Молекулярний годинник (, іноді gene clock, evolutionary clock) — у молекулярній еволюції — метод датування філогенетичних подій (розходження видів або інших таксонів), заснований на гіпотезі , згідно з якою еволюційно значущі заміни мономерів в нуклеїнових кислотах або амінокислот в білках відбуваються з практично постійною швидкістю.
Швидкість мутацій може бути нерівномірною і розрізняється для різних видів, через що метод дає лише приблизні результати.
Розвиток теорії Гіпотеза молекулярних годинників була висунута в 1962 р. при аналізі амінокислотних послідовностей гемоглобіну і цитохрому С, Е. Цукеркандлем і Л. Полінгом. Вони відзначили, що кількість амінокислотних відмінностей у гемоглобіні зростає лінійно з часом, який оцінювався по фоссиліях. Zuckerkandl, E., Pauling L.B. Horizons in Biochemistry // Molecular disease, evolution, and genetic heterogeneity / Kasha M., Pullman B. (editors). — New York : Academic Press, 1962. — Р. 189–225 . Вони узагальнили спостереження і дійшли висновку, що швидкість еволюційної зміни кожного білка приблизно постійна.
В 1963 р. Марголіаш () був виявлений феномен «genetic equidistance» (генетичної еквідистантності), що полягає в незалежності еволюції амінокислотних послідовностей в білках і морфологічної еволюції: Margoliash E. Primary structure and evolution of cyttochrome C // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. — 1963. — Vol. 50, issue 4. — P. 672–679.
Зв'язок з нейтральною теорією молекулярної еволюції Мото Кімура розробив нейтральну теорію молекулярної еволюції, яка незалежно передбачала існування молекулярних годинників. Kimura Motoo. Evolutionary rate at the molecular level // Nature. — 1968. — Vol. 217. — P. 624–626.
Критика Існує критика методу, наприклад «Goodman. Prog. Byophys. Mol. Evol. — 1981. V. 38. — P. 105–164», який виявив різний темп годинників у різних таксонах. Незважаючи на це, теорія використовується в філогенетиці і для оцінки давності дивергенції видів.
Див. також Археогенетика Еволюція Епігенетичний годинник Палеогенетика
Примітки
Посилання http://medbiol.ru/medbiol/molevol/000716b1.htm http://elementy.ru/trefil/molecular_clock?page_design=print Лукашов В. В. Молекулярна еволюція і філогенетичний аналіз / Навч. посібник. Частина Нейтральна теорія молекулярної еволюції. — 2009.