Usunięte zostały niepotrzebne metalowe elementy, stare kable, poprawiono wykonane wcześniej uzupełnienia tynku oraz wstawiono brakujące elementy kamieniarki.
Wnętrze Wnętrze kościoła ma prosty układ architektoniczny, składający się z nawy głównej, dwóch naw bocznych oraz prezbiterium z apsydą. Kościół, nad szeroką nawą główną zadaszony jest sklepieniem kolebkowym, które jest jednym z pierwszych na Malcie; uważa się, że było ono prototypem sklepienia w konkatedrze św. Jana w Valletcie.
W maju 1893 społeczność zakonna zgodziła się na pewne zmiany w prezbiterium kościoła. Projekt zmian opracował Giovanni Galdes, zatwierdził architekt Emanuele Luigi Galizia, zaś prace wykonał Ġużeppe Galea z Rabatu. Odnowiono stalle i pulpit lektora. Przeniesiono do zakrystii obraz Mattia Pretiego Św. Augustyn (1694), jeden z dwóch tytularnych obrazów stojących obok siebie, drugi - Św. Marek Ewangelista (1604), pędzla prawdopodobnie Girolamo Muziano lub jego ucznia, pozostał na swoim miejscu. Pod nim umieszczono marmurową rzeźbę św. Augustyna, dzieło Paolo Triscorni z 1894.
Ołtarz główny kościoła został poświęcony przez biskupa Gaetano Pace Forno w dniu 9 października 1896, oraz przez biskupa Giovanniego M.