Nauczył mnie wielu rzeczy i doprowadził mnie tam gdzie teraz jestem, do pierwszej drużyny. Jestem mu wdzięczny, uważam go za mojego piłkarskiego ojca chrzestnego”— Lionel Messi (2005) Następnie Hoyos został zatrudniony w akademii juniorskiej klubu FC Barcelona przez nowego koordynatora drużyn młodzieżowych Josepa Colomera. W słynnej La Masii w latach 2003–2005 był trenerem kategorii wiekowej Juvenil B, z którą dwa razy z rzędu (2003/2004, 2004/2005) wygrał rozgrywki ligowe. Jego podopiecznymi byli wówczas m.in. Lionel Messi, Gerard Piqué, Sergio Busquets i Pedro Rodríguez. Z Barcelony odszedł wraz z Colomerem, wskutek różnicy zdań z prezydentem klubu Joanem Laportą. W styczniu 2006 został szkoleniowcem rozpaczliwie walczącego wówczas o uniknięcie relegacji czwartoligowego zespołu Palamós CF, którego na koniec rozgrywek 2005/2006 zdołał utrzymać w rozgrywkach Tercera División. Katalońskie media określiły uniknięcie spadku przez drużynę Hoyosa mianem „cudownego”.