W czerwcu 2006 Hoyos wyjechał do Grecji, obejmując drużynę ligowego beniaminka – ekipy Aris FC. Pod jego wodzą drużyna z Salonik prezentowała widowiskowy, spektakularny i ofensywny futbol, a jej występy były wspominane z entuzjazmem przez kibiców i dziennikarzy jeszcze kilkanaście lat później. Równocześnie jego podopieczni notowali jednak przeciętne wyniki (trzy zwycięstwa i dziesięć remisów w szesnastu ligowych meczach). W styczniu 2007 Hoyosowi przedstawiono propozycję nowego, trzyletniego kontraktu, jednak już tydzień później wobec nieporozumień z zarządem szkoleniowiec opuścił Aris. Uformowany przez niego zespół przejął po nim Quique Hernández, który na koniec sezonu 2006/2007 doprowadził go do czwartego miejsca w lidze, premiowanego awansem do rozgrywek Pucharu UEFA. Udany pobyt Hoyosa w Arisie i współpraca pomiędzy obydwoma klubami zaowocowały ofertą z krajowego giganta – Olympiakosu SFP, której Argentyńczyk jednak nie przyjął, argumentując swoją decyzję zbyt małym doświadczeniem trenerskim w seniorskiej piłce.