Kolekcja Kolekcja Muzeum Morskiego Malty zawiera ponad 20 000 eksponatów rozlokowanych w pomieszczeniach o łącznej powierzchni ponad 2 000 m², które ilustrują historię morską Malty. Trwające prace odnawiania budynku połączone są z udostępnianiem nowych sal i sekcji, poświęconych konkretnym tematom marynistycznym lub okresom w historii.
Transport morski w starożytności thumb|right|Antyczne ołowiane rzymskie kotwice W sekcji antycznej żeglugi morskiej znajduje się niewielka kolekcja modeli antycznych statków, zarówno handlowych, takich jak rzymski statek do transportu zboża, jak i statków wojennych, takich jak grecka trireme. Wystawiono także różne akwarele starożytnych statków. Prezentowanych jest kilka amfor wraz z kolekcją autentycznych rzymskich kotwic z ołowiu. Wszystkie te przedmioty zostały odzyskane z maltańskich wód terytorialnych. W przyszłości muzeum będzie obejmować również halę o powierzchni 450 m², na której ekspozycja w całości poświęcona będzie żegludze morskiej w rejonie Morza Śródziemnego z naciskiem na wody wokół wysp maltańskich, w okresie prehistorycznym, klasycznym i średniowiecznym.