Zmarł na atak serca 31 maja 2001 w hotelu w Kuwejcie podczas wizyty roboczej. Miał żonę Najat i dwójkę dzieci (syna i córkę). W przemówieniu na schodach Orient House, Azmi Bishara, członek palestyńskiego parlamentu, określił śmierć al-Husajna jako „niepowetowaną stratę dla Palestyńczyków”. W Palestynie używano zwrotu nakba – katastrofa. Belin powiedział, że odejście Husajniego to strata zarówno dla palestyńskiego jak i izraelskiego ruchu pokojowego. Został pochowany u boku ojca i dziadka w meczecie Al-Aksa na Wzgórzu Świątynnym. Władze Autonomii ogłosiły go „męczennikiem”.
W Jerozolimie powstała fundacja jego imienia.
Poglądy na relacje palestyńsko-izraelskie Prowadził dialog z izraelską lewicą, a potem i z politykami centrum, np. Josim Belinem. W dyskusjach o kontroli nad Jerozolimą, którą uważał za miejsce łączące diasporę palestyńską, kierował się dwoma wytycznymi. Pierwsza, to bezdyskusyjna kontrola Palestyńczyków nad wschodnią Jerozolimą (włącznie ze starym miastem). Druga, to całkowita elastyczność wobec metody implementacji takiej kontroli, która uwzględniałaby potrzeby i wrażliwość obu narodów.