Był to organ centralny, urząd do spraw morza i żeglugi o jasno sprecyzowanych zadaniach: zwalczać szkodliwą dla państwa „żeglugę narewską”, zapewnić pokój ziemiom pruskim, strzec wybrzeża i portów przed gwałtem i niespodziewanymi atakami, ochraniać miejsca składu i handluW. Odyniec, Dzieje Prus..., s. 98.. Uposażając Komisję stworzył król w roku 1570 „fundusz morski” w wysokości 16 880 florenów i 11 groszyS. Bodniak: Komisja Morska..., s. 51.. By móc wykonywać tak nakreślone zadania komisarze otrzymali od króla prawo reprezentacji wobec władz Gdańska, a ich postanowienia miały mieć moc królewskich specjalnych instrukcji. Spodziewając się szykan wobec komisarzy mieszkających w Gdańsku, król wyłączył ich spod jurysdykcji miasta. Powstanie Komisji wywołało w Radzie Miejskiej poczucie zagrożenia jej interesów, ingerencji w jej monopol żeglugi i handluT. Nowak, J. Wimmer, Historia oręża..., s.298..