31 sierpnia kuria katowicka poparła jego prośbę o przyjęcie do wojskowej służby duszpasterskiej.

Po kampanii wrześniowej znalazł się we Francji, gdzie został kapelanem 1 Pułku Grenadierów Warszawy wchodzącym w skład 1 Dywizji Grenadierów Polskich pierwszej jednostce powstałej po wrześniu 1939 r. poza granicami kraju. Po bitwie pod Lagarde rozkazem dziennym gen. bryg. Ducha nr 99 z czerwca 1940 r. za męstwo i odwagę został odznaczony razem z innymi żołnierzami polskimi Krzyżem Walecznych (po raz pierwszy) i francuskim Croix de Guerre. Odznaczenie francuskie zostało przyznane również przez gen. bryg. Ducha na podstawie uprawnień przyznanych mu przez Dowódcę XX korpusu Francuskiego. 22 czerwca 1940 r. dostał się do niewoli niemieckiej i przebywał w Oflagu XVII A w pobliżu miasta Edelbach w północnej Austrii. Ksiądz Józef Madeja jako uciekinier ze Śląska Opolskiego był poszukiwany przez gestapo i dlatego przy rejestracji jeńców w Oflagu ks. kapitan podał zmienione nazwisko Nosek.