Najstarszy z braci dobrze znał się z rodziną Giebułtowskich, jednak nie pochwalał małżeństwa Jana z Teodorą Giebułtowską, występując przeciw temu związkowi najmocniej spośród Matejków. Mimo to był obecny, jak reszta rodziny artysty, na jego ślubie; ; .. W listopadzie 1871 roku, kiedy Jan wykupywał od rodzeństwa dom przy Floriańskiej, Franciszek, zarządzający kamienicą od śmierci ich ojca, również się temu sprzeciwiał; ..
Sam nigdy się nie ożenił, choć wedle Gorzkowskiego, zabiegał o rękę córki Spirydiona Podlowskiego z Chmielowa. Pierwsze objawy jego choroby psychicznej były początkowo brane przez bliskich za dziwactwa starego kawalera. Jednak z czasem urojenia się nasilały: Franciszek głosił, że jest Mesjaszem, w jego osobie wypełni się zapowiedź postaci o imieniu „czterdzieści i cztery” z Dziadów Adama Mickiewicza i że świat pozna jeszcze jego wielkość i talent; .. Do domu miał przynieść głaz, twierdząc, że jest to korona Chrobrego, a okazując zazdrość o sławę brata, sam zaczął malować obrazy, nie były jednak zbyt udane. Zamierzał udać się do Wiednia, by na audiencji u cesarza zaproponować mu koronę Chrobrego w zamian za koronę Niemiec.