W izraelskich więzieniach, za działalność w OWP, spędził łącznie 42 miesiące (1982–1987, kwiecień 1987 – styczeń 1989). Między innymi wtedy opanował hebrajski i angielski. Husajni i Orient House stanowiły ważny punkt w okresie I intifady (1987–1991). Jako zwolennik rozdziału ziem palestyńskich na dwa państwa i pokojowych protestów starał się o mediację z Izraelem poprzez USA, do czego wielokrotnie starał się przekonać Jamesa Bakera, sekretarza stanu USA. Z drugiej zaś strony izraelski premier Icchak Szamir odmawiał negocjowania z dotychczasowymi przywódcami OWP. W efekcie czego w 1991 al-Husajni został wyznaczony na szefa palestyńskiej delegacji na konferencję pokojową w Madrycie. W 1993, wraz z dwoma innymi negocjatorami, zrezygnował z funkcji z powodu różnic zdań z Arafatem, ale Arafat nie przyjął rezygnacji. Po ustanowieniu Autonomii Palestyńskiej w 1994 Arafat mianował go ministrem do spraw Jerozolimy.
Jako jeden z nielicznych palestyńskich polityków publicznie krytykował agresję Iraku na Kuwejt w 1990.
W czerwcu 1995 przyłączył się do strajku głodowego w geście solidarności z palestyńskimi więźniami w Izraelu. W 1996 zapewnił obecność wschodniej Jerozolimy jako okręgu wyborczego w wyborach do Rady Palestyny.