Fasada Do kościoła dochodzi się po schodach biegnących wzdłuż całej fasady. Charakteryzuje się ona surowym gładkim murem, złamanym delikatnym rzeźbieniem drzwi wejściowych i okien. Centralnie umieszczony portyk wzbogaca harmonijną fasadę. Półokrągło zakończone górą prostokątne główne drzwi wejściowe, otoczone są rzeźbioną w kamieniu ramą. Ich zwieńczenie stanowi złamany trójkątny fronton, leżący na delikatnie zdobionej entablaturze, wspartej po każdej stronie na dwóch pięknych kolumnach korynckich. Centralnie, wewnątrz złamanego frontonu, umieszczone jest popiersie Świętego Marka, z aniołem po każdej stronie. Drzwi boczne umieszczone są między szerokimi pilastrami, podtrzymującymi belkowanie, będące odzwierciedleniem tego, nad głównym wejściem. Górną część fasady stanowi centralny naczółek, który łączy się z niższym poziomem przez zwykły mur. Duże okrągłe okno z gwiaździstym witrażem, w asyście dwóch prostokątnych w kształcie okien, jest wyrównane do środkowego wejścia. Wydaje się, że Girolomo Cassar zaprojektował fasadę kościoła św. Marka bazując na renesansowych budowlach, które widział podczas studiów w Neapolu i Rzymie. W 2016 wykonana została gruntowna renowacja fasady.