniatyr|Ångfartyg på Stockholms ström, 1890-tal. Målning av Anna Palm de Rosa. Under 1800-talets första hälft försköts utrikeshandeln allt mer från Östersjön mot Nordsjön. Göteborgs betydelse som en svensk import- och exporthamn ökade medan Stockholms hamns andel av Sveriges utrikeshandel sjönk. Kring 1850 var exportandelen 40 procent och importandelen 30 procent. På 1860-talet blev Göteborg landets största exporthamn.Stockholms hamnar: ”1850-1899”, läst 2011-02-10
I och med uppfinningen av ångmaskinen tog Stockholms sjöfart de första stegen in i den industriella revolutionen. I augusti 1818 startade ångtrafik på Drottningholms slott. År 1821 fick Stockholm reguljära ångbåtsförbindelser till flera städer runt Mälaren och 1828 inrättades en ångbåtshamn för Mälartrafiken på Riddarholmen som länge var landets största. Förutom passagerartrafik var införseln av lantbruksprodukter en viktig del i verksamheten.Stockholms hamnar: "Mälartrafiken", läst 2011-02-10
Under 1830-talet fick Stockholm förbindelser som gick längs hela ostkusten och till Göteborg via Göta kanal, som öppnades 1832. I slutet av 1830-talet startades reguljär skärgårdstrafik. 1836 inrättades den första fasta ångslupslinjen mellan Skeppsbron och Djurgården.Stockholms hamnar: ”1800-1849”, läst 2011-02-10
Vid 1800-talets mitt grundades i Stockholm två stora rederier; Nordström & Thulin (1850) och Stockholms Rederi Svea (1871). Samtidigt med ångtrafikens genombrott minskade den transoceana direkttrafiken från Stockholm, den trafiken sköttes nu av hamnar i bland annat Holland och Tyskland. Stadens hamnar byggdes ut och nya anlades under 1800-talets andra hälft. Skeppsbrons hamnverksamhet förflyttades mer och mer till Stadsgårdshamnen och 1879 startade bygget av Värtahamnen.
År 1909 fick Stockholm en hamnstyrelse med ansvar för hamnens drift och investeringar. Styrelsen beslöt att bygga ut befintliga hamnar och anlägga nya. Stadsgårdshamnen byggdes vidare österut och stod klar 1916.Stockholms hamnar: ”Frihamnen” Stockholms frihamn öppnade som ett provisorium 1919 och byggdes ut ända fram till 1970-talet, då containerhamnen stod klar. Hammarbyhamnen anlades när Hammarby sjö sänktes och Hammarbyleden öppnade 1926. Leden invigdes 1930 och kom att förbättra trafiken mellan Mälaren och Östersjön på ett betydande sätt som innan dess hade gått via Nils Ericsons sluss.
1900-talet till nutid mini|Stockholms frihamn, fartyg och kranar 1945. miniatyr|Ett kryssningsfartyg i Stockholms inlopp 2009. Under 1900-talets första hälft var Stockholms hamns andel av Sveriges utrikeshandel relativt konstant med 10 procent av exporten och 30 procent av importen. Tre fjärdedelar av varutillförseln till Stockholm kom sjövägen. Stockholm blev en omlastningshamn för handeln på Finland, Ryssland och Baltikum. På 1930-talet förlorade Stockholm positionen som största hamnstad totalt sett och passerades av Göteborg.Stockholms hamnar: ”1900-1949”, läst 2011-02-10
En viktig nyhet var när Axel Johnson 1904 öppnade La Plata-linjen till Argentina, den första transoceana ångfartygslinjen på Stockholm. Sedan skulle flera rederier öppna ång- och motorfartygslinjer till alla världsdelar. Två andra framgångsrika redare var Sven Salén (Salénrederierna AB) och Olof Wallenius (Walleniusrederierna).
En av de största aktörerna inom bogserings- och pråmtrafiken var Stockholms Transport- och Bogseringsaktiebolag (T & B). Företaget grundades 1870 och blev störst i Norden med tidvis 53 bogserbåtar och 302 pråmar. År 1976 uppgick T & B i Röda Bolaget AB i Göteborg.Stockholms hamnar
Under mellankrigstiden drabbades Mälartrafiken av kris på grund av bilismens genombrott. Andra världskriget innebar en sista blomstringstid för trafiken. Under senare decennier har dock den gamla person- och godstrafiken ersatts av turisttrafiken. Alltsedan 1903 går ångfartyget S/S Mariefred oavbrutet på traden Stockholm-Mariefred.