Historia anime sięga początków XX wieku, kiedy to japońscy twórcy filmowi eksperymentowali z technikami animacji znanymi na Zachodzie.
W latach 70. anime rozwinęło się, zrywając ze swoimi zachodnimi korzeniami. Powstały wtedy nowe, specyficzne gatunki, chociażby mecha. Godne wzmianki anime z tego okresu to przede wszystkim Rupan sansei i Majingā Z (Mazinger Z). W tym też okresie sławę zyskało kilku dobrze znanych dziś filmowców, zwłaszcza Hayao Miyazaki i Mamoru Oshii.
W latach 80. anime zostało uznane za główny nurtem filmowym w Japonii, zrodził się wtedy boom na tego typu produkcje. Na początku tej dekady rozpoczęto produkcję Gundam, rozpoczęła się też kariera Rumiko Takahashi. W 1988 roku Akira ustanowił rekord kosztów produkcji anime – wyniósł on ponad miliard jenów.
Lata 90. i początek XXI wieku to wzrost popularności anime na zagranicznych rynkach. Akira i Ghost in the Shell z 1995 roku stają się znane na całym świecie, a serial Dragon Ball Z odnosi ogólnoświatowy sukces. Inne serie, jak Neon Genesis Evangelion i Cowboy Bebop, stają się popularne w Japonii, ale zostają też zauważone na Zachodzie. W 2002 roku Spirited Away: W krainie bogów (Sen to Chihiro no kamikakushi) wygrywa pierwszą nagrodę na Międzynarodowym Festiwalu Filmowym w Berlinie, a w 2003 roku otrzymuje Oscara za najlepszy film animowany (było to jak dotąd pierwsze i ostatnie anime, które otrzymało tę nagrodę; kilka lat później nominowano także Ruchomy zamek Hauru, ale przegrał on z Wallace’em i Gromitem: Klątwą królika). W 2004 roku Ghost in the Shell II: Niewinność (Inosensu: Kōkaku kidōtai) zostaje zaprezentowany na canneńskim festiwalu.
Początki filmu animowanego w Japonii thumb|Katsudō shashin – pierwszy film anime
W Japonii jeszcze przed powstaniem pierwszych filmów istniały różne tradycje „ruchomych obrazków” z wykorzystaniem narracji, które stanowiły później podwalinę i inspirację dla tworzenia animacji w tym kraju. Wśród nich były to emaki-mono (rozwijane jak panorama zwoje z opisami), teatr cieni (który przybył do Japonii z Chin), (który przybył w XVIII wieku do Japonii z Holandii) czy też ; inspiracją stały się także i manga.
Za pierwszy powstały film w Japonii uznaje się odkryty w 2005 roku w Kioto fragment przezrocza nieznanego twórcy, składającego się z 4 sekund materiału, na którym chłopiec pisze na ścianie słowa (tak określano wówczas filmy), a następnie ściąga czapkę w geście powitania. Specjaliści w dziedzinie historii animacji, a także odkrywca tego filmu, profesor Matsumoto Natsuki, oceniają, że film powstał w 1907 roku.
Pionierami japońskiego filmu animowanego byli , oraz , którzy swoje pierwsze prace zaprezentowali w 1917 roku Fragment udostępniony przez autora książki na jego oficjalnej stronie internetowej..
W 1916 roku zatrudniło Ōtena Shimokawę do stworzenia animowanego filmu krótkometrażowego. Shimokawa eksperymentował z kilkoma różnymi technikami i ostatecznie stworzył 5-minutowy film animowany zatytułowany , który został rozdystrybuowany w styczniu 1917 roku jako pierwszy japoński film animowany. Przez długi czas film ten uznawany był za pierwszy w swojej kategorii. Shimokawa stworzył później kolejne cztery filmy, jednakże mimo zdobytej popularności z powodów zdrowotnych musiał zrezygnować z tworzenia animacji. thumb|left|Hanawa Hekonai meitō no maki, film produkcji Jun'ichiego Kōuchi z 1917 roku Drugi z pionierów, Jun'ichi Kōuchi, ilustrator komiksów i przyjaciel Shimokawy, został z kolei zatrudniony w lutym 1917 roku przez studio do stworzenia filmu animowanego. 30 czerwca 1917 miał premierę jego pierwszy film, zatytułowany , który znany jest także pod tytułem . W 1923 roku Kōuchi założył własne studio animacji, które nazwał , lecz po jakimś czasie ze względów finansowych porzucił pracę nad animacją na rzecz komiksu.
Trzeci z pionierów, Seitarō Kitayama, również był ilustratorem komiksów pracującym dla czasopisma, a także członkiem post-impresjonistycznej grupy artystów Fyūzankai. Został zatrudniony przez firmę , a w 1915 roku zaczął eksperymentować z technikami animacji, aż w 1917 roku zaprezentowano jego film (także zapisywane jako ). Był także pierwszym twórcą, który zdecydował się zatrudnić ekipę produkcyjną przy tworzeniu swoich prac, dzięki czemu pod jego nadzorem w ciągu 2 lat powstało ponad 20 filmów krótkometrażowych. W 1921 roku założy własne studio animacji, Kitayama eiga seisakujō, które specjalizowało się w reklamach i filmach edukacyjnych.
Większość stworzonych przez nich animacji zostało później bezpowrotnie utraconych wskutek trzęsienia ziemi w regionie Kantō w 1923 roku, a dwa z nich, zatytułowane Namakuragatana Jun'ichiego Kōuchi oraz (1918) Seitarō Kitayamy, zostały odnalezione w 2007 roku.
Drugie pokolenie W wyniku trzęsienia ziemi w 1923 roku, które pochłonęło ponad 100 tysięcy ofiar śmiertelnych i wywarło ogromy wpływ na społeczeństwo, były osoby, które pragnęły z pomocą animacji podwyższyć morale ocalonych. Jednym z nich był , który tworzył animacje inspirowane tradycją i mitologią. Jedną z jego prac jest film , w którym główny bohater odmawia zaniesienia swojej starej, schorowanej matki na szczyt góry by umarła, choć ta ze względu na wiek nie była już w stanie być przydatna dla społeczności. Miało to pokazać, że można przezwyciężyć trudy życia. Yamamoto stworzył także animowane filmy edukacyjne na zlecenie Ministerstwa Rolnictwa, czy Ministerstwa Edukacji.
thumb|Bagudajō no tōzoku – film animowany z wykorzystaniem washi w stylu chiyogami Znanym z innowacji animatorem tamtych czasów był , który rozpoczął swoją karierę jako twórca animacji pod skrzydłami Jun'ichi Kōuchiego. Kilka lat później założył własne studio animacji, gdzie poszukiwał nowych technik produkcji. Eksperymentował z połączeniem filmu aktorskiego i animacji, a także, zainspirowany pracami Lotte Reiniger, stworzył wiele prac z wykorzystaniem washi w stylu chiyogami (jednym z jego pierwszych filmów w tym stylu był m.in. z 1926 roku inspirowany filmem o tym samym tytule); próbował także synchronizacji animacji z dźwiękiem, co udało mu się osiągnąć w 1929 z filmem . Jego szeroki wkład w rozwój animacji zaowocował w latach 60. XX wieku ufundowaniem nagrody jego imienia dla twórców animacji, której laureatami stali się później inni miejący ogromny wkład w animację, m.in.: Hayao Miyazaki, Katsuhiro Ōtomo czy Satoshi Kon.
thumb|Tarō-san no kisha (1929) W tym samym czasie działali także inni animatorzy, którzy szukali własnej ścieżki w tworzeniu animacji. Jednym z najaktywniejszych , którego w tworzeniu inspirował folklor, łączył w swych pracach różne style i sposoby animacji. Jego film edukacyjny, zatytułowany , stanowiący połączenie live action i animacji poklatkowej, traktujący o tym jak należy zachowywać się podczas jazdy pociągiem, stanowi jeden z najbardziej rozpoznawalnych przykładów filmu edukacyjnego tamtych czasów. Spośród innych eksperymentalnych filmów, które wyszły spod jego ręki można wymienić: do którego stworzenia wykorzystał papierowe wycinanki, wzbogacone przez szeroką gamę ujęć i kątów; , jego pierwszy film dźwiękowy, będący jednocześnie eksperymentem związanym z efektywnym powiązaniem efektów dźwiękowych i ruchów postaci na ekranie; czy też jego krótkometrażowy film , zawierający scenę pocałunku między ośmiornicami - akt zbliżenia zakazany w japońskim kinie aktorskim aż do 1945 roku.
Kolejnym animatorem był , który tworzył także pod pseudonimem , jako pierwszy w Japonii posługiwał się w swych pracach „tradycyjną animacją” - techniką rysowania każdej kolejnej klatki filmu indywidualnie, która stała się najbardziej rozpowszechnioną techniką animacji na świecie aż do czasu pojawienia się animacji komputerowej. Masaoka rozpoczynał swoją karierę jako twórca filmów aktorskich, następnie, po podjęciu pracy w firmie Nikkatsu przebranżowił się i zaczął tworzyć animacje. Jego debiutanckim filmem było z 1930 roku. Po założeniu własnego studia animacji w 1932 roku zaczął współpracować z firmą Shōchiku. Z ich współpracy 15 kwietnia 1933 narodził się film zatytułowany : pierwszy animowany film dźwiękowy, który zawierał dialogi nagrane przez obsadę aktorską.
Już w latach 20. XX wieku filmy animowane były produkowane obejmując różne gatunki, a bohaterami filmów były często zwierzęta (także te fantastyczne) przedstawiane w sposób antropomorficzny. Idąc za przykładem filmów aktorskich, wiele animacji odnosiło się do bardzo rozpowszechnionego wówczas gatunku chanbara; były tworzone także filmy sportowe, na powstawanie których wpłynęła organizacja igrzysk olimpijskich. Produkowano także filmy edukacyjne i fantasy.
II wojna światowa
Toei Animation i Mushi Productions
Lata 70.
Lata 80. XX wieku W latach 80. anime zaczęło przechodzić „odnowę jakości wizualnej” dzięki nowym reżyserom, takim jak Hayao Miyazaki, który założył Studio Ghibli w 1985 roku, czy Isao Takahata i Katsuhiro Ōtomo.
Lata 90. XX wieku W 1995 roku premierę miała seria Neon Genesis Evangelion autorstwa Hideakiego Anno, który jest mieszanką fantastyki naukowej, wątków psychologicznych filozoficznych i religijnych. Produkcja odniosła komercyjny sukces (zarobiła 400 milionów dolarów w ciągu pierwszych dwóch lat od wydania na VHS) i zrewolucjonizowała wiele aspektów w branży anime i filmowej jakotakiej. Ogromne zaangażowanie Anno w proces produkcji serii i jego sukces zachęcił studia do dania twórcom animacji większej swobody i kontroli przy tworzeniu serii, którą wcześniej w dużej mierze była w rękach komitetu produkcyjnego. W rezultacie powstały takie serie jak Cowboy Bebop czy The Big O, które również odniosły międzynarodowy sukces. Producenci zaczęli inwestować w mniejszą ilość odcinków na rzecz poprawienia ich jakości, prowadząc do stworzenia formatu 13- i 26-odcinkowego, który stanowi od tego czasu standard w przemyśle animowanym w Japonii. Wykorzystanie symbolizmu w serii zamiast typowego dla wcześniejszych produkcji bezpośredniego przedstawiania elementów fabuły zachęciło do przedstawiania coraz bardziej abstrakcyjnych elementów w późniejszych produkcjach, takich jak Wirtualna Lain czy Rewolucjonistka Utena. Neon Genesis Evangelion wpłynął także na rozpowszechnienie się archetypów postaci, które starano się imitować w późniejszych produkcjach. Typ tsundere reprezentowany w serii przez Asukę Langley znalazł później odwzorowanie w takich seriach jak Naruto (Sakura), Ognistooka Shana (Shana) czy Zero no Tsukaima (Louise). Typ kūdere, reprezentowany w serii przez Rei Ayanami, zainspirował później twórców takich anime jak Eureka Seven (Eureka).
Inną serią z 1995 roku, która odbiła się szerokim echem w branży anime i stanowiła później inspirację dla wielu twórców filmowych był cyberpunkowy thriller Ghost in the Shell Mamoru Oshii. Inspirację z tej produkcji czerpali później tacy twórcy jak rodzeństwo Wachowskich przy tworzeniu Matrixa, James Cameron przy tworzeniu Avatara czy Steven Spielberg przy A.I. Sztuczna inteligencja, a także wpłynąła ona na takie gry jak Metal Gear Solid, Deus Ex czy Cyberpunk 2077.
W 1997 roku premierę miał film zatytułowany Księżniczka Mononoke, za którego reżyserię odpowiadał Hayao Miyazaki. Jego produkcja kosztowała 23,5 miliona dolarów stając się najdroższą produkcją filmu anime, i uplasowując się w czołówce najdłuższych filmów animowanych zawierając 144 tysiące klatek i trwając 136 minut. Film ten ustanowił także rekord w japońskim box office, zarabiając 20,18 miliarda jenów i nawet po 25 latach od premiery nadal zajmuje miejsce w pierwszej dziesiątce najlepiej zarabiających filmów w Japonii wszech czasów.
Lata 2000–2019 Według Nippon dōga kyōkai łączne zyski ze sprzedaży zagranicznej firm zajmujących się animacją i materiałami licencjonowanymi z nią związanymi, takich jak np. zabawki wzrosło z 2,3 miliarda w 2012 roku do 10 miliardów w 2018 roku i stanowiło prawie połowę całkowitego dochodu tej gałęzi przemysłu.
Od 2020