II pokoju toruńskiego Zakon musiał zrzec się połowy ziem pruskich (Pomorza Gdańskiego, ziemi chełmińskiej, ziemi michałowskiej i Warmii), a z pozostałych ziem złożyć hołd lenny Królestwu Polskiemu.
Wojna trzynastoletnia przyspieszyła proces rozkładu państwa zakonu krzyżackiego, pozwoliła polskiej szlachcie uzyskać daleko idące przywileje i decydującą rolę w Królestwie Polskim kosztem osłabienia mieszczaństwa oraz doprowadziła do emancypacji Gdańska i stworzyła podstawy szybkiego rozwoju tego miasta.
Geneza wojny Konflikt krzyżacko-polski o Pomorze thumb|Gdańsk, średniowieczny mechanizm dźwigowy i brama wodna nad Motławą
Konflikt pomiędzy Królestwem Polskim a państwem zakonu krzyżackiego o Pomorze sięgał początków XIV wieku. Rozbudowujący swe posiadłości w Prusach Zakon opanował prawy brzeg dolnej Wisły, dorzecza Łyny, Pregoły i Nogatu, w XIII w., budując szereg twierdz oraz zakładając nowe miasta – Toruń (Thorn) w 1231 r., Chełmno (Culm) w 1232 r., Elbląg (Elbing) w 1237 r., Królewiec (Königsberg) w 1286 r. W 1308 r., wykorzystując wojnę domową w Polsce, Zakon zagarnął Gdańsk (Danzig) i ustanowił nową stolicę w Malborku (Marienburg). Skutkiem tej aneksji była przewlekła wojna polsko-krzyżacka zakończona podpisaniem pokoju w Kaliszu w 1343 r.