thumb|300px|Gdańsk w XVI wieku Na początku XVI wieku Polska, złączona unią z Litwą, prowadziła działania wojenne przeciwko państwu moskiewskiemu, które za panowania Wasyla III (1505-1533) rozszerzało swój stan posiadania na zachodzie i północy kosztem Litwy. Działania wojenne prowadzone były na lądzie, ale pewien wpływ na nie wywierały rozwijające się kontakty Moskwy (szczególnie handel bronią i przenikanie nowinek z zakresu inżynierii wojskowej) z krajami Europy Zachodniej, szczególnie z Anglią. Drogą morską przez Bałtyk, a następnie porty nad Zatoką Fińską, głównie Rewel i Narwę, Wasyl sprowadzał na potrzeby swej armii materiały wojenne, jakich nie produkowano lub produkowano w niewystarczającej ilości w państwie moskiewskim. By przerwać te dostawy, Polska powinna była posiadać własną flotę, jednak nie było to sprawą prostą. Jak zawsze niechętna podatkom szlachta i obawiająca się wzmocnienia władzy królewskiej magnateria były przeciwne zamysłom Zygmunta Starego. W konsekwencji, po śmierci obu ostatnich Jagiellonów, polityka morska Rzeczypospolitej uległa zapomnieniu, a Gdańsk zyskał pełną, acz krótkowzroczną, niezależność.

Flota kaperska thumb|300px|Galeon „Smok” z końca XVI wieku Gdańsk w drugiej połowie XV wieku zdobył podstawy dobrobytu, które w wieku XVI i w pierwszej połowie XVII pozwoliły miastu osiągnąć szczyt bogactwa i stać się istotnym czynnikiem w sprawach politycznych, gospodarczych, a nawet kulturalnych Rzeczypospolitej. Miasto stawało się wyłącznym pośrednikiem polskiego handlu morskiego, ale pośrednikiem uciążliwym, co wywoływało rosnące niezadowolenie tak króla, jak i szlachty. Niemal taką samą niechęć do inicjatyw królewskich żywił Senat Gdańska, który obawiał się, że działalność floty królewskiej, bazującej z konieczności w Zatoce Gdańskiej, jedynie przysporzy miastu kłopotów.

Solą w oku gdańszczan były próby prowadzenia przez Polskę samodzielnej polityki morskiej, co wiązało się z poparciem udzielanym konkurującemu z Gdańskiem ElblągowiS. Matysiak, O stosunku..., s.393. i projektami budowy własnej floty wojennej. W tej sytuacji Zygmunt Stary, zapewne za radą Jana DantyszkaE. Cieślak, C. Biernat: Dzieje Gdańska, Gdańsk 1969, s. 122. znającego sprawy morskie, postanowił utworzyć flotę systemem kaperskim. Pierwszy królewski okręt kaperski pod dowództwem gdańszczanina Adriana FlintaS. Matysiak, O stosunku..., s.400. rozpoczął działania na wodach Zatoki Fińskiej w roku 1517. Wkrótce flota polska powiększyła się do kilkunastu okrętów, a Flint został prawdopodobnie jej dowódcąS. Matysiak, O stosunku..., s.401.. Obszarem jej działalności były wschodnie akweny Bałtyku.

W roku 1519, w związku z wojną z Krzyżakami, okręty kaperskie prowadziły również działania na Zatoce Gdańskiej blokując Królewiec. Z portami krzyżackimi utrzymywały kontakty głównie statki holenderskie i duńskie, one też stały się obiektami ataków floty kaperskiej. Flota ta była wspomagana przeciw Krzyżakom przez Gdańsk, który od lat rywalizował z Królewcem. Po zawarciu rozejmu w roku 1521 okręty kaperskie wróciły do zwalczania żeglugi narewskiej, przechwytując kilkanaście statków z ładunkami dla Wielkiego Księstwa MoskiewskiegoT.Górski, Dzieje polskiej floty, s.17.. 14 września 1522 roku zawarty został rozejm polsko-moskiewski, a wkrótce potem król Zygmunt rozwiązał flotę kaperską. Okręty w większości przeszły do służby gdańskiej (były to zresztą prawie wyłącznie jednostki gdańskie), by brać udział w uciążliwej wojnie Hanzy z DaniąT.Górski, Dzieje polskiej floty, s.11..

Polska flota kaperska została zorganizowana doraźnie, a działalność swą prowadziła krótko. Była zbyt słaba, aby odegrać poważniejszą rolę w wojnie z Moskwą, a wypływało to z faktu, że Zygmunt Stary przywiązywał do spraw morskich znacznie mniejszą wagę, niż się na ogół przypuszczaW. Odyniec, Dzieje Prus..., s. 91.. Dopiero pod koniec życia, pod wpływem Bony, król nie przedłużył Gdańskowi długu zastawnego na starostwo puckie. Rada Miasta Gdańska traktowała posiadanie Pucka jako jeden z elementów sprawowania władzy nad wybrzeżem. Miało to swoją tradycję i ustaliło się już w czasach krzyżackich. W Pucku rezydował urzędnik zwany „rybickim”, którego kompetencje obejmowały wszystkie sprawy wynikające z posiadania brzegu morskiego i rybołówstwaW. Odyniec, Dzieje Prus..., s. 92.. Gdańsk, który rościł pretensje do posiadania całego wybrzeża Zatoki Gdańskiej, prawował się o starostwo puckie aż po rok 1546, ale w tym czasie król miał już w Prusach Królewskich wielu oddanych sobie ludzi, kompetentnych w sprawach morskich, a zarazem zwolenników aktywniejszej polityki wobec GdańskaJ. Pertek, Akta i diariusz..., 1955.. Wkrótce stali się oni doradcami Zygmunta Augusta w jego dążeniach do realizacji ambitnego planu Dominium MarisH. Samsonowicz, Gdańsk a poczynania..., s.280..

O panowanie na morzu thumb|300px|Hołd zakonu inflanckiego przed królem Zygmuntem Augustem w Pozwolu w 1557, według Maurycego Gottlieba

Znamienny dla polityki polskiej zwrot ku Bałtykowi w drugiej połowie XVI wieku (po długiej bierności na tym odcinku) dokonał się z inicjatywy króla Zygmunta Augusta, a wynikał z przesłanek gospodarczych jak i strategicznych, splatających się nierozerwalnie z problemem inflanckim, a w konsekwencji moskiewskimS. Bodniak: Polska a Bałtyk..., s. 7.. Kontrola Inflant zabezpieczała bowiem wschodnie rubieże Rzeczypospolitej, a nadto pozwalała na prowadzenie bez przeszkód handlu towarami litewskimi (Litwa odcięta była od ujścia Niemna, Dżwiny z Rygą i od innych portów).

Nowy kierunek polityki państwa polskiego, wyznaczony przez króla, krzyżował się z dążeniami państw nadbałtyckich (w tym także Gdańska), doprowadzając do długotrwałych sporów dyplomatycznych i orężnych. Pierwsze polskie wystąpienie zbrojne miało miejsce w roku 1556, a pretekstem doń był zatarg arcybiskupa ryskiego Wilhelma Hohenzollerna z władzami zakonu. Interwencja 70-tysięcznego korpusu polsko-litewskiego zakończyła się układem w Pozwolu (14 września 1557), na mocy którego Inflanty sprzymierzały się z Litwą (a tym samym z Rzecząpospolitą) przeciwko MoskwieT.Górski, Dzieje polskiej floty, s.126., po wygaśnięciu traktatów zawartych z tym państwem przez każdą ze stron. Układ ten łamał jednak postanowienia wcześniejszego traktatu z roku 1554A. Szelągowski, Walka o Bałtyk..., s. 55., w którym zakon inflancki zobowiązywał się nie zawierać przymierza z państwem Jagiellonów i zachować neutralność w razie konfliktu. Car Iwan Groźny, zmierzający – podobnie jak Zygmunt August – do opanowania portów bałtyckich, uporał się dość szybko z Kazaniem i Astrachaniem na południu, po czym, w styczniu 1558 roku, uderzył na InflantyT.Górski, Dzieje polskiej floty, s.306..

Działając szybko i zdecydowanie, zajął 11 maja Narwę, w czerwcu Neuhausen, w lipcu Dorpat. Szczególnie ważnym nabytkiem była Narwa, przez którą państwo rosyjskie prowadziło handel już wcześniej. Zagrożone stany inflanckie zawarły dwa traktaty z Rzecząpospolitą (Wilno 1559 i 1561) oddając się we władanie króla polskiego na zasadach lennych. Jednocześnie przeprowadzono sekularyzację inflanckiej gałęzi zakonu krzyżackiego. Z czasem konflikt polsko-moskiewski przekształcił się w 7-letnią wojnę, w której po stronie polskiej wzięła udział Dania (przymierze zawarte 5 października 1563 roku), zaś Szwecja wystąpiła jako trzecia strona konfliktuT.Górski, Dzieje polskiej floty, s.242.. W roku 1561 król Eryk XIV Waza zajął Rewel, a następnie Parnawę i Biały Kamień, zagrażając nawet Rydze. W tej sytuacji po stronie polskiej opowiedziała się Lubeka zaniepokojona sukcesami szwedzkimi. Tym sposobem Rzeczpospolita znalazła się w kręgu państw walczących nie tyle o dostęp do morza, co o władztwo na morzuT.Górski, Dzieje polskiej floty, s.245..

Terminu „Dominium Maris Baltici” użył po raz pierwszy Zygmunt August 8 kwietnia 1563 w listach wysłanych do zainteresowanych stron. Idea nie była nowa. Stanowiła rozwinięcie średniowiecznej teorii mare clausum (morza zamkniętego)K. Lepszy, Dominium Maris..., s. 193..

Program północny króla Tzw. „program północny” Zygmunta Augusta sprowadzał się początkowo do trzech zagadnień polityczno-prawnych: stosunków Prus Królewskich z Koroną, kwestii gdańskiej i kwestii lenna pruskiego, co wiązało się z interesami stronnictwa egzekucyjnego, bowiem z Prusami Królewskimi ściśle łączyło się zagadnienie Gdańska, sprawa gospodarowania w porcie gdańskim oraz odrębnej i często niezgodnej z interesami Polski polityki zagranicznej, jaką Gdańsk nieraz uprawiał. Całe panowanie Zygmunta Augusta wypełniał zatarg z Gdańskiem: dał się we znaki już w latach 60. XVI wieku, wybuchł z całą gwałtownością w latach 1568-1570 i wysunął nieomal na czoło polityki północnej ostatniego z JagiellonówK. Lepszy, Dominium Maris..., s. 195..

Chcąc ochronić interesy Polski na morzu, a nie mogąc polegać na wąskim skrawku od Żarnowca po Braniewo, gdzie „panował” niepewny, a później wręcz wrogi Gdańsk, król musiał wygrać dla Rzeczypospolitej Inflanty i lenno kurlandzkie, porty Rygę i Parnawę, wplątując się w konflikt, z którego wycofać się było niepodobna. Innymi słowy walka o Bałtyk wciągała Polskę w wojny kontynentalneK. Lepszy, Dominium Maris..., s. 196..

Otwarty konflikt thumb|300px|Handel zbożem w Gdańsku W pierwszym okresie wojny siedmioletniej (1563-1570) nie istniały jeszcze ani przepisy, ani instytucja mogąca załatwić wszystkie sprawy związane z działalnością kaprów. Przy wydawaniu poleceń i rozstrzyganiu sporów pomagali królowi kasztelan gdański Jan Kostka, burgabia Georg Kleefeld i szyper Mateusz Scharping. Z drugiej strony duże uprawnienia, przede wszystkim sądowe, posiadała Rada Miejska, co wynikało z „konstytucji zygmuntowskich” ogłoszonych po stłumieniu tumultu gdańskiego w roku 1526. To musiało nieuchronnie doprowadzić do konfliktu z królem.

Zaopatrywanie kaprów w porcie gdańskim, przyprowadzanie tam pryzów, narażało miasto na represje ze strony wojujących państw. Ponadto wojna powodowała przestoje w żegludze, a co za tym idzie, straty. Stąd niechętny, a nawet wrogi stosunek Rady do kaprów. Mnożyły się skargi władz miejskich na forum Sejmiku Generalnego Prus Królewskich. Kapitanowie okrętów kaperskich również byli niezadowoleni załatwianiem spraw spornych. W rezultacie w roku 1565 powołano komisarzy mających zajmować się sprawami kaprów (burgabia Kleefeld i sekretarz królewski Krzysztof Konarski), przy czym rozprawy rozjemcze odbywały się bądź to w domu Kleefelda w Gdańsku, bądź w sądzie ławniczym w PuckuW. Odyniec, Dzieje Prus..., s. 97..

Komisja Morska W dwa lata później przeniesiono siedzibę kaprów do Pucka. Stało się tak na żądanie Gdańska i było dowodem dobrej woli i ustępliwości króla wobec Rady. Port w Pucku był niedogodny, bo płytki, ale przychylność miejscowej rady i starosty gwarantowały opiekę i pomoc. W marcu 1568 roku Zygmunt August powołał Komisję MorskąS. Bodniak: Komisja Morska..., s. 48.. Był to organ centralny, urząd do spraw morza i żeglugi o jasno sprecyzowanych zadaniach: zwalczać szkodliwą dla państwa „żeglugę narewską”, zapewnić pokój ziemiom pruskim, strzec wybrzeża i portów przed gwałtem i niespodziewanymi atakami, ochraniać miejsca składu i handluW. Odyniec, Dzieje Prus..., s. 98.. Uposażając Komisję stworzył król w roku 1570 „fundusz morski” w wysokości 16 880 florenów i 11 groszyS. Bodniak: Komisja Morska..., s. 51.. By móc wykonywać tak nakreślone zadania komisarze otrzymali od króla prawo reprezentacji wobec władz Gdańska, a ich postanowienia miały mieć moc królewskich specjalnych instrukcji. Spodziewając się szykan wobec komisarzy mieszkających w Gdańsku, król wyłączył ich spod jurysdykcji miasta. Powstanie Komisji wywołało w Radzie Miejskiej poczucie zagrożenia jej interesów, ingerencji w jej monopol żeglugi i handluT. Nowak, J. Wimmer, Historia oręża..., s.298..