Під час другої війни в Чечні протиборчі сторони порушували права людини. Як російських офіційних осіб, так і чеченських повстанців регулярно й неодноразово звинувачували у вчиненні військових злочинів, включаючи викрадення людей, тортури, вбивства, захоплення заручників, грабунки, зґвалтування, обезголовлення та різноманітні інші порушення законів війни. Міжнародні та , включаючи Раду Європи та Amnesty International, критикували обидві сторони конфлікту за явні та постійні порушення міжнародного гуманітарного права.

Злочини

Вимушені зникнення Правозахисники підрахували, що з вересня 1999 року - початку другого чеченського конфлікту - близько 5000 людей зникли безвісти і є побоювання, що вони загинули. Росія засудила чеченця. За даними Amnesty International за 2005 рік, російські офіційні особи називають близько 2000 осіб як офіційну цифру "зникнень" з кінця 1999 року.

У березні 2001 року Human Rights Watch (HRW) опублікувала доповідь під назвою « Брудна війна » в Чечні, «Брудна війна» в Чечні, в якій назвала «зникнення» затриманих російськими федеральними силами в Чечні серйозною кризою прав людини. які має розглянути міжнародна спільнота. 31 березня 2003 року Ахмад Кадиров, глава промосковської адміністрації Чеченської Республіки, припустив, що за нічними вторгненнями в будинки та викраденням людей стоять російські федеральні сили. «У Чечні продовжують зникати люди. Забирають серед ночі. Їхні тіла не знайдені і більше їх ніхто не бачив", - сказав Кадиров журналістам у Грозному. «Своїми злочинами вони підтримують напругу в республіці, а їхні руки заплямовані кров’ю невинних людей. Сила складається з викрадачів на бронетехніці. Вони — ескадрон смерті». 25–26 лютого 2006 року Альваро Гіл-Роблес, який залишив посаду комісара Ради Європи з прав людини, відвідав Чечню разом зі своїм наступником Томасом Хаммарбергом. ; вони критикували викрадення, безкарність і відсутність безпеки в Чечні. 2 березня 2006 року омбудсмен заявив, що проблему насильницького зникнення людей у Чечні не можуть вирішити місцеві органи влади, додавши, що на федеральному рівні має бути створена спеціальна комісія. 

12 травня 2006 року Дмитро Грушкін з правозахисної групи «Меморіал» повідомив Інтерфаксу, що з 2002 року в Чечні було викрадено не менше 1893 жителів; З них, за його словами, 653 були знайдені живими, 186 були знайдені мертвими, а 1023 «зникли безвісти». «Меморіал» відстежує викрадення лише на 25-30% території Чечні.  13 листопада 2006 року HRW опублікувала брифінг про тортури в Чечні, який вона підготувала для 37-ї сесії Комітету ООН проти тортур . У документі йшлося про тортури з боку співробітників Другого оперативно-слідчого бюро (ОРБ-2), тортури підрозділами під ефективним командуванням Рамзана Кадирова, тортури під час таємних ув’язнень і триваючі «зникнення». За даними HRW, тортури «як в офіційних, так і в таємних місцях ув'язнення є широко поширеними і систематичними в Чечні. Ґрунтуючись на обширних дослідженнях, HRW у 2005 році дійшла висновку, що насильницькі зникнення в Чечні настільки поширені та систематичні, що вони є злочином проти людяності».

Масові захоплення заручників

Криза заручників Московського театру 23 жовтня 2002 року понад 40 терористів взяли в полон понад 700 заручників у московському театрі. Заручники вимагали припинити російську присутність у Чечні та погрожували стратити заручників, якщо їхні умови не будуть виконані. Облога закінчилася жорстоко 26 жовтня, коли російські війська були змушені штурмувати будівлю після того, як усередині спрацювали вибухові пристрої. Багато жертв стало результатом того, що дихальні шляхи непритомних постраждалих були заблоковані, а під час порятунку було надано неоптимальний догляд. Зокрема, нездатність російської влади забезпечити свої війська опіоїдними протиотрутами та її спроби приховати ідентичність газу протягом кількох днів після цього перешкоджали зусиллям із порятунку життів уражених заручників. 2 листопада Шаміль Басаєв взяв на себе відповідальність за напад і вибачився перед Асланом Масхадовим за те, що не повідомив його про план.

Облога бесланської школи 1 вересня 2004 року група з 32 добре озброєних чоловіків у масках захопила контроль над середньою школою номер один і понад 1000 заручників у Беслані, Північна Осетія. Більшість заручників – діти віком від шести до шістнадцяти років. Після напруженого дводенного протистояння, яке періодично переривалося стріляниною та вибухами, група "" ФСБ провела рейд у будівлю. Бій тривав більше двох годин; зрештою загинули 331 цивільний, 11 коммандос і 31 заручник.

Російські чиновники публічно пов'язали Басєєва і Масхадова з нападом. Басєєв взяв на себе відповідальність у публікації на веб-сайті від 17 вересня; Масхадов засудив напади та заперечив свою причетність. Бійня в Беслані та обурення, яке воно викликало, несподівано вплинули на тактику чеченських сепаратистів та їхніх союзників.

Інші випадки захоплення заручників

15 березня 2001 - троє чеченців викрали російський літак Ту-154 зі 174 людьми на борту після того, як він залишив Туреччину; вони змусили його приземлитися в Медіні, Саудівська Аравія. 16 березня саудівські командос звільнили понад 100 заручників, убивши трьох людей, у тому числі викрадача, бортпровідницю та турецького пасажира. Російський дипломат у Саудівській Аравії сказав, що лідером викрадачів був «високо підготовлений військовий офіцер, який, схоже, знав, що робить». 22 квітня 2001 р. - У Туреччині прочеченські бойовики захопили до 100 заручників у розкішному готелі в Стамбулі. Протистояння тривало майже 12 годин, перш ніж заручники, озброєні автоматами, здалися; Поліція заявила, що не зустріла опору з боку озброєних осіб і не надходило повідомлень про поранення. 29 жовтня 2004 - Державна Дума приймала керівника Генпрокуратури Володимира Устинова для обговорення антитерористичної стратегії адміністрації Путіна. Як він пояснив нардепам, у майбутніх епізодах захоплення заручників силовики матимуть формальне законодавче право затримувати та затримувати родичів підозрюваних у заручниках. Тоді уряд дав би знати терористам, що він зробить із цими «контрзаручниками» все те, що терористи зроблять зі своїми власними заручниками.

Водночас серед співробітників російських і місцевих силових структур Чечні існує практика взяття в заручники мирних жителів. 1 березня 2004 року на батьківщині родини Хамбієвих Беной Ножай-Юртовського району Чечні співробітники силових структур захопили понад 30 родичів екс- міністра оборони Ічкерії , у тому числі жінок. Магомед Хамбієв отримав ультиматум скласти зброю в обмін на життя своїх рідних; він це зробив, здавшись владі за кілька днів.

3 червня 2006 р. - Російські дипломати в Іраку були захоплені, коли . Один був застрелений під час викрадення; троє інших були пізніше страчені. Група сподівалася тиснути на Росію, щоб Чечня дозволила відокремитися та стати ісламською теократією.

Масові вбивства

Невибіркові напади

5 жовтня 1999 року в автобус, наповнений біженцями, влучив російський танковий снаряд, убивши 40 мирних жителів і поранивши ще кількох. 7 жовтня 1999 року федеральні війська здійснили касетний удар по селу Елістанжи Веденського району. За кілька хвилин було вбито 27 людей; серед них лише восьмеро чоловіків «бойового віку», тобто від 14 до 60 років. Протягом наступних двох тижнів ще 21 людина померла від отриманих ран. 21 жовтня 1999 року в результаті серії російських ударів балістичними ракетами по центру Грозного загинуло щонайменше 137 людей, переважно мирних жителів, і сотні отримали поранення. Ракети влучили в головний ринок міста, пологовий будинок і мечеть. 24 жовтня 1999 року семеро дітей загинули і 14 були покалічені внаслідок атаки російського танку в Новому Шарому; також загинув дорослий чоловік. 29 жовтня 1999 року російські ВПС здійснили ракетний удар по великій колоні біженців, які йшли шляхом «безпечного виходу». Втрати були оцінені в 50-100 осіб, серед них кілька працівників Червоного Хреста, двоє журналістів і багато жінок і дітей. 4 лютого 2000 року, намагаючись зупинити відступ чеченців, російські війська розбомбили село Катир-Юрт, тодішній цивільний конвой під білими прапорами, убивши щонайменше 170 мирних жителів, ще багато отримали поранення. 9 лютого 2000 року російська тактична ракета влучила в натовп людей, які прийшли до будівлі місцевої адміністрації Шалі, міста, оголошеного як одна з «безпечних зон», щоб отримати свої пенсії. Ракета, за оцінками, вбила близько 150 мирних жителів, після чого послідувала атака бойових гелікоптерів, що спричинило додаткові втрати. Російська атака, яка сталася без будь-якого попередження, була відповіддю на проникнення в місто групи чеченських бойовиків, які зазнали незначних втрат.

Задокументовані масові вбивства

3 грудня 1999 року щонайменше 40 людей, які тікали з обложеного Грозного, були розстріляні російськими військами, залишивши в живих лише семеро поранених. На початку грудня 1999 року російські війська під командуванням генерала Володимира Шаманова вбили до 41 мирного жителя під час двотижневого п'яного розгулу в селі Алхан-Юрт поблизу Грозного. У кількох інцидентах у грудні 1999 року та січні 2000 року в Старопромисловському районі Грозного російські війська вбили , переважно літніх чоловіків і жінок. Особливо жорстока різанина була здійснена 5 лютого 2000 року в передмісті Ерік-Тексідор, де ймовірні члени ОМОНу, спецпідрозділу міліції з Санкт-Петербурга та військовослужбовці-контрактники стратили без сударства щонайменше 60 мирних жителів. Після Комсомольської битви в березні 2000 року близько 70 чеченських бойовиків, які потрапили в полон, були офіційно амністовані, але майже всі вони, як вважають, були вбиті в полоні.

У 1999-2004 роках слідчий ізолятор Чорнокозово функціонував як фільтраційний та тортурний табір, і в цьому закладі були задокументовані порушення прав людини.

Бомбардування повстанців

6–14 вересня 1999 р. — серія нічних вибухів у житлових будинках із застосуванням гексогену (RDX) забрала життя 307 і поранила 1700 осіб. Зруйновано чотири будинки в Москві, Буйнакську та Волгодонську. 9 травня 2002 р. - під час військового параду в результаті вибуху протипіхотної міни російського виробництва в дагестанському місті Каспійськ загинуло 45 і було поранено близько 175 солдатів і цивільних осіб. Дагестанська прочеченська група, яку звинувачують у нападі, раніше вбила сімох російських солдатів 18 січня 2001 року в столиці Дагестану Махачкалі. 12 червня 2005 року - бомба, закладена російськими націоналістами - екстремістами, які, як вважають, були ветеранами чеченської війни, належать до групи "Російська національна єдність", зійшла з рейок пасажирського поїзда Грозний-Москва приблизно за 150 кілометрів на південь від російської столиці. Десятки людей отримали поранення, але лише восьмеро госпіталізовані. 30 травня 2006 року підозрюваним Володимиру Власову і Михайлу Клевачову було пред'явлено звинувачення в тероризмі і замаху на вбивство на ґрунті міжнаціональної або релігійної ворожнечі.

Теракти смертників У період з червня 2000 року по вересень 2004 року чеченські повстанці додали до свого озброєння напади смертників. Протягом цього періоду в Чечні та за її межами було скоєно 23 атаки терористів-смертників, націлені як на військові, так і на цивільні об’єкти. Профілі терористів - смертників відрізнялися так само, як і обставини вибухів. Хоча лише шість атак були спрямовані проти мирних жителів, ці атаки привернули левову частку розголосу, викликаного чеченською тактикою самогубств.

5 липня 2003 - 19-річна Зулічан Еліхаджієва підірвала себе біля рок-фестивалю на аеродромі Тушино під Москвою. Її бомба не здетонувала, як очікувалося. Через 15 хвилин лише за кілька метрів від місця першого нападу 26-річна Зінаїда Алієва підірвала свою вибухівку та миттєво вбила 11 людей. Ще четверо померли в лікарні. Для багатьох спостерігачів атаки в Тушино виявилися недоречними.