Identyfikatory takie rozpoczynają się od prefiksu InChI=1S/ zamiast InChI=1/. Kolejne warstwy i podwarstwy oddzielane są za pomocą ukośnika /. Po prefiksie następuje pierwsza warstwa informacji będąca wzorem sumarycznym. Następnie umieszczone są kolejne warstwy, z których część może nie występować w danym identyfikatorze, jeżeli nie ma znaczenia dla danej struktury chemicznej: /c – połączenia między atomami tworzącymi strukturę cząsteczki /h – miejsca przyłączenia atomów wodoru /q – rozmieszczenie ładunków w cząsteczce /p – protonowanie lub deprotonowanie /b – wiązania podwójne /s, t, m – stereochemia struktury /i – warstwa izotopowa /f – tautomeryczne atomy wodoru.
InChIKey InChI jest identyfikatorem o różnej, często bardzo dużej liczbie znaków, a przy tym zawierającym wiele znaków niebędących cyframi ani literami. Z tego względu jego użycie do wyszukiwania struktur chemicznych w wielu bazach danych lub wyszukiwarkach jest ograniczone. Z tego powodu wraz z InChI generowany jest również InChIKey, to znaczy InChI zhaszowany przy użyciu SHA-256, mający zawsze 27 znaków.