Łodygi roślin, najczęściej akantu, uzupełniał kwiatostanami, rozetami i szyszkamiKodeks praw miejskich Głubczyc jako średniowieczne dzieło sztuki. Motywy roślinne Jan uzupełniał motywami ptaków, zarówno tych realnych, jak i fantastycznych, owadów, zwierząt i „dzikich ludzi” (np. małpą trzymającą kubek i zwierciadło), co było niespotykane we wcześniejszym malarstwie śląskim.
Kolejnymi innowacjami, jakie wprowadził Jan z Żytawy do śląskiego malarstwa książkowego, były nowości ikonograficzne oraz nowe tematy i ujęcia. Rozwinął i przetworzył wielokrotnie przez siebie ukazywaną scenę ukrzyżowania, dodając do niej tłum świadków i postacie zamaskowanych łotrów na krzyżach. Prawdopodobnie inspiracją dla artysty były miniatury z Mszału Zbyńka z Házemburka z 1409 roku, mające swoje korzenie w ikonografii włoskiej epoki Giotta i Duccia. Do często przedstawianych scen należy również Biczowanie Chrystusa lub różne warianty scen maryjnych, gdzie wzbogacił ikonografię własnymi wariantami tematów Niewiasty Apokaliptycznej na tle krzewu oraz Ewy i Marii (Biblia M 106).