Historia Japonii jest wypadkową własnej polityki izolacji tego kraju oraz wpływów zewnętrznych – Chin i Zachodu. Oddalenie geograficzne i dobrowolne zamknięcie się od świata w okresie Edo doprowadziły do niezależnego rozwoju o oryginalnych cechach, a przejmowanie przez stulecia elementów cywilizacji chińskiej i następnie otwarcie na Zachód, wymuszone w 1854 roku, doprowadziły Japonię do pozycji pierwszej azjatyckiej potęgi przemysłowej. Wynikająca z tego siła doprowadziła do planu szerokiej ekspansji w regionie Azji Wschodniej i Pacyfiku, co zakończyło się klęską podczas II wojny światowej i okupacją wojsk amerykańskich.
Obecnie Japonia jest jednym z czołowych państw świata pod względem rozwoju nauki, nowoczesnych technologii i przemysłu, zachowującym jednocześnie odmienność własnych tradycji historycznych i realizującym pokojową politykę międzynarodową i demokratyczny system społeczny wewnątrz kraju.
Wstęp Najwcześniejsze znane ceramiki powstały w okresie Jōmon. Pierwsza znana pisemna wzmianka o Japonii zawarta jest w chińskiej Księdze Hanów pochodzącej z I wieku naszej ery. Główne kulturowe i religijne wpływy pochodziły z Chin.
Pierwsza stała stolica została założona w okresie Nara w 710 roku n.e. Miasto Heijō-kyō stało się centrum sztuki, religii i kultury buddyjskiej. Rodzina cesarska datuje swoje początki na 660 rok p.n.e., gdy na tronie zasiadł cesarz Jimmu.
Do roku 1550 władza polityczna została podzielona na kilkaset jednostek lokalnych, czyli domen (han) kontrolowanych przez daimyō (panów feudalnych), z których każdy miał do dyspozycji własne oddziały samurajów.
W 1603 roku, w wyniku zwycięstwa w wojnie domowej, do władzy w Japonii doszedł ród Tokugawa. Kolejni jego członkowie sprawowali rządy jako sioguni przez 250 lat. Był to okres pokoju, znacznego rozwoju rzemiosła, handlu i sztuki, rozbudowywały się miasta.
W 1868 roku rozpoczął się okres Meiji. Obalono siogunat i przywrócono realną władzę cesarza. Japonia otworzyła się na świat, przyjęła liczne wzorce zachodnie i przekształciła się w światową potęgę. Ekspansję militarną rozpoczęła od wojny z Chinami (1894–1895) i następnie z Rosją (1904–1905). W 1932 roku utworzyła marionetkowe państwo Mandżukuo i prowadziła ponownie wojnę z Chinami (1937–1945) oraz walki graniczne z ZSRR (1938–1939). W 1941 roku zaatakowała Stany Zjednoczone, ale została pokonana w wojnie na Pacyfiku przez Stany Zjednoczone i Wielką Brytanię.
Po wojnie, okupowana przez USA i pozbawiona zdobyczy terytorialnych, Japonia przekształciła się w pokojowe, demokratyczne państwo. Po 1950 roku kraj osiągnął bardzo wysokie tempo wzrostu gospodarczego i stał się światową potęgą gospodarczą, zwłaszcza w produkcji samochodów i elektroniki. Od lat dziewięćdziesiątych poważnym problemem jest stagnacja gospodarcza.
Najdawniejsi mieszkańcy Badacze nie potrafią jednoznacznie określić, kiedy na terenach Japonii pojawili się pierwsi ludzie. Najczęściej przyjmuje się, że jest to 200 tysięcy lat. Najstarsze szczątki ludzkie mają około 30 tysięcy lat. Tereny te zamieszkiwały ludy zbieraczy i łowców. Głównym pożywieniem były dziki, jelenie, a także orzechy i jagody. Grupy zamieszkujące wyspy w okresie paleolitu liczyły od 20 do 150 osób. Miały charakter pokoleniowy i koczowniczy. Siedziby ludzkie były budowane na otwartych przestrzeniach.
Dotychczas uważano, że najdawniejszy szkielet został wykopany w Minatogawa, w jaskini w południowej części wyspy Okinawa. Według oceny badaczy, liczy on około 17 tysięcy lat. Jednakże w 2017 roku Okinawa Buried Cultural Property Investigation CenterBuried Cultural Properties → dobra kultury (artefakty) znajdujące się pod ziemią (znane jako stanowiska archeologiczne). W Japonii jest około 460 tys. takich miejsc. Każdego roku wykonuje się około 9 tys. wykopalisk. Organem rządowym nadzorującym prace archeologiczne jest Bunka-chō (Agency for Cultural Affairs). poinformowało, że znaleziono ludzkie kości z epoki górnego paleolitu w jaskini Shiraho Saonetabaru na wyspie Ishigaki. Archeolodzy stwierdzili, że odkryto szczątki 19 szkieletów. Potwierdzono, że jeden z nich ma około 27 000 lat, co czyni go najstarszym szczątkiem ludzkim odkrytym w Japonii.
Okres Jōmon (13000 r. p.n.e. – 400 r. p.n.e.)
Około 13 tysięcy lat p.n.e. pojawiły się pierwsze naczynia ceramiczne. Ich odkrycie wyznacza początek okresu Jōmon, czyli kultury wzoru sznurowego. W okresie Jōmon od 5000 lat p.n.e. upowszechnił się osiadły tryb życia. Grupy rozrastały się tworząc społeczności plemienne. Na zachodzie kraju była prowadzona prymitywna gospodarka. Na polach oraz bagnach uprawiano pachnotkę zwyczajną i chwastnicę jednostronną.
Okres Yayoi (400 r.p.n.e. – ok. 250 r.n.e.)
Około 400 r.p.n.e. do Japonii dotarli przybysze z kontynentu różniący się cechami fizycznymi oraz kulturą. Okres migracji był ściśle związany z ryżem, który w tym okresie był stosowany na większą skalę. Pierwsza wzmianka na temat Japonii pochodzi z chińskiej kroniki Han Shu. Japonia była określana jako kraj Wa.
Okres Yamato (lata 250–710)
Historia Japonii rozpoczęła się od kształtowania się państwa w okresie Kofun, kiedy powstała w Yamato (obecna prefektura Nara) federacja plemienna stopniowo rozszerzająca kontrolę nad innymi rodami. W ciągu V i VI w. wykształcił się centralny ośrodek władzy – dwór cesarski, ustabilizowała się dynastia cesarska, kontynuowana w linii męskiej (kobiety z rodu cesarskiego też mogły obejmować tron) do dziś. W połowie VI w. kręgi dworskie zapoznały się z buddyzmem. Jednocześnie z nowymi ideami przybyli z kontynentu do Japonii wykształceni mnisi, rzemieślnicy, a wraz z nimi nowe techniki i technologie. Początkowo wpływ buddyzmu był ograniczony, doprowadził jednak do ostrych konfliktów wśród starszyzny rodowej. W 587 r., w wyniku walki zbrojnej, zwyciężyło stronnictwo popierające buddyzm z rodem Soga na czele. Ród ten, m.in. dzięki sukcesom gospodarczym oraz mariażom swoich kobiet z władcami, zdominował scenę polityczną.
W 645 przewrót pałacowy (taika-no kaishin, ‘przewrót wielkiej zmiany’) zakończył dominację rodu Soga. Jego przywódcy: książę następca tronu Naka no Ōe oraz Kamatari z rodu Nakatomi, zapoczątkowali reformy zmierzające do obalenia autonomii rodów i wprowadzenia absolutnej władzy cesarskiej. Ziemia miała być własnością cesarza, który wydzielał z niej działki uprawne. Podatki z przydziałów były przeznaczone na utrzymanie rodziny cesarskiej, dworu i administracji. Reformy trwały kilkadziesiąt lat ze względu na trudności natury zewnętrznej (wojna z koreańskim państwem Silla) i wewnętrzne (opór niektórych wielkich rodów, walki z Ajnami na północy kraju).
Dzieło Naka no Ōe, który objął tron w 668 jako cesarz Tenji, kontynuował jego brat cesarz Temmu, a po nim cesarzowa Jitō. Ukoronowaniem ich działalności było ogłoszenie w 702 kodeksu ery Taihō. Uważa się, że od tego czasu Japonia stała się scentralizowanym państwem opartym na normach prawnych (ritsuryō-kokka).
Okres Nara (710 – 794)
thumb|Posąg Buddy w Tōdai-ji w Nara
W 710 dwór i administracja przeniosły się do nowej stolicy o nazwie Heijō-kyō. Jednym z najważniejszych zadań władzy było wprowadzenie przepisów kodeksu w taki sposób, aby nie wywołać zamieszek. Przejście od ustroju rodowego do absolutnych rządów cesarskich i ukształtowanie nowych organów władzy wymagało zabiegów dyplomatycznych i organizacyjnych. Kodeks ery Taihō, wzorowany na chińskim ustawodawstwie, wprowadzał instytucje i obyczaje, jakich w Japonii dotychczas nie było. Zarządzanie krajem miało odbywać się przez organy administracji centralnej i prowincjonalnej. Najważniejszym organem stała się Wielka Rada Stanu (Daijō-kan lub Dajō-kan), składająca się z ministrów (daijin), radców cesarskich, kontrolerów i archiwariuszy. Najwyższą pozycję zajmował pierwszy minister (daijō-daijin). Jego powoływanie jednak nie było konieczne. Zawsze byli mianowani ministrowie: lewej strony (sadaijin) i prawej strony (udaijin). Sprawowali oni nadzór nad 8 resortami (po 4 każdy). Sprawami związanymi z shintō zajmował się, cieszący się nieco mniejszym autorytetem, Urząd ds. Kultu (Jingi-kan).
W prowincjach najwyższą władzę sprawowali gubernatorzy (kokushi, kami) i zarządcy powiatowi (gunji). Wsie podzielono na jednostki równe 50 domostwom. Na ich czele stali sołtysi (sato-osa), odpowiedzialni za pilnowanie spisów ludności, przydzielanie ziemi, ściąganie podatków.
Podatki do skarbu państwa płynęły z publicznych ziem (kokugaryō). Z czasem jednak coraz liczniejsze nadania ziem z immunitetem fiskalnym (za urzędy i rangi dworskie, za zasługi, jako szczególne wyróżnienie, darowizny dla świątyń) zaczęły uszczuplać wpływy skarbu państwa. Aby zapełnić luki budżetowe, rząd podnosił podatki. Wielu chłopów, aby uniknąć nadmiernych obciążeń, uciekało do prowincji, gdzie nie docierał poborca podatkowy. Pustoszały więc niektóre ziemie. Ten proces stopniowo nasilał się, prowadząc do osłabienia władzy cesarskiej.
Okres Nara jest zwany stuleciem kobiet, gdyż z 7 panujących wówczas władców 4 były kobietami. Zwany jest również rządami buddyzmu, ponieważ buddyjska żarliwość kilkorga władców doprowadziła do rozkwitu buddyjskich instytucji, a kler osiągnął wielkie (niekiedy destrukcyjne) wpływy na ośrodek władzy. Stało się to jedną z przyczyn przeniesienia w 784 stolicy do Nagaoki. W Japonii utrwalił się prymat arystokracji dworskiej. W okresie Nara najsilniej w całych dziejach Japonii zaznaczyły się chińskie (także koreańskie) wpływy na dworze i wśród arystokracji, co przyczyniło się m.in. do rozkwitu architektury i sztuki sakralnej.
Okres Heian (794 – 1185)
thumb|Heian-kyō thumb|Murasaki Shikibu, autorka Genji monogatari na obrazie malarza z XVII w., Mitsuoki Tosa
W 794 r. ośrodek władzy cesarskiej został przeniesiony z Nagaoka-kyō do nowo zbudowanej stolicy o nazwie Heian-kyō. Instytucje, które powstały w okresie Nara funkcjonowały nadal, ale stawało się coraz bardziej widoczne, że formy władzy, wzorowane na chińskich, nie przystają do japońskiej rzeczywistości. W kodeksowych urzędach zapanował bezład. Obok już istniejących powoływano więc pozakodeksowe, co powodowało stały rozrost aparatu urzędniczego utrzymywanego z podatków.
Mnożenie się ziem z immunitetem fiskalnym sprawiało, że chłopi, szukając ulg podatkowych, przyłączali swoje działki do takich posiadłości na zasadzie komendacji. W rezultacie powstawały wielkie posiadłości wyłączone z puli państwowej (shōen), a więc nie przynoszące dochodu skarbowi państwa. Posiadaczami największych i najbogatszych shōen stały się z czasem buddyjskie klasztory i świątynie oraz chramy shintoistyczne, a także wielkie rody arystokracji dworskiej (np. Fujiwara).
Dzięki potędze ekonomicznej oraz więzom powinowactwa z domem cesarskim, Fujiwarowie zdobyli dominację na dworze i w administracji. Od IX w. zaczęła się kształtować nowa forma rządów o nazwie sekkan-seiji („rządy regentów i kanclerzy”). Fujiwarowie, dziadkowie po kądzieli panującego, pełnili funkcje regentów (sesshō), dopóki cesarze byli niepełnoletni, a także kanclerzy (kampaku) – przy dorosłych władcach. Pełniąc te funkcje, nie pozwalali cesarzom podejmować samodzielnych decyzji. Dojście do władzy cesarza Go-Sanjō (panował w latach 1059–1062), nie zrodzonego przez córkę z rodu Fujiwarów, zachwiało dominacją rodu. Ostateczne jej osłabienie nastąpiło w XI w., kiedy zaczęła wyrastać ekonomiczna potęga cesarzy po abdykacji. Powstał system insei, który tłumaczony jest jako „rządy cesarzy po abdykacji” lub „rządy z klasztoru”, gdyż tam właśnie byli cesarze znajdowali schronienie.