Muldoon nigdy nie został pokonany w walce o należące do niego mistrzostwo w zapasach w stylu klasycznym. Ostatnią oficjalną walkę stoczył w 1890 w Filadelfii, przeciwko Stranglerowi Lewisowi. Pomimo prób nakłonienia go do powrotu z emerytury przez promotorów i pretendentów, Muldoon nigdy więcej nie przyjął wyzwania na pojedynek i nie rościł praw do jakiegokolwiek mistrzostwa. Symbolicznie przekazał swój tytuł swojemu protegowanemu Ernestowi Roberowi, którego Lewis później pokonał. Ostatni raz Muldoon wystąpił publicznie jako wrestler na walce charytatywnej przeciwko Roberowi na Madison Square Garden w 1894. Zajmował się trenowaniem bokserów i zapaśników aż do momentu, kiedy boks został zakazany w stanie Nowy Jork w 1917.
Otworzył własną siłownię na ulicy East 22 w Nowym Jorku, a także obóz treningowy w White Plains w stanie Nowy Jork i wynalazł piłkę lekarską. W 1900 otworzył ośrodek zdrowia The Olympia w Purchase w stanie Nowy Jork, w którym promował i wdrażał w życie swój program treningowy, poprawiający kondycję fizyczną.