Голокост македонських євреїв стався під час Другої світової війни. Тоді відбулися масові вбивства та депортації, організовані урядами Третього Болгарського царства та Третього рейху з метою знищення єврейського населення з так званих «щойно визволених територій» болгарською владою. Депортація євреїв із Македонії була частиною загальної депортації євреїв з усіх територій, окупованих Болгарією — Вардарської Македонії, Поморав'я (Королівство Югославія) та Біломор'я (Королівство Греція). Усіх євреїв із Македонії було депортовано до табору смерті «Треблінка», яка знаходилась на території окупованої Польщі, де було задушено у газових камерах. Жоден свідок не вижив, щоб розповісти про жахи знищення єврейського населення Македонії. Документи — це єдині свідчення, які доводять долю євреїв у Македонії.

З Північної Македонії було депортовано понад 7000 євреїв, а з Егейської Македонії та Фракії — близько 11 400. За даними на жовтень 1945 року, на території сучасної Македонії залишилося лише 419 євреїв, зараз громада налічує близько 200 осіб.

Антисемітизм у Болгарії На відміну від Румунії (також союзниці нацистської Німеччини), де на початку війни рівень жертв серед євреїв становив близько 50%, у Болгарії він становив близько 20%. В обох країнах антисемітизм зростав із 1899 до 1939 року. Однак ситуація погіршувалася разом з економічним становищем країни, а антисемітизм зростав, оскільки більшість євреїв представляли середній клас у суспільстві.

Закон про захист нації

У липні 1940 року Болгарія почала приймати антисемітські закони. У січні 1941 року було прийнято «Закон про захист нації».1 березня 1941 року Болгарія стала союзником країн Осі.

Під час реалізації «Закону про захист нації» особлива увага приділялася розділу номер чотири, який стосувався "власності осіб єврейського походження», а також розділу номер п'ять «Про професійну та економічну діяльність осіб єврейського походження». У цьому законі були перелічені всі професії, якими євреям заборонялось займатися, що зменшувало їхню здатність заробляти на гідне життя. З позбавленням основних громадянських прав фактично розпочалася бездушна та систематична ліквідація євреїв у межах Третього Болгарського царства.

З самого початку окупації болгари почали запроваджувати закон. 9 квітня 1941 року було зазначено, що всі єврейські будинки, торгові та ремісничі магазини в Бітолі були промарковані.

Вартість усіх конфіскованих речей мала бути внесена до реєстрів у болгарських левах. Комісія, відповідальна за інвентаризацію майна македонських євреїв, завершила свою роботу наприкінці 1941 року. Під час роботи комісії, яка проводила конфіскацію, як болгари, так і німці використовували шантаж євреїв, вимагаючи гроші чи інші цінності, щоб вони не вносили реальну вартість речей. Таким чином було проведено повний облік майна євреїв.

У 1942 році тиск на євреїв ще більше посилювався, коли до Бітоли прибули троє спеціальних інспекторів з «єврейського питання». Фактично, їхнє прибуття було пов'язане з початком повноцінного геноциду за взаємною згодою між болгарськими та німецькими фашистами. Розпочалось економічне знищення євреїв.

Євреям, які працювали за межами своєї батьківщини, було надіслано спеціальні повідомлення про необхідність сплати державі певного штрафу. Такі повідомлення були надіслані єврейським робітникам в Америку, Хорватію, Боснію, Палестину, Сербію, Грецію та Егейську Македонію (Салоніки). Ці єврейські робітники сплатили загалом 34 000 000 левів штрафів. Тих, хто не сплатив штрафи, затримували, а їхнє майно було конфісковано.

Незважаючи на все це, і Болгарії й Румунії, вдалося зберегти власне єврейське населення. Однак деякі вважають порятунок 50 000 євреїв у так званій Старій Болгарії «унікальним актом».

Перед обличчям фашистського уряду Болгарська православна церква та велика кількість болгарських інтелектуалів того часу виступили на захист євреїв та проти ганебного вчинку, який публічно здійснив уряд Богдана Філова. Серед них був і спікер тодішнього парламенту Димитар Пешев, який публічно виступив проти сервільної політики щодо Берліна. Патріарх Кирило, спікер парламенту Димитар Пешев разом із 42 членами парламенту та болгарською інтелектуальною спільнотою не змогли запобігти депортації євреїв з окупованих болгарських територій, Македонії та Фракії.

Підготовка Знищення євреїв Македонії було результатом угоди між нацистською Німеччиною та Королівством Болгарія. 2 лютого 1943 року угоду від імені обох країн підписали Адольф Бекерле (повноважний міністр Німеччини в Болгарії) та Петро Габровський, міністр внутрішніх справ Болгарії.

Конкретні плани по депортації були задокументовані у звіті Міністерства закордонних справ Німеччини до німецької місії в Софії від 12 листопада 1942 року, в якому зазначалося, що «Болгарський уряд із особливим задоволенням повідомляє, що єврейське питання нарешті буде вирішено». Крім того, болгарський уряд звернувся до Німеччини з проханням надати йому детальні плани депортації євреїв з Румунії, щоб вона могла вжити необхідних заходів для депортації євреїв.

Болгарський уряд наказав Комісаріату у справах євреїв скласти списки всього єврейського населення Македонії із зазначенням майна всіх членів сім'ї, в також віку, статі, професії та вулиці, номера будинку та місця проживання. Термін подання основних списків становив лише кілька днів. Делегат єврейської громади Скоп'є повинен був, окрім списків єврейського населення міста, подати списки євреїв, які проживали в місцях, де через невелику кількість євреїв не було утворено єврейські громади. Це були такі населені пункти,як Куманово, Прешево, Удово, Гевгелія, Крива-Паланка та Буяновац. Зібрані дані показали, що у 1941 році у Скоп'є було 1181 родин з 3795 членами, в Бітолі - 810 сімей з 3351 членом, в Штипі - 140 сімей з 551 членом, в Куманово - 7 сімей з 17 членами, в Гевгелії - 3 сім'ї з 11 членами, у Велесі - 2 сім'ї з 8 членами, в Кривій Паланці - 1 сім'я з 5 членами, а в інших місцях - 6 сімей з 28 членами. Це загалом становить 2150 сімей з 7762 членами.

Фашистські уряди Болгарії та нацистської Німеччини таємно домовилися про передачу єврейського населення з окупованих болгарських територій німцям. 22 лютого 1943 року у Софії було підписано угоду про депортацію 20 000 євреїв з територій, окупованих Болгарією, а саме з Фракії та Македонії. Депортація мала відбутися у східнонімецьких районах (тобто у Польщі). Угоду підписали Олександр Бєлєв, комісар Комісаріату у справах євреїв при Міністерстві внутрішніх справ та охорони здоров'я в Софії та німецький капітан захисних загонів (дивізій СС) Теодор Даннекер. Угоду було прийнято після схвалення Радою Міністрів Болгарії. Угода визначала залізничні станції відправлення наступним чином:

зі Скоп'є 5000 людей у 5 поїздах; з Бітоли 3000 осіб у 3 поїздах; з Пірота 2000 осіб у 2 поїздах; з Горної Джумаї 3000 людей у 3 поїздах; з Дупниці 3000 осіб у 3 поїздах; з Радомира 4000 людей у 4 поїздах.

Міністр внутрішніх справ та охорони здоров'я Петро Габровський подав Раді Міністрів доповідь про те, що відповідно до угоди, досягнутої між Болгарією та Німеччиною, 20 000 осіб єврейського походження з «новозвільнених земель» мають бути депортовані з країни та розміщені в таборах у містах: Скоп'є, Пірот, Горна Джумая, Дупниця та Радомир. Рада Міністрів доручила Уповноваженому з єврейських справ виконувати цю угоду. З листа Бекерле (повноважного посла Німеччини в Міністерстві закордонних справ Німеччини в Болгарії) від 22 січня 1943 року щодо переговорів з міністром закордонних справ Болгарії щодо депортації євреїв підтверджується, що окрім заходів, що вживаються проти євреїв, спочатку мають бути депортовані євреї з «новозвільнених територій». У переговорах між німецьким нацистським урядом та болгарським фашистським урядом постійно присутня тема депортації, тобто відправлення до таборів смерті не лише євреїв з «новозвільнених територій», а й зі старих районів Болгарії.

У телеграмі від 4 квітня 1943 року міністра закордонних справ нацистської Німеччини Йоахіма фон Ріббентропа, надісланій до німецької місії в Софії щодо переговорів у Берліні з царем Борисом щодо єврейського питання, у пункті 4 зазначено:

«...Цар заявив, що поки що він дав згоду лише на депортацію до Східної Європи євреїв з Македонії та Фракії. Що стосується євреїв із самої Болгарії, то він хоче, щоб емігрувала лише невелика кількість більшовицько-комуністичних елементів. Інші 25 000 євреїв будуть зібрані в концентраційних таборах країни, оскільки є потреба в будівництві доріг. Я не зациклювався на заяві царя і обмежився тим, що наголосив йому, що, на нашу думку, лише радикальне вирішення є єдиним справжнім вирішенням єврейського питання...»

Після підписання угоди було прийнято Протокол № 32 Ради Міністрів від 2 березня 1943 року, який передбачав організаційні заходи щодо депортації 20 000 євреїв з «нових» та «старих» регіонів Болгарії та конфіскації їхнього майна.

Арешт та депортація

У ніч з 10 на 11 березня 1943 року міста Бітола, Штип та Скоп'є були заблоковані, а єврейські квартали оточили болгарські війська та поліція. Рано вранці 11 березня розпочалася облава на євреїв. Кілька озброєних поліцейських разом з агентами та солдатами ходили від будинку до будинку та збирали євреїв. Вони забирали жінок, дітей та хворих, саджали у вантажівки або товарні вагони. Поліцейські сказали людям взяти із собою всі свої цінні речі та гроші, бо вони їм знадобляться, і що їх переведуть до Болгарії. Розграбування майна розпочалося на місцях, в будинках під час облави на євреїв. Воно продовжилося на залізничних станціях у Бітолі та Штипі, а також у Державній монополії в Скоп'є. Майно та активи депортованих євреїв оцінювалися приблизно в 16 мільйонів доларів США (оцінка 2006 року). Невелика частина конфіскованих предметів, що зберігались в Архіві Македонії (зокрема дитячий браслет, золота турецька монета та сережка, вісім золотих накладок на зуби тощо), з лютого 2011 року знаходяться в Меморіальному центрі Голокосту євреїв Македонії.

Головному управлінню залізниць було наказано безкоштовно перевозити євреїв з Македонії та Егейського моря спеціальними поїздами до місць, визначених Комісаріатом у єврейських справах. Комісіям з реквізиції було наказано захопити будівлі у населених пунктах, визначених Комісаріатом у єврейських справах, необхідні для створення таборів, де будуть розміщувалися депортовані. Цивільне населення було мобілізовано для охорони єврейського майна після виселення євреїв до їх знищення. Охоронцям оплачувалися послуги з Фонду єврейських громад. Усе нерухоме майно депортованих євреїв було конфісковано болгарською державою. Усе рухоме майно депортованих євреїв мало бути продане Комісаріатом у єврейських справах за спеціальним розпорядженням, а виручені кошти мали бути перераховані до Фонду єврейських громад. Комісаріату з єврейських справ було доручено депортувати 20 000 євреїв, як це було передбачено в угоді з німецькою владою.

Комісаріат у справах євреїв також видав «Положення про організацію та діяльність тимчасових концентраційних таборів». У Положенні заздалегідь передбачалися вкрай нелюдські процедури. Деякі статті Положення перелічені нижче:

Стаття 7 Положення передбачала, що користування туалетами мало здійснюватися групами у супроводі охоронців.

Стаття 10 забороняла розпалювати печі або заносити жаровні Люди залишилися без опалення взимку 1943 року, яка була надзвичайно холодною. Стаття 13 Правил говорила, що ув’язненим залишають лише ковдри, одяг та їжу, а все інше забирають. Стаття 18 забороняла дивитися у вікна, відчиняти їх, писати листи та читати газети.

Стаття 25 передбачала харчування для дорослих двічі на день, а дітям до 10 років – тричі тощо. Було видано десяток наказів про призначення людей для виконання різних технічних служб у таборі, починаючи з 9 березня.