Jej celem było wyjaśnienie i usuwanie skutków warszawskich decyzji reprywatyzacyjnych wydanych z naruszeniem prawa oraz naprawienie szkód wyrządzonych lokatorom..
Według danych publikowanych przez Ministerstwo Sprawiedliwości (stan na luty 2021) Komisja prowadziła łącznie 651 spraw oraz wydała 309 decyzji o przyznaniu odszkodowań lub zadośćuczynień na rzecz 323 osób. Lokatorom przyznano w nich ponad 10 mln zł, a z Funduszu Reprywatyzacji wypłacono do lutego 2021 niemal 8,7 mln zł.
Decyzje Komisji były często zaskarżane do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie, m.in. przez władze miasta, a część z nich sądy administracyjne uchyliły. W takich sprawach Komisja kierowała skargi kasacyjne do Naczelnego Sądu Administracyjnego.
Niezależnie od prac Komisji zmieniano prawo. Tzw. mała ustawa reprywatyzacyjna z 2015, która weszła w życie 17 września 2016, wprowadziła m.in. prawo pierwokupu Skarbu Państwa i miasta wobec sprzedawanych roszczeń, dodatkowe podstawy odmowy zwrotu nieruchomości oraz ograniczenie instytucji kuratora. Trybunał Konstytucyjny uznał te przepisy za zgodne z konstytucją. Całościowa „duża” ustawa reprywatyzacyjna, mimo kilku projektów zgłaszanych m.in.