W ciągu następnych lat dalej wywierał znaczny wpływ na rozwój twórczości brata, udzielając wskazówek historycznych i udostępniając różnego rodzaju materiały źródłowe oraz muzealia do wykorzystania przy kolejnych obrazach, ale także wspierając go finansowo, zarówno w trakcie nauki, jak i na progu samodzielnej kariery artystycznej na początku lat 60.; W 1861 roku Jan wykonał portret brata (szkic rysunkowy), który później wykorzystał w obrazie Polonia. Trzy lata później, w trakcie powstania styczniowego, znajomość Franciszka z pułkownikiem Maurycym FialkąMořic Fialka doprowadził wcześniej do zwolnienia czeskiego polonofila, Josefa Baráka, uwięzionego w maju 1863 roku na Wawelu, pod zarzutem działań na rzecz powstańców, . Dobrze wykształcony oficer poznał się z Franciszkiem w 1850 roku, kiedy to pomagał w porządkowaniu zbiorów Biblioteki Jagiellońskiej, ., ówczesnym komendantem załogi austriackiej w Krakowie, zapewniła Janowi łagodne potraktowanie, gdy został wskazany przez donosiciela jako kolektor podatku narodowego na rzecz władz powstańczych.