Ogólny format InChIKey to AAAAAAAAAAAAAA-BBBBBBBBFV-P i zawiera pięć bloków informacji: 14-znakowy człon AAAAAAAAAAAAAA określa ogólną strukturę cząsteczki 8-znakowy człon BBBBBBBB zawiera dodatkowe informacje strukturalne, na przykład stereochemię cząsteczki lub skład izotopowy F przyjmuje wartość S dla wersji standardowej lub N dla wersji niestandardowej V to oznaczenie wersji (A dla wersji 1) P określa protonowanie/deprotonowanie (przy czym A oznacza wartość mniejszą od −12 lub większą od +12, B do M to wartości od −12 do −1, N oznacza 0, a litery od O do Z oznaczają wartości od +1 do +12).
Z InChIKey nie jest jednak nigdy możliwe odtworzenie ani InChI, ani wyjściowej struktury chemicznej. Metoda generowania InChIKey sprawia ponadto, że wystąpienie kolizji (czyli przypisania dwóm identyfikatorom InChI takiego samego InChIKey) jest nieuniknione, choć prawdopodobieństwo wystąpienia takiego zdarzenia jest niewielkie.