W dorobku naukowym Stanisława Bieńkowskiego można wyróżnić kilka kierunków badawczych, w szczególności psychologię i fizjologię pracy. W jednym z powojennych artykułów pisał, że naukowa organizacja pracy staje się szczególnie popularna wówczas, gdy z powodu gwałtownych wstrząsów społecznych lub wojen, rozmaite zagadnienia społeczne domagają się rozwiązania, a równocześnie dany kraj znajduje się w trudnej sytuacji gospodarczej. Ilustrował to przykładem USA, gdzie po I wojnie światowej komisja Hoovera stwierdziła, że ubytek produkcji spowodowany marnotrawstwem wysiłków ludzkich, materiałów itp. wyniósł w przybliżeniu 2/3 zdolności produkcyjnej badanych zakładów. W 1912 roku na Zjeździe Prawników i Ekonomistów Polskich Bieńkowski wygłosił referat na temat psychologii i fizjologii pracy.
Pierwszy w Polsce zajął się psychotechniką, jako narzędziem właściwego doboru ludzi na określone stanowiska i opracował pierwszy syntetyczny zarys nauki o pracy, którą nazwał ergologią. Był autorem badań z tego zakresu, analizował takie aspekty jak: bilans energetyczny organizmu ludzkiego, wpływ zmęczenia na wydajność, fizjologiczne aspekty wypoczynku, wpływ wprawy na wydajność, przebieg wydajności dziennej i tygodniowej.