Таксономічна база даних — це база даних, створена для зберігання інформації про біологічні таксони, наприклад, групи організмів, організовані за назвою виду або іншим таксономічним ідентифікатором, для ефективного та пошуку інформації. Таксономічні бази даних зазвичай використовуються для автоматизованого створення біологічних контрольних списків, таких як флора та фауна, як для друкованих публікацій, так і для онлайн-публікацій; для підтримки роботи веб-систем інформації про види; як частина управління біологічними колекціями (наприклад, у музеях та гербаріях); а також для забезпечення, в деяких випадках, компонента управління таксонами в ширших наукових або біологічних інформаційних системах. Вони також є фундаментальним внеском у дисципліну .
Цілі Таксономічні бази даних оцифровують наукові дані про біорізноманіття та надають доступ до таксономічних даних для досліджень. Таксономічні бази даних різняться за широтою груп таксонів та географічного простору, який вони прагнуть включити, наприклад: жуки у визначеному регіоні, ссавці в усьому світі або всі описані таксони дерева життя. Таксономічна база даних може містити ідентифікатори організмів (наукова назва, автор та — для зоологічних таксонів — рік першої публікації), синоніми, таксономічні думки, літературні джерела або цитати, ілюстрації або фотографії, а також біологічні атрибути для кожного таксона (такі як географічне поширення, екологія, описова інформація, статус зникаючого або вразливого статусу тощо). Деякі бази даних, такі як Global Biodiversity Information Facility (GBIF) та Barcode of Life Data Systems (BIN), зберігають штрих-код ДНК таксона, якщо такий існує (також називається індексним номером штрих-коду (BIN), який може бути призначений, наприклад, Міжнародним проектом штрих-кодів життя (iBOL) або UNITE, базою даних для .
Таксономічна база даних має на меті точно моделювати характеристики, що цікавлять, що є релевантними для організмів, що входять до сфери застосування та використання системи. Науковий консенсус для всіх груп таксонів не досягнутий, і дослідники продовжують описувати нові види; тому ще однією метою таксономічних баз даних є допомога у вирішенні конфліктів наукових думок та уніфікація таксономії.
Історія Можливо, найдавнішим документованим способом управління таксономічною інформацією в комп'ютеризованій формі була система таксономічного кодування, розроблена Річардом Свартцем та ін. у Вірджинському інституті морських наук для біоти Чесапікської затоки та описана в опублікованому звіті 1972 року. Ця робота прямо чи опосередковано призвела до інших проектів з більшим значенням, включаючи систему таксономічного коду NODC, яка пройшла 8 версій, перш ніж була припинена в 1996 році, а потім об'єднана та перетворена на досі чинну Інтегровану систему таксономічної інформації (ITIS). Ряд інших таксономічних баз даних, що спеціалізуються на певних групах організмів, що з'явилися з 1970-х років і дотепер, спільно вносять свій внесок у проект «Види 2000», який з 2001 року співпрацює з ITIS для створення спільного продукту — Catalogue of Life. Хоча «Каталог життя» наразі зосереджений на зборі базової інформації про назви у вигляді глобального контрольного списку видів, численні інші проекти таксономічних баз даних, такі як «Fauna Europaea», «Australian Faunal Directory» та інші, надають багату допоміжну інформацію, включаючи описи, ілюстрації, карти тощо. Багато проектів таксономічних баз даних наразі перелічені на сайті TDWG «Biodiversity Information Projects of the World».
Проблеми Представлення таксономічної інформації у машинно-кодованій формі викликає низку проблем, з якими не стикаються в інших галузях, таких як різні способи цитування одного й того ж виду або назви іншого таксона, використання однієї й тієї ж назви для кількох таксонів (), кілька неактуальних назв для одного й того ж таксона (синоніми), зміни назви та визначення концепції таксона з часом тощо. Нестандартизовані категорії та метадані в таксономічних базах даних заважають дослідникам аналізувати дані. Одним із форумів, який сприяє обговоренню та можливим рішенням цих та пов'язаних з ними проблем з 1985 року, є , спочатку названі Робочою групою з таксономічних баз даних.
Хоча онлайн-бази даних мають значні переваги (наприклад, розширений доступ до таксономічної інформації), вони також мають такі проблеми, як ризики цілісності даних через онлайн- та офлайн-версії та постійні оновлення, проблеми з технічним доступом через збої сервера або Інтернету, а також різні можливості для складних запитів для вилучення таксономічних даних у списки. Оскільки обсяг інформації в онлайн-таксономічних базах даних швидко зростає, агрегація даних, інтеграція та узгодження нестандартизованих даних між базами даних є великим викликом у таксономії та інформатиці біорізноманіття.
Див. також
Біологічна класифікація , сукупність стандартів для обміну машинозчитуваними таксономічними даними про біорізноманіття
Примітки