BacDive (Bacterial Diversity Metadatabase) — база метаданих про бактерії, яка містить інформацію про бактеріальне та архейне біорізноманіття штамів бактерій.
Вступ BacDive — база різноманітних типів метаданих, а саме метаданих з систематики, морфології, фізіології, екології та молекулярної біології. Більшість даних анотовано та підібрано вручну. На грудень 2022 року BacDive пропонує інформацію про 93 254 штами, у тому числі 19 313 типових штами. База даних розміщена в «Німецькій колекції мікроорганізмів і клітинних культур» Інституту Лейбніца і є частиною de. NBI — німецької мережі біоінформатичної інфраструктури, а також Elixir — Європейської мережі біоінформатики. У грудні 2022 року Глобальна коаліція біоданих обрала BacDive «ключовим глобальним ресурсом біоданих», тобто критично важливим ресурсом даних для глобальних досліджень у галузі наук про життя та біомедицини.
Вміст і функції
База даних Цей грудневий випуск бази даних охоплює понад 1000 різних полів даних, розділених на категорії «Назва та таксономічна класифікація», «Морфологія», «Культивування та умови зростання», «Фізіологія та метаболізм», «Інформація про ізоляцію, відбір зразків і навколишнє середовище». «Інформація про безпеку», «Інформація про послідовність» і «Наявність штаму». База даних містить 1 922 166 записів щодо різноманітних штамів, пов'язаних посиланнями. Дані отримані з внутрішніх описів колекцій культур, складених експертами збірників і первинної наукової літератури, наприклад, описів видів.
Доступ до даних Доступ до даних можна отримати через графічний інтерфейс або через вебслужбу, зроблену в архітектурі RESTful. Використовуючи графічний інтерфейс, користувач може обрати простий пошук штамів за назвою, номером колекції культур, таксономічним ідентифікатором НЦБІ або номером доступу до послідовності INSDC, або скористатися розширеним пошуком, який дозволяє здійснювати пошук у 130 полях даних і дає можливість створювати складні запити, об'єднуючи декілька полів. Дані можна завантажити у форматі PDF (для одного штаму) або у форматі CSV для більших наборів даних (для кількох штамів). Через портал вебслужби доступ до вмісту BacDive можна отримати автоматично (необхідна безплатна реєстрація). Для підтримки використання API доступні програмні клієнти на мовах Python і R.
Інші бази даних Для даних, які не охоплені BacDive, надаються посилання на інші бази даних, які надають дані, пов'язані зі штамами:
SILVA — база даних рибосомної РНК BRENDA(BRaunschweig ENzyme DAtabase) — база даних ферментів Список прокаріотичних назв з положенням у номенклатурі Straininfo — сервіс розпізнавання ідентифікаторів мікробних штамів EBI — Європейський інститут біоінформатики НЦБІ — Національний центр біотехнологічної інформації США MicrobeAtlas — атлас секвенованих мікробних спільнот
Виноски
Посилання
Простий пошук у BacDive Розширений пошук у BacDive Вебслужба BacDive