W 1375 roku papież Grzegorz XI przekazał kościół serwitom.
Kościół został zniszczony przez pożar w nocy 22 maja 1519 roku, ocalały tylko ściany zewnętrzne oraz drewniany krucyfiks z XV wieku, obecnie znajdujący się w kaplicy krzyża. Odbudowa została przeprowadzona według projektu Jacopo Sansovino, odwrócono wówczas usytuowanie prezbiterium i wejścia, zrezygnowano z naw bocznych i transeptu na korzyść ciągu kaplic bocznych. Wydarzenia związane z Sacco di Roma przerwały odbudowę, po jej wznowieniu wyznaczono Giovanni Mangone do zakończenia projektu. W 1569 roku wybudowano apsydę według projektu Annibale Lippi i ponownie przerwano prace. Kościół został uznany za ukończony i ponownie konsekrowany w 1592 roku.
Fasada kościoła powstała w latach 1682–1686 według projektu Carlo Fontana. Figury w górnej części fasady zostały umieszczone w 1701 roku.
W 1823 roku została zlikwidowana parafia św. Marcelego.
W latach 1861–1867 pod kierunkiem Virginio Vespignani odrestaurowano wnętrze.