Транскриптом — сукупність продуктів транскрипції клітини, організму чи їх груп, тобто молекул РНК. Часто під поняттям транскриптом мають на увазі лише сукупність матричних РНКtranscriptome definition. Nature Scitable, в інших випадках до них додають короткі та довгі некодуючі РНК.
Клітини постійно мають транскриптом, оскільки без РНК більшість функцій клітини неможлива. Фактично, транскрипція підтримує транскриптом, а не створює його нановоBrown TA. Genomes. 2nd edition. Oxford: Wiley-Liss; 2002. Chapter 3, Transcriptomes and Proteomes.
Термін «транскриптом» уперше був використаний у другій половині 1990-х років для позначення сукупності мРНК дріжджів та окремих органів людини, як наприклад мозкуLowe, R., Shirley, N., Bleackley, M., Dolan, S., & Shafee, T. (2017). Transcriptomics technologies. PLoS computational biology, 13(5), e1005457. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005457.
Розмір транскриптому оцінюється по-різному. Так ранні оцінки розміру транскриптому людини давали транскрипцію приблизно 5 % всієї ДНКAdams, J. (2008) Transcriptome: connecting the genome to gene function. Nature Education 1(1):195. Подібні результати показав аналіз транскриптому миші 2002 року, де було виявлено трохи більше 60 тисяч різних РНКde Hoon, M., Shin, J. W., & Carninci, P. (2015). Paradigm shifts in genomics through the FANTOM projects. Mammalian genome: official journal of the International Mammalian Genome Society, 26(9-10), 391—402. https://doi.org/10.1007/s00335-015-9593-8. Натомість пізніші проєкти ENCODE та FANTOM прийшли до висновків, що транскрибується значно більша частина ДНК — до 80 % усього геномуPertea M. (2012). The human transcriptome: an unfinished story. Genes, 3(3), 344–360. https://doi.org/10.3390/genes3030344Park, E. G., Ha, H., Lee, D. H., Kim, W. R., Lee, Y. J., Bae, W. H., & Kim, H. S. (2022). Genomic Analyses of Non-Coding RNAs Overlapping Transposable Elements and Its Implication to Human Diseases. International journal of molecular sciences, 23(16), 8950. https://doi.org/10.3390/ijms23168950. Хоча висновки ENCODE і піддавалися сумнівамGuttinger, Stephan and John Dupré, «Genomics and Postgenomics», The Stanford Encyclopedia of Philosophy (Winter 2016 Edition), Edward N. Zalta (ed.), загалом дослідники прийняли ідею, що до транскриптому входять РНК, синтезовані на матриці більшості наявних ДНК.
Примітки
Література Venket Raghavan, Louis Kraft, Fantin Mesny, Linda Rigerte, A simple guide to de novo transcriptome assembly and annotation, Briefings in Bioinformatics, Volume 23, Issue 2, March 2022, bbab563, https://doi.org/10.1093/bib/bbab563