Wojna trzynastoletnia – stoczona w latach 1454–1466 wojna między państwem zakonu krzyżackiego a Koroną Królestwa Polskiego, rozpoczęta na skutek poparcia przez Polskę powstania Związku Pruskiego przeciwko zakonowi krzyżackiemu, zakończona zwycięstwem Królestwa Polskiego i II pokojem toruńskim.

Rozpoczęte 4 lutego 1454 roku powstanie Związku Pruskiego, organizacji grupującej średnią szlachtę i mieszczan, kierowanej przez patrycjat Gdańska, Torunia, Elbląga i Chełmna przeciwko kierowanemu przez wielkiego mistrza Ludwiga von Erlichshausen zakonowi krzyżackiemu zostało 21 kwietnia 1454 roku poparte przez Królestwo Polskie, którego królem był Kazimierz IV Jagiellończyk. Związkowcy zdobyli wszystkie miasta i zamki krzyżackie, poza stolicą Malborkiem oraz Chojnicami. Klęska wyprawy polskiego pospolitego ruszenia, w starciu ze złożoną z czeskich i niemieckich najemników armią Zakonu w bitwie pod Chojnicami 18 września 1454 roku rozpoczęła krzyżacką kontrofensywę, w wyniku której Zakon odbił większość miast i twierdz, wraz ze zdobytym ostatecznie 14 lipca 1455 roku Królewcem. Brak pieniędzy na dalsze finansowanie wojsk najemnych zatrzymał postępy kontrofensywy Zakonu, a niespłacenie wierzytelności wobec krzyżackich wojsk zakończyło się sprzedażą 8 czerwca 1457 roku twierdzy w Malborku królowi polskiemu przez stanowiących jego załogę czeskich najemników. Potrzebne środki Kazimierz IV zgromadził, zwiększając przywileje polskiej szlachty w zamian za uchwalenie wysokich podatków oraz nadając 15 maja 1457 r. Gdańskowi tzw. Wielki Przywilej w zamian za wysoką pożyczkę. Zakon w lipcu 1457 r. przeniósł swą stolicę do Królewca i wykorzystując niezadowolenie ludności wyczerpanej wojną i zniechęconej podniesieniem podatków, opanował w latach 1457–1461 szereg twierdz nad dolną Wisłą i Łyną, wraz z miastami Malborkiem i Chełmnem, paraliżując wiślany handel miast pomorskich.

W odpowiedzi strona polska i związkowa od października 1459 r. zorganizowała system zbrojnych konwojów na Wiśle, wystawiły flotę kaperską blokującą krzyżackie wybrzeże morskie i zrezygnowały z wypraw pospolitego ruszenia, przeznaczając wszystkie środki finansowe na wynajęcie najemników. Dowodzenie przejął murgrabia krakowski Piotr Dunin, który na czele nielicznych, ale dobrze wyszkolonych wojsk rozpoczął w październiku 1461 r. ofensywę, dążąc do odcięcia zachodniego Pomorza od Prus, a 17 września 1462 r. odniósł przełomowe zwycięstwo nad wojskami krzyżackimi w bitwie pod Świecinem. W zwycięskiej dla związkowców bitwie morskiej na Zalewie Wiślanym (Zatoce Świeżej) 15 września 1463 r. krzyżacka flota została zniszczona przez floty Gdańska i Elbląga, co uniemożliwiło wielkiemu mistrzowi dostarczenie pomocy dla obleganych krzyżackich twierdz nad Wisłą. Po upadku Gniewu, Nowego i Starogardu oraz kapitulacji 28 września 1466 r. Chojnic, ostatniej krzyżackiej twierdzy na Pomorzu, zrujnowany finansowo zakon krzyżacki zgodził się przyjąć warunki pokojowe. Na mocy podpisanego 31 grudnia 1466 r. II pokoju toruńskiego Zakon musiał zrzec się połowy ziem pruskich (Pomorza Gdańskiego, ziemi chełmińskiej, ziemi michałowskiej i Warmii), a z pozostałych ziem złożyć hołd lenny Królestwu Polskiemu.

Wojna trzynastoletnia przyspieszyła proces rozkładu państwa zakonu krzyżackiego, pozwoliła polskiej szlachcie uzyskać daleko idące przywileje i decydującą rolę w Królestwie Polskim kosztem osłabienia mieszczaństwa oraz doprowadziła do emancypacji Gdańska i stworzyła podstawy szybkiego rozwoju tego miasta.

Geneza wojny Konflikt krzyżacko-polski o Pomorze thumb|Gdańsk, średniowieczny mechanizm dźwigowy i brama wodna nad Motławą

Konflikt pomiędzy Królestwem Polskim a państwem zakonu krzyżackiego o Pomorze sięgał początków XIV wieku. Rozbudowujący swe posiadłości w Prusach Zakon opanował prawy brzeg dolnej Wisły, dorzecza Łyny, Pregoły i Nogatu, w XIII w., budując szereg twierdz oraz zakładając nowe miasta – Toruń (Thorn) w 1231 r., Chełmno (Culm) w 1232 r., Elbląg (Elbing) w 1237 r., Królewiec (Königsberg) w 1286 r. W 1308 r., wykorzystując wojnę domową w Polsce, Zakon zagarnął Gdańsk (Danzig) i ustanowił nową stolicę w Malborku (Marienburg). Skutkiem tej aneksji była przewlekła wojna polsko-krzyżacka zakończona podpisaniem pokoju w Kaliszu w 1343 r. W jego rezultacie Królestwo Polskie zgodziło się na rozdzielenie Polski i Pomorza, jednakże strona krzyżacka zmuszona została do uznania Kazimierza III Wielkiego i jego następców za fundatorów i donatorów Zakonu na terenie Pomorza i ziemi chełmińskiej. Pozwoliło to na utrzymanie zasady prawnej zwierzchnictwa, wynikającej z nadań Konrada Mazowieckiego na rzecz walczącego z poganami Zakonu. Uznanie przez Zakon honorowego zwierzchnictwa króla polskiego nad spornymi ziemiami umożliwiło Kazimierzowi III Wielkiemu wystąpienie w 1357 r. wobec papieża z argumentem o przynależności tych ziem do archidiecezji gnieźnieńskiej i Królestwa Polskiego, a w 1364 r. o zwolnienie ze wszystkich zawartych pod groźbą wojny przysiąg niesprawiedliwych dla Królestwa Polskiego.

W połowie XIV w. Polska i Zakon krzyżacki nie były zainteresowane wznawianiem konfliktu, co przywódcy obydwu państw król Polski Kazimierz III Wielki i wielki mistrz Zakonu Winrych von Kniprode potwierdzili na zjeździe w 1366 roku w Malborku. Głównym celem państwa zakonu krzyżackiego było zajęcie całego południowo-wschodniego wybrzeża Bałtyku i uzyskanie lądowego połączenia pomiędzy dwoma częściami państwa – Prusami i Inflantami. W tym celu Krzyżacy naciskali zbrojnie na rozdzielającą je litewską Żmudź, wykorzystując zaangażowanie Litwy na południu i wschodzie. W 1348 r. Krzyżacy odnieśli decydujące zwycięstwo nad koalicją litewsko-ruską w bitwie nad rzeką Strawą. Polityka bałtycka Krzyżaków wpisywała się w szerszy kontekst opanowania wybrzeży Bałtyku przez wywodzące się z Niemiec związki kupieckie i zakonne w XIV wieku.

Gdańsk w połowie XIV wieku stał się głównym ośrodkiem handlowym i największym portem państwa krzyżackiego w Prusach.

Następstwa unii litewsko-polskiej thumb|upright=1.3|Krainy historyczne dawnych Prus Konflikt polsko-krzyżacki odnowił się w wyniku zawarcia przez Królestwo Polskie i Wielkie Księstwo Litewskie unii personalnej w Krewie w 1385 r., która skutkowała chrztem Litwy i objęciem tronu w Krakowie przez litewskiego księcia Jagiełłę. Chrzest ostatniego pogańskiego państwa Europy Wschodniej zachwiał ideologiczną podstawą rozwoju państwa zakonu krzyżackiego, a wzmocnione sojuszem Polska i Litwa zaczęły dążyć do rewindykacji zajętych przez Krzyżaków ziem – Pomorza, ziemi chełmińskiej (Polska) i Żmudzi (Litwa). Ponadto od 1397 r. Zakon krzyżacki wraz z niemiecką Hanzą zmuszony był zmierzyć się z presją rewindykacyjną państw nordyckich, które po zwycięstwie Danii w wojnie Małgorzaty I z Albrechtem Meklemburskim zawarły antyniemiecką unię kalmarską. W 1408 r. po 10-letnim konflikcie Malbork musiał zwrócić Danii wyspę Gotlandię, zdobytą w 1402 r. w reakcji na unię kalmarską, aby w konflikcie z Polską i Litwą nie być zmuszonym do wojny na dwa fronty (przeciwko unii polsko-litewskiej i przeciwko unii kalmarskiej).

Osłabienie państwa zakonu krzyżackiego w początkach XV wieku thumb|upright=1.2|lewo|Państwo zakonu krzyżackiego w 1410 roku Po wielkiej wojnie z zakonem krzyżackim zakończonej pokojem toruńskim w 1411 r., państwo zakonu krzyżackiego popadło w głęboki kryzys wewnętrzny. W bitwie pod Grunwaldem zniszczona została krzyżacka armia i jej niemieckie posiłki, niwecząc na zawsze przewagę militarną organizacji zakonnej nad Królestwem Polskim, czego skutkiem była kapitulacja części miast (w tym Gdańska i Torunia) przed królem Władysławem II Jagiełłą. Ponadto utrata Żmudzi skutkowała ponownym podziałem państwa zakonnego na dwa osobne tereny – państwo pruskie nad Wisłą i Pregołą i państwo inflanckie nad Dźwiną i Narwą.

Wykorzystując odwrót koalicyjnych wojsk polsko-litewskich spod Malborka we wrześniu 1410 r. i zawarcie pokoju, Krzyżacy zdołali odzyskać kontrolę nad zbuntowanymi miastami, brutalnie rozprawiając się z antyzakonną opozycją w Gdańsku. Jednak kolejne wojny pomiędzy unią polsko-litewską a państwem zakonu krzyżackiego (wojna głodowa 1414 r., tzw. Wyprawa odwrotowa 1419 r. wojna golubska 1422 r. wojna polsko-krzyżacka, tzw. nieszawska 1431–1435 r.), które wybuchły na skutek różnic w rozumieniu postanowień (małego) I pokoju toruńskiego, doprowadziły do dalszego osłabienia zakonu krzyżackiego. Zakon, nie posiadając już własnych silnych wojsk, nie był w stanie przeciwstawić się niszczącym najazdom wojsk polskich i litewskich (chevauchée') na terytorium państwa zakonnego i ograniczał się jedynie do utrzymania najważniejszych twierdz.

Pod koniec długiego panowania Władysława Jagiełły przeprowadzona została niszczycielska wyprawa polska (wspierana przez husytów) na Nową Marchię i Pomorze Gdańskie w 1433 r., która doprowadziła do zrujnowania obydwu dzielnic. Ten fakt oraz decydująca klęska koalicyjnych wojsk inflancko-rusko-tatarskich w bitwie pod Wiłkomierzem nad Świętą (Szeszupą) w 1435 r. z armią litewsko-polską, w której zginęło całe przywództwo wojskowo-polityczne państwa inflanckiego, skłoniły zakon krzyżacki do zawarcia ostatecznego traktatu pokojowego. Zgodnie z postanowieniami Pokoju Wieczystego w Brześciu Kujawskim 31 grudnia 1435 r. przywództwo zakonu krzyżackiego zgodziło się nie ingerować nigdy więcej w wewnętrzne sprawy Litwy i Polski oraz oddać sporne twierdze (Nieszawę), a ponadto oddać zagraniczną politykę zakonną pod kontrolę stanów pruskich. W konsekwencji mieszczanie i średnia szlachta państwa zakonu krzyżackiego uzyskali prawo wypowiedzenia posłuszeństwa mistrzowi zakonu krzyżackiego, jeżeli ten złamie postanowienia pokoju w Brześciu Kujawskim. Umożliwiło to powstanie zorganizowanej opozycji miast i szlachty pruskiej przeciwko zakonowi krzyżackiemu.

Związek Pruski thumb|Nogat w rejonie Malborka (Marienburga) – krzyżackiej stolicy do 1457 r. Pierwsza opozycyjna wobec zakonu krzyżackiego organizacja szlachty pruskiej – Towarzystwo Jaszczurcze – została rozbita przez Krzyżaków po 1410 r., ale rujnujące państwo zakonu krzyżackiego wojny i wysokie koszty zaciągu najemników skutkowały wzrastającym uciskiem fiskalnym miast i drobnej szlachty pruskiej, hamując rozwój handlu. Jednocześnie możliwości awansu w hierarchii zakonu krzyżackiego pozostawały atrakcyjne wśród młodszych synów niemieckiej magnaterii i przyciągały nad dolną Wisłę i Pregołę żądnych kariery arystokratów. Miejscowa ludność traktowała przybyszów ze wzrastającą niechęcią.

W pierwszej połowie XV w. zacieśniały się związki gospodarcze pomiędzy poszczególnymi regionami Europy, a kontynent, przezwyciężywszy kryzys ekonomiczny XIV w., rozwijał handel. Wobec złej jakości dróg lądowych i niedoskonałości środków transportu najdogodniejszymi szlakami handlowymi były główne rzeki. Rozwój miast Pomorza i Prus uzależniony był od dostępu towarów z polskiego i mazowieckiego zaplecza, a jednocześnie szlachta Królestwa Polskiego i Litwy szukała korzystnych rynków zbytu i szlaków handlowych wzdłuż Wisły i Niemna. Krzyżackie bariery celne i ucisk fiskalny rynków hamowały jednak wymianę handlową, a zwierzchnictwo Zakonu stawało się dla mieszczan i drobnej szlachty coraz mniej korzystne. thumb|left|Żuławy Wiślane, żywnościowe zaplecze państwa pruskiego

W reakcji na politykę Malborka miasta i szlachta Pomorza, ziemi chełmińskiej i Prus zbierające się na zjazdach postawiły postulaty udziału w zarządzaniu państwem zakonu krzyżackiego i odmówiły płacenia podatków, a w 1435 r. uznane zostały gwarantem dotrzymania przez Zakon pokoju brzeskiego. W 1440 r. stany pruskie założyły opozycyjną wobec Malborka organizację reprezentującą ich interesy – Związek Pruski.