InChI InChI jest identyfikatorem generowanym na podstawie struktury chemicznej, narysowanej zgodnie ze standardami przedstawiania takich struktur opracowanymi przez IUPAC. Natomiast na podstawie już wygenerowanego InChI możliwe jest odtworzenie takiej struktury. Długość identyfikatora wzrasta wraz z wielkością struktury chemicznej, z której jest generowany, przy czym maksymalna liczba atomów w strukturze nie może przekroczyć 1000.
Podstawą InChI jest pewien rdzeń strukturalny, to znaczy struktura bez określonej tautomerii i stereochemii, o naturalnym składzie izotopowym i w stanie neutralnym. Na identyfikator składa się kilka warstw i podwarstw informacji, z których każda określa dany aspekt struktury chemicznej; przedstawiana struktura jest więc pochodną rdzenia strukturalnego o cechy wskazane przez kolejne warstwy i podwarstwy informacji. Możliwe jest generowanie identyfikatorów z określonym poziomem szczegółowości (np. bez rozróżnienia tautomerów), a więc w efekcie otrzymanie różnych InChI dla takiej samej struktury chemicznej. Z tego powodu istnieje również standardowy InChI – identyfikator, który generowany jest zawsze w identyczny sposób, bez względu na preferencje użytkownika, a więc stanowi identyfikator unikatowy dla danej struktury chemicznej.