Естонія, яка є історично протестантською територією, згідно з опитувань населення сьогодні вважається однією із найменш релігійних країн світу. Лише 14 % визнають релігію як важливу частину їхнього життя. Панівною релігією є  християнство, яке охоплює послідовників близько 90 конфесій, переважно православ'я та лютеранства. Згідно з Рінґо Рінґве: «релігія ніколи не відігравала важливої ролі в політичному або ідеологічному полі Естонії… Тенденції, що переважали наприкінці 30-х років XX століття щодо тісніших стосунків між державою і лютеранською церквою, завершилися з радянською окупацією в 1940 році». Він також стверджує, що «ланцюжок релігійної традиції зламався серед більшості сімей» через радянську політику атеїстичної держави.

Упродовж 2001—2011 років, православна церква зайняла місце лютеранства як найбільша християнська деномінація в країні, завершуючи кількасотрічне домінування лютеранської церкви серед християн Естонії. Але тим не менше, лютеранство досі залишається найпопулярнішим релігійним віруванням серед естонської етнічної групи, водночас православ'я переважно практикує російська етнічна меншина.

Переписи населення З 2000 до 2011, підтримуючи тренд збільшення релігійності у Росії — відсоток православних християн ув Естонії також зріс, обігнавши загальне зменшення чисельності російської етнічної меншини, водночас протестантство продовжило свій спад. РелігіяПерепис 2000Перепис 2011«PC0454: AT LEAST 15-YEAR-OLD PERSONS BY RELIGION, SEX, AGE GROUP, ETHNIC NATIONALITY AND COUNTY, 31 DECEMBER 2011» . Кількість %Кількість %Православ'я 143,554 12.80 176,773 16.15Лютеранство 152,237 13.57 108,513 9.91Баптизм 6,009 0.54 4,507 0.41Католицтво 5,745 0.51 4,501 0.41Свідки Єгови 3,823 0.34 3,938 0.36Старообрядництво2,515 0.22 2,605 0.24Об'єднання вільних християн 223 0.02 2,189 0.20Послідовники корінної релігії 1,058 0.09 1,925 0.18Послідовники Таари1,047 0.10П'ятидесятництво 2,648 0.24 1,855 0.17Іслам 1,387 0.12 1,508 0.14Адвентизм 1,561 0.14 1,194 0.11Буддизм 622 0.06 1,145 0.10Методизм 1,455 0.13 1,098 0.10Інші релігії 4,995 0.45 8,074 0.74Не релігійні 450,458 40.16 592,588 54.14Не визначились 343,292 30.61 181,104 16.55Загалом 1,121,582 100.00 1,094,564 100.00

Інституційний устрій релігійного життя в Естонії "Кожен має свободу совісті, віросповідання і думки. Належність до церкви і релігійних громад вільна. Державної церкви немає. Кожен має право як сам, так і разом з іншими, публічно або приватно виконувати релігійні обряди, якщо це не завдає шкоди громадському порядку, здоров'ю або моральності". Так мовить ст. 40 Конституції Естонської республіки.

Станом на 1 червня 2010 року до Реєстру релігійних об'єднань були внесені 9 церков і 9 парафіяльних об'єднань з 470 парафіями. Крім них також до Реєстру релігійних об'єднань внесений 71 незалежний прихід і 8 монастирів. Також крім релігійних організацій частина релігійних об'єднань, внесених до Реєстру релігійних об'єднань, зареєструвала себе як релігійна громада, частина у вигляді недоходних спільнот, а деякі взагалі не вважали за необхідне реєструватися в будь-яких державних установах

У ході перепису населення Естонії 2000 року, людям старшим за 15 років, серед інших, ставили питання також про їхну релігійну самовизначеність. Згідно з даними перепису населення, одну конкретну традицію віросповідання визнає 31,8 % респондентів (29 % брали участь у переписі люди старші за 15 років). Найчастіше відносили себе до лютеран (13,57 %) і православних (12,79 %). За ними слідували баптисти (0,54 %) і католики (0,51 %). 0,33 % визнали себе послідовниками нехристиянських традицій. З них більшість (0,12 %) становили мусульмани, а також послідовники релігії Таара та корінного язичництва (0,09 %). 34 % респондентів назвали себе байдужими щодо релігії, 14,5 % не змогли відповісти на питання. 6,1 % визнали себе атеїстами. 7,99 % опитаних відмовилися відповідати на питання.

Участь у релігійних обрядах в сучасній Естонії є досить низькою — опитування 2000 року показало, що 4 % відповіли (опитали 1 092 осіб), що беруть участь у релігійних обрядах щотижня. Згідно з рапортом Європейського соціального дослідження від 2004 року раз на тиждень брали участь у релігійних обрядах 2,5 відсотка респондентів, серед віруючих відсоток становив 15,2. Згідно з опитуванням, невіруючі становили 54,6 відсотка і «не визначились» становили 30 відсотків респондентів, відповідно.

Найбільшою церквою Естонії є Естонська євангелічно-лютеранська церква — як за кількістю парафій, так і за кількістю парафіян. Другим за величиною після лютеранства йде православ'я. У сучасній Естонії існує дві православні церкви — Естонська Апостольсько-православна церква Константинопольського патріархату і Естонська православна церква Московського патріархату. Далі за цими трьома церквами за величиною йдуть: Союз церков євангельських християн і баптистів Естонії та Римо-католицька церква.

У 1989 році найбільші церкви Естонії заснували Раду церков Естонії (РЦЕ), метою якої є об'єднання всіх християнських церков і парафіяльних спільнот для духовного розвитку естонського суспільства на підставі принципів християнства. РЦЕ була пов'язана з підготовкою як військових, так і тюремних священиків, також РЦЕ звертала увагу громадськості на потребу введення вчення про релігію в загальноосвітніх школах. За клопотанням РЦЕ на Радіо Естонії почали вести трансляцію ранкових молитов, а також телетрансляції різдвяних і великодніх богослужінь на естонському телебаченні. 2002 року уряд Естонської республіки і РЦЕ підписали протокол спільних інтересів.

Наразі до Ради церков Естонії входять: Естонська євангелічно-лютеранська церква, Естонська Апостольсько-православна церква, Естонська православна церква Московського патріархату, Союз церков євангельських християн і баптистів Естонії, Римо-католицька церква, Естонська методистська церква, Естонський союз адвентистських парафій, Естонська християнська п'ятидесятницька церква, Богонадхненна єпископальна церква Естонії, і Естонська парафія Святого Григорія Вірменської апостольської Церкви. РЦЕ також є єдиною релігійною організацією, яка щорічно отримує грошову дотацію з державного бюджету.

У сьогоднішньому естонському суспільстві відбивається панівна 50-ти річна позиція, що характеризує радянський колоніальний період, де була цілеспрямована діяльність з придушення культурної самосвідомості неросійських народностей. Це стосується також і релігійного життя: знищення визначення релігійної приналежності людей була однією з найважливіших задач культурної політики СРСР.

Безпосередньо після встановлення радянської влади в Естонії в 1940 р. почалися реорганізації, що зачіпали й релігійне життя. Мета офіційної релігійної політики Радянського Союзу було витіснення релігійних інститутів на всіх рівнях. Для втілення мети в життя закрили теологічний факультет Тартуського університету, який давав освіту як лютеранським, так і православним священикам. Естонську Апостольсько-православну церкву перетворили в єпископство РПЦ.

Лютеранство З лютеранської церкви сформувалася найбільша конфесія Естонії після поширення в країні реформації в 20-х рр. XVI століття. До кінця XIX ст. лютеранські священики, як в міських, так і сільських парафіях переважно були німецькомовними. Після повалення царату 1917 року, Перший церковний конгрес лютеранської церкви визначив лютеранську церкву, як «вільну народну церкву». За даними перепису населення 1934 р., частка вірян, що належали до лютеранської церкви була приблизно 874 000 осіб, або ж, близько 4/5 жителів Естонської республіки. Через численність своїх парафіян, як Естонська євангелічно-лютеранська церква, так і Естонська Апостольсько-православна церква в 1934—1940 рр. мали особливий правовий статус. І тому неодноразово в лютеранській церкві помилково бачили «державну церкву».

У кінці 1980 рр. в Естонії часів відновлення незалежності було поширене бачення лютеранської церкви як «церкви Естонії». Прикладом цього можуть бути і телетрансляції богослужінь під час святкування Різдва, які досі переважно відбувалися в лютеранських церквах. У той же час успішно здійснювалася співпраця між різними церквами Естонії, і лютеранська церква не претендувала на всенародну увагу коштом інших конфесій.

Прикладом досить широкої симпатії до лютеранської церкви може бути високий відсоток представництва священиків цієї конфесії в місцевому самоврядуванні; і це, перш за все, в сільських регіонах. Водночас, відсоток духовенства в міських зборах доволі скромний. Особливо малий вплив церкви у великих містах, де основною ознакою присутності духовенства є церковні будівлі з історичним та історико-архітектурним значенням. Таким чином, можна стверджувати, що лютеранська церква на релігійному полі Естонії є таким же само собою зрозумілим явищем, як і середньовічні церковні будівлі в архітектурному ландшафті Естонії.

Відроджені та нові релігійні рухи Відновленню незалежності Естонії та формуванню відкритого суспільства в 1990-х рр. супроводжували також зміни в релігійному житті Естонії. Після п'ятдесятирічного радянського періоду у церков та інших релігійних організацій знову була можливість брати участь у суспільному житті, і багато релігійні рухи, заборонені в період попередньої влади, в 1990 рр. відновили свою діяльність. У число таких входять як Свідки Єгови, послідовники бога Таара, гернгутерське братство, так і, наприклад, Армія порятунку. Також протягом останнього десятиліття в Естонію поширилося безліч нових в місцевому контексті релігійних рухів.

«Слово Життя» є одним із прикладів нових релігійних груп, що поширилися в Естонії в 1980—1990 рр. Релігійне пробудження цього періоду характеризується, перш за все, поширенням нових богонадхненних-п'ятидесятницьких рухів. Якщо за даними перепису населення 1934 року, п'ятдесятниками вважали себе 191 осіб серед усього населення Естонії, то в наші дні тільки число парафіян Естонської християнської п'ятидесятницької церкви (ЕХПЦ; заснована в 1991 р), згідно з офіційними даними, становить 4500 осіб і ЕХПЦ не є єдиною організацією, яка об'єднує п'ятидесятницькі парафії.

Православ'я Хоча православна церква поряд з католицькою церквою була однією з найстаріших християнських конфесій в Естонії, перший наймасштабніший вступ естонців у лоно православної церкви відбувся лише в середині XIX ст. Причину зміни релігії бачили у впливі втілюваної царською владою в життя політики русифікації, а також надію селян отримати разом з прийняттям «царської віри» і землю.

Після розпаду Російської імперії внаслідок революції 1917 р., Московський патріарх Тихон надав у 1920 році автономію православним парафіям Естонії. Православні Естонії утворили Естонську Апостольсько-православну Церкву (ЕАПЦ), яка в 1923 р перейшла під юрисдикцію Константинопольського Вселенського Патріархату. Після інкорпорації Естонії до складу Радянського Союзу в 1941 році московська влада для кращого контролю над діяльністю священиків Естонії зробили з ЕАПЦ єпископство РПЦ. Естонська Апостольсько-православна церква в період радянської влади зберігала свою історичну та юридичну спадкоємність у вигнанні.

У 1993 р. в порядку реституції ЕАПЦ відновила спадкоємність своєї діяльності в Естонії: більшість православних парафій Естонії належить до цієї церкви. У квітні 2002 року в «Реєстрі церков і приходів Естонії» зареєстрували Естонську православну церкву Московського патріархату.

Корінна язичницька релігія та спроби її відновлення