Historia poznania Schronisko znane jest od dawna. Po raz pierwszy opisał je w 1951 r. Kazimierz Kowalski i to on nadał mu niezbyt trafną nazwę Schronisko nad Jaskinią Zegar. W 1991 r. na zlecenie Ministerstwa Środowiska schronisko pomierzyli i opisali S. Kornaś i A. Polonius, ten ostatni opracował również jego plan. W 1999 i 2009 r. w namulisku wykonano płytkie wykopy sondażowe. Stwierdzono występowanie w nich warstwy próchnicznej i lessowej, znaleziono nieliczne kości ssaków z okresu holocenu i plejstocenu i inne artefakty archeologiczne.
W 2009 r. przed wejściem do schroniska znaleziono krzemienne narzędzie o ostrzu typu liściowego, charakterystyczne dla kultur ludzkich z okresu między środkowym i późnym paleolitem. Znaleziska tego typu są rzadkością na Wyżynie Krakowsko-Częstochowskiej, podjęto więc szczegółowe badania archeologiczne. W schronisku oraz na tarasie przed jego otworem wejściowym wykonano 4 wykopy na głębokość 80-130 cm, aż do litej skały. Wyróżniono w nich 4 warstwy kulturowe. Znaleziono w nich wyroby krzemienne, szczątki ssaków zarówno dzikich, jak udomowionych, węgiel drzewny oraz fragmenty ceramiki. Skład gatunkowy znalezionych kości zwierząt (m.in. koń.