Po zakończeniu II wojny światowej Stanisław Bieńkowski wznowił działalność Instytutu Naukowego Organizacji i Kierownictwa (obecnie Towarzystwo Naukowe Organizacji i Kierownictwa). Profesor objął stanowisko prezesa Instytutu i pełnił tę funkcję do czasu przeniesienia siedziby do Warszawy w 1948. Po wojnie reaktywowana została również Katedra Organizacji i Zarządu Przedsiębiorstw, którą Bieńkowski kierował do 1950. W latach 1945–1951 pełnił funkcję prorektora Akademii Handlowej w Krakowie. W 1951 roku został zmuszony do przejścia na wcześniejszą emeryturę.
Zmarł w Krakowie. Pochowany na cmentarzu Rakowickim (kwatera Cc-4-4).
Jego synem był Andrzej Bieńkowski, również ekonomista.
Dorobek naukowy Stanisław Bieńkowski opracował teorię optymalnej wielkości przedsiębiorstwa. Sformułował też wzory opisujące optymalną wielkość przedsiębiorstwa oraz granicę rentowności koncentracji organizacyjnej.