Pierwsza wersja (1.00) InChI została opracowana w 2005, trzy lata później udostępniono InChIKey, haszowaną wersję InChI, która ma zawsze tę samą liczbę znaków i jest łatwiejsza do użycia, na przykład przy wyszukiwaniu substancji chemicznych. Z uwagi na możliwość generowania różnych InChI dla takiej samej struktury (w zależności od pożądanego stopnia szczegółowości), w 2009 utworzono wersje standardowe InChI i InChIKey (oznaczane czasem jako StdInChI i StdInChIKey), które mają z góry ustalony poziom szczegółowości (czyli z danej struktury chemicznej zostanie wygenerowany zawsze taki sam identyfikator). Najnowszą wersję (1.05; stan na listopad 2018) opublikowano w 2017, wraz z RInChI (identyfikatorami dla reakcji chemicznych), jednak wiele projektów związanych z rozszerzeniem zakresu InChI (m.in. na mieszaniny, związki nieorganiczne i metaloorganiczne, biomolekuły, tautomery, rotaksany, struktury Markusha czy zastosowanie kodów QR dla InChI) jest wciąż nieukończonych.