Szacuje się, że po tej masakrze cała grupa kulturowa Yana/Yahi mogła liczyć około 60 osób. W latach 1859–1911 grupa, w której przeżył Ishi, była coraz bardziej infiltrowana przez przedstawicieli Indian spoza Yahi, takich jak Wintun, Nomlaki i Pit River. W 1879 roku rząd federalny założył indiańskie szkoły z internatem w Kalifornii. Niektórzy mężczyźni z rezerwatów zostali renegatami. Ochotnicy wśród osadników i żołnierzy przeprowadzili w tym okresie dodatkowe kampanie przeciwko plemionom Indian z północnej Kalifornii. Pod koniec 1908 grupa geodetów natknęła się na obóz dwóch mężczyzn, kobiety w średnim wieku i starszej kobiety. Byli to odpowiednio Ishi, jego wujek, jego młodsza siostra i matka. Pierwsza trójka uciekła, podczas gdy druga kobieta ukryła się w kocach, aby uniknąć wykrycia, ponieważ była chora i nie mogła uciec. Geodeci splądrowali obóz, a matka Ishi zmarła wkrótce po jego powrocie. Jego siostra i wujek nigdy nie wrócili. mały|Ishi po schwytaniu, ok. 29 sierpnia 1911 Ishi spędził kolejne trzy lata samotnie w dziczy. Wygłodzony i nie mając dokąd pójść, Ishi, w wieku około 50 lat, pojawił się 29 sierpnia 1911 w tylnej zagrodzie rzeźni Charles Ward w pobliżu Oroville w Kalifornii, po pożarach lasów w okolicy.